Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Phân tích cấu trúc và nhiệt động lực học của các trạng thái hình thức của hexanucleotide tự bổ sung 5′-d(GCATGC) và 5′-d(GCTAGC) trong dung dịch nước
Biophysics - 2007
Tóm tắt
Các trạng thái hình thức của hexanucleotide 5′-d(GCATGC) và 5′-d(GCTAGC) có khả năng tạo thành mũi khế trong dung dịch nước đã được nghiên cứu bằng phương pháp NMR 1D và 2D 1H cùng với động lực học phân tử. Các thông số nhiệt động lực học cân bằng đã được xác định cho sự hình thành của các duplex và mũi khế, và các cấu trúc không gian đã được tính toán cho các dạng GCATGC và GCTAGC. Khả năng di động của các thành phần hexamer đã được đánh giá thông qua mô phỏng động lực học phân tử nanogiam. Các nguyên nhân có thể giải thích sự khác biệt quan sát được trong độ ổn định nhiệt động lực học của duplex và mũi khế được thảo luận.
Từ khóa
Tài liệu tham khảo
D.-M. Miao, Y. Honda, K. Tanaka, et al., Nucl. Acids Res. 21(21), 4900 (1993).
C. Spiro, J. P. Richards, S. Chandrasekaran, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 4606 (1993).
S. J. Froelich-Ammon, K. C. Gale, and N. Osheroff, J. Biol. Chem. 269, 7719 (1994).
D. Rentzeperis, K. Alessi, and L. A. Marky, Nucl. Acids Res. 21(11), 2683 (1993).
I. Hirao, G. Kawai, S. Yoshizawa, et al., Nucl. Acids Res. 22(4), 576 (1994).
D. B. Davies, V. I. Pahomov, and A. N. Veselkov, Nucl. Acids Res. 25(22), 4523 (1997).
P. Padrta, R. Stefl, L. Kralik, et al., J. Biomol. NMR. 24(1), 1 (2002).
I. Hirao, Y. Nishimura, Y. Tagawa, et al., Nucl. Acids Res. 20(15), 3891 (1992).
L. E. Xodo, G. Manzini, F. Quadrifoglio, et al., Nucl. Acids Res. 19(7), 1505 (1991).
K. Arai, R. Low, J. Kobori, et al., J. Biol. Chem. 256, 5273 (1981).
P. Elias and I. R. Lehman, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85(9), 2959 (1988).
D. W. Cowing, J. C. A. Bardwell, E. A. Craig, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82(9), 2679 (1985).
A. N. Veselkov, V. I. Pakhomov, O. V. Rogova, et al., Biofizika 49, 781 (2004).
A. N. Veselkov, V. I. Pakhomov, R. J. Eaton, and D. B. Davies, Biofizika 45, 20 (2000).
A. N. Veselkov, V. I. Pakhomov, R. J. Eaton, and D. B. Davies, Dokl. NAN Ukrainy No. 3, 95 (2001).
A. T. Brunger, X-PLOR. A System for X-Ray Crystallography and NMR (Univ. Press, Yale, 1992).
A. D. MacKerell and N. Banavali, J. Cîmp. Chem. 21, 105 (2000).
B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, et al., J. Comp. Chem., No. 4, 187 (1983).
S. Y. Reddy, F. Leclerc, and M. Karplus, Biophys. J. 84, 1421 (2003).
W. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, et al., J. Chem. Phys. 79(2), 926 (1983).
L. Verlet, Phys. Rev. 159(1), 98 (1967).
J. P. Ryckaert, G. Ciccotti, and H. J. C. Berendsen, J. Comput. Phys. 23, 327 (1977).
T. V. Chalikian, A. P. Sarvazyan, and K. J. Breslauer, Biophys. Chem. 51(2–3), 89 (1994).
W. Humphrey, A. Dalke, and K. Schulten, J. Mol. Graphics. 14, 33 (1996).
S. S. Wijmendga, M. W. Mooten, and S. W. Hilbers, NMR of Nucleic Acids: from Spectrum to Structure/NMR of Macromolecules. A practical approach (IRL Press., Oxford, 1993).
D. B. Davies and A. N. Veselkov, J. Chem. Soc. Faraday Trans. 92, 3545 (1996).
D. Z. Avizonis and D. R. Kearns, Nucl. Acids Res. 23(7), 1260 (1995).
M. J. Blommers, J. A. Walters, C. A. Haasnoot, et al., Biochemistry 28(18), 7491 (1989).
L. P. Orbons, G. A. van der Marel, J. H. van Boom, and C. Altona, Eur. J. Biochem. 170(1–2), 225 (1987).
L. P. M. Orbons, G. A. van der Marel, J. H. van Boom, and C. Altona, Nucl. Acids Res. 14(10), 4187 (1986).
L. P. Orbons, G. A. van der Marel, J. H. van Boom, and C. Altona, J. Biomol. Struct. Dyn. 4(6), 939 (1987).
H. H. Ippel, H. van den Elst, G. A. van der Marel, et al., Biopolymers 46(6), 375 (1998).
L. P. Orbons, A. A. van Beuzekom, and C. Altona, J. Biomol. Struct Dyn. 4(6), 965 (1987).
A. Davison and D. R. Leach, Nucl. Acids Res. 22(21), 4361 (1994).
G. Raghunathan, R. L. Jernigan, H. T. Miles, and V. Sasisekharan, Biochemistry 30(3), 782 (1991).
H. T. Allawi and J. SantaLucia, Jr., Biochemistry 36, 10581 (1997).
J. SantaLucia Jr., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 1460 (1998).
A. P. Williams, C. E. Longfellow, S. M. Freier, et al., Biochemistry 28, 4283 (1989).
J. SantaLucia Jr., H. T. Allawi, and P. A. Seneviratne, Biochemistry 35, 3555 (1996).