Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Mô hình thống kê để chọn lựa chó làm việc ưu việt bằng cách sử dụng các locus vi thể
Tóm tắt
Chó (Canis familiaris) đã xuất hiện bên con người hơn 12.000 năm. Nền tảng di truyền hoặc môi trường bên ngoài cho phép nhiều giống chó được huấn luyện để thực hiện những nhiệm vụ chuyên môn cao như phát hiện chất ma túy và hướng dẫn người khiếm thị. Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã chọn 50 con chó Sapsaree, một giống chó đến từ Hàn Quốc, có tiềm năng trở thành chó làm việc. Chúng đã trải qua quá trình huấn luyện và được chấm điểm trong kỳ thi huấn luyện; dựa trên điểm số của chúng, chúng được chia thành nhóm vượt qua và nhóm không vượt qua. Chúng tôi đã phân tích sự khác biệt di truyền giữa các cá thể vượt qua và không vượt qua bằng cách genotyping 13 loci vi thể. Số lượng allele trung bình, sự phong phú allele và độ dị hợp tán xạ quan sát được của nhóm vượt qua lần lượt là 4.077, 4.061 và 0.489, trong khi đó của nhóm không vượt qua là 4.154, 4.138 và 0.465. Sử dụng thông tin di truyền, chúng tôi đã xây dựng mô hình thống kê. Kết quả của cả phân tích hồi quy logistic và cây quyết định cho thấy sự nổi trội của Sapsaree được xác định bởi 166 lần lặp của các bases (166 allele) và 164 lần lặp (164 allele) tại locus TAT và 198 lần lặp (198 allele) của gen DRPLA. Kết quả được trình bày trong bài báo này cho thấy rằng những sự khác biệt allele giữa nhóm vượt qua và không vượt qua có thể là một biomarker tốt để chọn lọc các cá thể Sapsaree ưu việt, và mô hình thống kê của chúng tôi có thể cung cấp tiêu chuẩn cho việc chọn lựa chó làm việc.
Từ khóa
#Chó Sapsaree #locus vi thể #phân tích hồi quy logistic #cây quyết định #di truyền học #chọn lọc chó làm việc.Tài liệu tham khảo
Agresti A (1996) An introduction to categorical data analysis, vol 135. Wiley, New York
Cantor RM, Lange K, Sinsheimer JS (2010) Prioritizing GWAS results: a review of statistical methods and recommendations for their application. Am J Hum Genet 86:6–22
Cha SH, Tappert C (2009) A genetic algorithm for constructing compact binary decision trees. J Pattern Recognit Res 4:1–13
Cole M (2007) Phylogeny and cultural history in ontogeny. J Physiol 101:236–246
Coppinger R, Scheider R (1995) Evolution of working dogs. In: Serpell J (ed) The Domestic Dogs: its evolution, behavior and interactions with people. Cambridge University Press, Cambridge, pp 21–50
Duverle DA, Kawasaki S, Yamada Y, Sakuma J, Tsuda K (2015). Privacy-preserving statistical analysis by Exact Logistic Regression. 10.1109/SPW.2015.14
Ellegren H (2004) Microsatellte: simple sequences with complex evolution. Nat Rev Genet 5:435–445
Goudet J (2002) FSTAT, a program to estimate and test gene diversities and fixation indices (version 2.9.3.2). Available from http://www2.unil.ch/popgen/softwares/fstat.htm
Ha JH, Kim KS (1998) A review on the origin of Korean native dogs. Korean J Anim Sci 40:701–710
Han KI, Alam M, Lee YM, Le DH, Ha JH, Kim JJ (2010) A study on morphology and behavior of the Sapsaree: a Korean native dog (Canis Familiairs). JAST 52:481–490
Kalinowski ST, Taper ML, Marshall TC (2007) Revising how the computer program CERVUS accommodates genotyping error increases success in paternity assignment. Mol Ecol 16:1099–1106
Kim KS, Tanabe Y, Park CK, Ha JH (2001) Genetic variability in East Asian Dogs using microsatellite loci analysis. J Hered 92:398–403
Kim K, Sung J, Chang S, Yoon T (2015) Analysis of DFNA5′s three distinct mutations by Apriori, decision tree. 10.1109/35021BIGCOMP.2015.7072853
Kroll TL, Houpt KA, Hollis N (2004) The use of novel stimuli as indicators of aggressive behavior in dogs. J Amer Anim Hosp Assoc 40:13–19
Kwon YJ, Choi BH, Eo JW, Kim CR, Jung YD, Lee JR, Cho YR, Gim JA, Lee DH, Ha JH et al (2014) Genetic structure and variability of the working dog inferred from microsatellite marker analysis. Genes Genom 36:197–203
Leberg PL (2002) Estimating allelic richness: effects of sample size and bottlenecks. Mol Ecol 11:2445–2449
Levinson G, Gutman GA (1987) High frequencies of short frameshifts in poly-CA/TG tandem repeats borne by bacteriophage M13 in Escherichia coli K-12. Nucl Acids Res 15:5323–5338
Mirkin SM (2007) Expandable DNA repeats and human disease. Nature 447:932–940
Overall K, Hamilton S, Chang M (2006) Understanding the genetic basis of canine anxiety: phenotyping dogs for behavioral, neurochemical, and genetic assessment. J Vet Behav: Clin Appl Res 1:124–141
Petit RJ, Mousadik AE, Pons O (1998) Identifying populations for conservation on the basis of genetic markers. Conserv Biol 12:844–855
Ruczinski I, Kooperberg C, LeBlanc M (2003) Logic regression. J Comput Graph Stat 12:475–511
Schlotterer C, Tautz D (1992) Slippage synthesis of simple sequence DNA. Nucl Acids Res 20:211–215
Taylor K, Mills D (2006) The development and assessment of temperament tests for adult companion dogs. J Vet Behav 1:94–108
Turnbell PF, Reed CA (1974) The fauna from the terminal Pleistocene of Pale gawra cave, a Zarzian occupation site in northeastern Iraq. Fieldiana Anthropol 63:81–146
Valsecchi P, Barnard S, Stefanini C, Normando S (2011) Temperament test for re-homed dogs validated through direct behavioral observation in shelter and home environment. J Vet Behav 6:161–171