Sự quan sát lặp lại các kiểu phụ của khối u vú trong các tập dữ liệu biểu hiện gen độc lập

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America - Tập 100 Số 14 - Trang 8418-8423 - 2003
Thérese Sørlie1, Robert Tibshirani1,2, Joel S. Parker1, Trevor Hastie1, J. S. Marron1, Andrew B. Nobel1, Shibing Deng1, Hilde Johnsen1, Robert Pesich1, Stephanie Geisler1,2, János Demeter3,1,2, Charles M. Perou1, Per Eystein Lønning1,2, Patrick O. Brown1,2,4, Anne‐Lise Børresen‐Dale1, David Botstein1
1Departments of Genetics, Health, Research and Policy, and Statistics, Statistics and Health, and Biochemistry and Howard Hughes Medical Institute, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA 94305; Departments of Genetics and Pathology and Laboratory Medicine, Lineberger Comprehensive Cancer Center, and Departments of Statistics and Biostatistics, University of North Carolina, Chapel Hill, NC 27599; Department of Medicine, Section of Oncology, Haukeland University Hospital, 5021...
2Health, Research and Policy, and Statistics,
3Department of Genetics, Norwegian Radium Hospital, 0310 Oslo, Norway
4Statistics and Health, and

Tóm tắt

Các mẫu biểu hiện gen đặc trưng được đo bằng vi mạch DNA đã được sử dụng để phân loại các khối u thành các nhóm phụ lâm sàng có liên quan. Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã tinh chỉnh các phân loại phụ đã được xác định trước đó của các khối u vú có thể được phân biệt bằng các mẫu biểu hiện gen khác biệt của chúng. Tổng cộng có 115 khối u vú ác tính đã được phân tích bằng phân cụm phân cấp dựa trên các mẫu biểu hiện của 534 gen "nội sinh" và được cho là chia thành một nhóm giống như cơ sở, một nhóm ERBB2 -tăng cường biểu hiện, hai nhóm giống như biểu mô, và một nhóm giống như mô vú bình thường. Các gen được sử dụng để phân loại được chọn dựa trên mức độ biểu hiện tương tự giữa các cặp mẫu liên tiếp được lấy từ cùng một khối u cách nhau 15 tuần điều trị neoadjuvant. Phân tích cụm tương tự của hai tập dữ liệu độc lập đã được công bố đại diện cho các nhóm bệnh nhân khác nhau từ các phòng thí nghiệm khác nhau, đã phát hiện ra một số kiểu phụ ung thư vú tương tự. Trong một tập dữ liệu bao gồm thông tin về thời gian phát triển của di căn xa, các kiểu phụ có liên quan đến sự khác biệt đáng kể trong đặc điểm lâm sàng này. Bằng cách bao gồm một nhóm các khối u từ những người mang BRCA1 trong phân tích, chúng tôi phát hiện ra rằng kiểu gen này có xu hướng gây ra kiểu phụ khối u cơ sở. Các kết quả của chúng tôi mạnh mẽ ủng hộ ý tưởng rằng nhiều kiểu phụ khối u vú này đại diện cho các thực thể bệnh lý sinh học khác biệt.

Từ khóa

#khối u vú #phân loại phụ #biểu hiện gen #BRCA1 #di căn

Tài liệu tham khảo

10.1038/35000501

10.1091/mbc.02-02-0023

10.1073/pnas.241500798

10.1016/S0140-6736(02)08270-3

10.1038/35021093

10.1073/pnas.191367098

Wigle, D. A., Jurisica, I., Radulovich, N., Pintilie, M., Rossant, J., Liu, N., Lu, C., Woodgett, J., Seiden, I., Johnston, M., et al. (2002) Cancer Res. 62, 3005-3008.12036904

10.1038/nm733

10.1007/s00439-002-0804-5

10.1038/415436a

10.1056/NEJMoa012914

10.1038/nm0102-68

10.1038/415530a

Geisler, S., Lonning, P. E., Aas, T., Johnsen, H., Fluge, O., Haugen, D. F., Lillehaug, J. R., Akslen, L. A. & Borresen-Dale, A. L. (2001) Cancer Res. 61, 2505-2512.11289122

Geisler S. Børresen-Dale A.-L. Johnsen H. Aas T. Geisler J. Akslen L. A. Anker G. & Lønning P. E. (2003) Clin. Cancer Res. in press.

10.1073/pnas.201162998

10.1093/nar/gkg014

10.1073/pnas.082099299

10.1056/NEJMoa021967

Grushko, T. A., Blackwood, M. A., Schumm, P. L., Hagos, F. G., Adeyanju, M. O., Feldman, M. D., Sanders, M. O., Weber, B. L. & Olopade, O. I. (2002) Cancer Res. 62, 1481-1488.11888924

10.1056/NEJM200102223440801

Gruvberger, S., Ringner, M., Chen, Y., Panavally, S., Saal, L. H., Borg, A., Ferno, M., Peterson, C. & Meltzer, P. S. (2001) Cancer Res. 61, 5979-5984.11507038

10.1001/jama.1979.03290310029009

10.1172/JCI200215795

10.1016/S0002-9440(10)64476-8

Armes, J. E., Trute, L., White, D., Southey, M. C., Hammet, F., Tesoriero, A., Hutchins, A. M., Dite, G. S., McCredie, M. R., Giles, G. G., et al. (1999) Cancer Res. 59, 2011-2017.10213514

10.1016/S0140-6736(02)11087-7

Thông tin
Thông tin xuất bản

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Tập 100 Số 14

8418-8423

Thông tin tác giả