Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Xác thực độ tin cậy của các quần thể Glycyrrhiza glabra L. từ miền Nam Iran sử dụng các dấu hiệu dựa trên SSR và SNP
Proceedings of the National Academy of Sciences, India Section B: Biological Sciences - Tập 89 - Trang 1283-1294 - 2018
Tóm tắt
Đã đánh giá sự đa dạng di truyền của 90 mẫu cỏ cây cam thảo (Glycyrrhiza glabra L.) thu thập từ nhiều khu vực khác nhau ở miền Nam Iran bằng cách sử dụng 5 dấu hiệu đa hình nuclêôtit đơn (SNP): FAD2.3, ANTHO3, FAD2.1, SOD và CALC có sẵn trong bốn gen khác nhau. Phân tích kiểu gen của 90 mẫu cỏ cây cam thảo bằng 5 vị trí SNP đã phát hiện 11 alen, với trung bình là 2.2 cho mỗi alen. Dendrogram được chuẩn bị trên các kiểu gen đã chỉ ra ba nhóm phù hợp với phân loại của các mẫu cỏ cây cam thảo. Bằng cách sử dụng năm SNP, các kết quả thu được đã đối chiếu với những gì đạt được bằng các dấu hiệu SSR bằng cách tính toán hệ số tương quan và sử dụng phân tích tin sinh học. Điều này cho thấy tính hiệu quả của kỹ thuật nhóm cặp không trọng số (UPGMA) để phân nhóm các kiểu gen thực vật. Kết quả của phân tích tọa độ chính cho thấy ba thành phần chính đầu tiên chiếm 66.06% tổng biến thể. Nghiên cứu hiện tại đã minh họa một lập luận toàn diện hơn về sự đa dạng hiện có trong cỏ cây cam thảo Iran và vai trò rất quan trọng trong việc xác định sự cải tiến và tính xác thực của cỏ cây cam thảo.
Từ khóa
#Glycyrrhiza glabra L. #đa dạng di truyền #SNP #SSR #phân tích genotip #UPGMA #phân tích tọa độ chínhTài liệu tham khảo
Parvaiz M, Hussain K, Khalid S, Hussnain N (2014) A review: medicinal importance of Glycyrrhiza glabra L. (Fabaceae Family). Glob J Pharmacol 8:08–13
Sudo H, Seki H, Sakurai N, Suzuki H, Shibata D, Toyoda A, Totoki Y, Sakaki Y, Iida O, Shibata T, Kojoma M, Muranaka T, Saito K (2009) Expressed sequence tags from rhizomes of Glycyrrhiza uralensis. Plant Biotechnol 26:105–107
Asl MM, Husseyinzadeh H (2008) Review of pharmacological effects of Glycyrrhiza sp. and its bioactive compounds. Phytother Res 22:709–724
Erayman M, Ilhan E, Güzel Y, Eren AH (2014) Transferability of SSR markers from distantly related legumes to Glycyrrhiza species. Turk J Agric For 38:32–38
Liu Y, Zhang P, Song M, Hou J, Qing M, Wang W, Liu C (2015) Transcriptome analysis and development of SSR molecular markers in glycyrrhiza uralensis Fisch. PLoS ONE 10:e0143017
Khan S, Mirja KJ, Tayyab M, Abdin MZ (2009) RAPD Profile for authentication of medicinal plant Glycyrrhiza glabra L. Med Aromat Plant Sci Biotechnol 3:8–51
Yao H, Zhao Y, Chen DF, Chen JK, Zhao TS (2008) ISSR primer screening and preliminary evaluation of genetic diversity in wild populations of Glycyrrhiza uralensis. Biol Plantarum 52:117–120
Hakimi A (2016) Genome-wide analysis of phylogenetic relationships and population structure of Glycyrrhiza glabra different accessions in Khuzestan using AFLP molecular marker and root secondary compounds. Dissertation, Shahid Chamran University of Ahvaz, Iran
Yamazaki M, Sato A, Shimomura K, Saito K, Murakoshi I (1994) Genetic relationships among Glycyrrhiza plants determined by RAPD and RFLP analyses. Biol Pharm Bull 17:1529–1531
Sorkheh K, Koohi Dehkordi M, Ercisli S, Hegedus A, Halász J (2017) Comparison of traditional and new generation DNA markers declares high genetic diversity and differentiated population structure of wild almond species. Sci Rep 7:5966
Wang ML, Barkely NA, Jenkins TM (2009) Microsatellite markers in plants and insects. Part I: applications of biotechnology. Genes Genom Gen 3:54–67
Kalia RK, Rai MK, Kalia S, Singh R, Dhawan AK (2011) Microsatellite markers: an overview if the recent progress in plants. Euphytica 177:309–334
Sorrells ME, Wilson WA (1997) Direct classification and selection of superior alleles for crop improvement. Crop Sci 37:691–697
Varshney RK, Graner A, Sorrells ME (2005) Genic microsatellite markers: features and applications. Trends Biotechnol 23:48–55
Varshney RK, Sigmund R, Borner A, Korzun V, Stein N, Sorrells ME, Langridge P, Graner A (2005) Interspecific transferability and comparative mapping of barley EST-SSR markers in wheat, rye and rice. Plant Sci 168:195–202
Ben Ayed R, Grati-kamoun N, Rebai A (2013) An overview of the authentication of olive tree and oil. Compr Rev Food Sci Food Saf 12:218–227
Um Y, Jin M-L, Lee Y, Hur M, Cha SW, Jung CS, Kim SM, Lee JH (2016) Genetic diversity analysis of Glycyrrhiza uralensis using 8 novel polymorphic microsatellite markers. Plant Biotechnol 43:174–180
Ben Ayed R, Kallel I, Ben Hassen H, Rebai A (2014) SNP marker analysis for validating the authenticity of Tunisian olive oil. J Genet 93:148–154
Ben Ayed R, Ben Hassen H, Ennouri K, Rebai A (2016) Genetic markers analyses and bioinformatic approaches to distinguish between olive tree (Olea europaea L.) cultivars. Interdiscip Sci Comput Life Sci 8:366–373
Weir BS (1996) Genetic data analysis II: methods for discrete population genetic data. Sinauer Associates, Sunderland, p 376
Brenner C, Morris JW (1990) Paternity index calculations in single locus hypervariable DNA probes: validation and other studies. In: Madison WI (ed) International symposium on human identification. Promega Corporation, Madison, pp 21–53
Liu KJ, Muse SV (2005) Power Marker: an integrated analysis environment for genetic marker analysis. Bioinformatics 21:2128–2129
Roldán-Ruiz I, Dendauw J, Van Bockstaele E, Depicker A, De Loose M (2000) AFLP markers reveal high polymorphic rates in ryegrasses (Lolium spp.). Mol Breed 6:125–134
Jaccard P (1908) Nouvelles recherches sur la distribution florale. Bull Soc Vaud Sci Nat 44:223–270
Rohlf FJ (1999) NTSYS-pc. Numerical taxonomy and multivariate analysis system. Version 2.1. Exeter Software, Setauket
Zhang G, Sun Z, Zhou D, Xiong M, Wang X, Yang J, Wei Z (2015) Development and characterization of novel EST-SSRs from Larix gmelinii and their cross-species transferability. Molecules 20:12469–12480
Reale S, Doveri S, Dıaz A, Angiolillo A, Lucentini L, Pilla F, Martin A, Donini P, Lee D (2006) SNP-based markers for discriminating olive (Olea europaea L.) cultivars. Genome 49:1193–1205
Rekik-Hakim I, Grati-Kammoun N, Makhloufi E, Rebai A (2010) Discovery and potential of SNP markers in characterization of Tunisian olive germplasm. Diversity 2:17–27
Muzzalupo I, Stefanizzi F, Perri E (2009) Evaluation of olives cultivated in southern Italy by simple sequence repeat markers. HortScience 44:582–588
Cipriani G, Marrazzo MT, Marconi R, Cimato A, Testolin R (2002) Microsatellite markers isolated in olive (Olea europaea L.) are suitable for individual fingerprinting and reveal polymorphism within ancient cultivars. Theor Appl Genet 104:223–228
Farris JS (1969) On the cophenetic correlation coefficient. Syst Zool 18:279–285
Saracli S, Dogan N, Dogan I (2013) Comparison of hierarchical cluster analysis methods by cophenetic correlation. J Inequal Appl 2013:203
Shiria MR, Choukanb R, Aliyevc RT (2014) Study of genetic diversity among maize hybrids using SSR markers and morphological traits under two different irrigation conditions. Crop Breed J 4:65–72
Sharma SK, Kumar S, Rawat D, Kumaria S, Kumar A, Rao SR (2011) Genetic diversity and gene flow estimation in Prosopis cineraria (L.) Druce: a key stone tree species of Indian Thar Desert. Biochem Syst Ecol 39:9–13
Mahar KS, Rana TS, Ranade SA, Pande V, Palni LMS (2013) Estimation of genetic variability and population structure in Sapindus trifoliatus L.: using DNA fingerprinting methods. Trees Struct Funct 27:85–96
Harish-Gupta AK, Phulwaria M, Rai MK, Shekhawat NS (2014) Conservation genetics of endangered medicinal plant Commiphora wightii in Indian Thar Desert. Gene 535:266–272
Shekhawat JK, Rai MK, Shekhawat NS, Kataria V (2018) Start codon targeted (SCoT) polymorphism for evaluation of genetic diversity of wild population of Maytenus emarginata. Indus Crops Prod 122:202–208
Rouhian S, Nabati Ahmadi D, Sorkheh K (2017) Development of Dof (DNA binding with one finger) transcription factor gene-specific primers through data mining as a functional marker and their use for genetic diversity study in barley (Hordeum vulgare L.) germplasm. Genes Genom 39:567–579
