Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Mối quan hệ giữa vi khuẩn ưa axit từ các môi trường khác nhau được xác định qua phân tích DNA đa hình khuếch đại ngẫu nhiên (RAPD)
Tóm tắt
Kỹ thuật khuếch đại DNA đa hình ngẫu nhiên (RAPD), dựa trên phương pháp PCR, đã được áp dụng để đánh giá sự đa dạng về gen giữa ba chủng Acidithiobacillus thiooxidans, năm chủng Acidithiobacillus ferrooxidans và một chủng vi khuẩn ưa axit sống ở nhiệt độ trung bình, sử dụng 45 đoạn primer ngẫu nhiên thuộc năm dãy khác nhau. Hơn 2200 băng đã được quan sát, với trung bình 45 băng mỗi primer. Primer OPC-3 đã tạo ra số lượng đoạn phân mảnh tối đa, trong khi primer OPA-5 tạo ra số lượng đoạn phân mảnh tối thiểu. Một sơ đồ cây đã được tạo ra bằng cách sử dụng phân tích cụm theo phương pháp nhóm không xác định (UPGMA). Sơ đồ cây cho thấy ba nhóm với độ tương đồng dao động từ 29 đến 85%. Độ tương đồng tối đa (85%) được quan sát giữa các chủng T.t1 và T.t2 của Acidithiobacillus thiooxidans.
Từ khóa
#DNA đa hình #Acidithiobacillus thiooxidans #Acidithiobacillus ferrooxidans #RAPD #đa dạng sinh học #phân tích cụm.Tài liệu tham khảo
M.A. Ghauri (1991) A study of the diversity of acidophilic bacteria University of Wales Bangor UK.
M.A. Ghauri A.M. Khalid S. Grant S. Heaphy W.D. Grant (2003) ArticleTitlePhylogenetic analysis of different isolates of Sulfobacillus spp Isolated from uranium-rich environments and recovery of genes using integron-specific primers. Extremophiles 7 341–345
A.P. Harrison SuffixJr. (1982) ArticleTitleGenomic and physiological diversity amongst strains of Acidithiobacillus ferrooxidansand genomic comparison with Acidithiobacillus thiooxidans Archives of Microbiology 131 68–76 Occurrence Handle10.1007/BF00451501
Kelly, D.P. and Harrison, A.P. 1989 Aerobic chemolithotrophic bacteria and associated organisms. Genus Thiobacillus, Beijerinck, 1904b, 597 AI. In:Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, eds. Staley, J.T. et al. vol.3 pp. 1842–1853. Baltimore: Williams and Wilkins. ISBN 0683079085.
D.P. Kelly A.P. Wood (2000) ArticleTitleReclassification of some species of Thiobacillus to the newly designated genera Acidithiobacillus gen. nov., Halothiobacillus gen nov and Thermithiobacillus gen. nov. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 50 511–516 Occurrence Handle10758854
N. Nei W. Li (1979) ArticleTitleMathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases Proceedings of the National Academy of Sciences USA 76 5269–5273
M.T.M. Novo A.P. Desauza O. Garcia L.M.M. Ottoboni (1996) ArticleTitleRAPD genomic fingerprinting differentiates Thiobacillus ferrooxidans strains Systematic and Applied Microbiology 19 91–95
Norris, P.R. and Johnson D.B. 1998 Acidophilic microorganisms. In Exremophiles: Microbial Life in Extreme Environments.eds. Horikoshi, K., Grant, W.D. pp. 133–153. Wiley-Liss, Inc. ISBN 0-471-02618-2.
S. Pobell A. Otto S. Kutschke (1997) ArticleTitleIdentification and discrimination of thiobacilli using ARDREA, RAPD and rep-APD Journal of Applied Microbiology 84 1085–1091
E.F. SambrookJ. Fritsch T. Maniatis (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual EditionNumber2nd ed Cold Spring Harbor Laboratory Press USA
P.J. Simpson C. Stanton G.F. Fitzgerald R.P. Ross (2002) ArticleTitleGenomic diversity within the genus Pedicococcus as revealed by Randomly Amplified Polymorphic DNA, PCR and Pulsed- Field Gel Electrophoresis . Applied and Environmental Microbiology 68 765–777 Occurrence Handle10.1128/AEM.68.2.765-771.2002 Occurrence Handle11823217
O.H. Tuovinen I.J. Fry (1993) ArticleTitleBioleaching and mineral biotechnology Current Opinion in Biotechnology 4 344–355 Occurrence Handle10.1016/0958-1669(93)90106-7
J.G.K. Williams A.R. Kubelik K.J. Livak J.A. Rafalski S.V. Tingey (1989) ArticleTitleDNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers Nucleic Acids Research 18 6531–6535