Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
ReDB: Cơ sở dữ liệu về tỷ lệ tái tổ hợp di truyền trong quá trình giảm phân
Tóm tắt
Tái tổ hợp di truyền xảy ra chủ yếu tại một số khu vực trong genome được gọi là điểm nóng, rất quan trọng cho việc tạo ra đa dạng di truyền và phân ly đúng cách các nhiễm sắc thể trong quá trình giảm phân. Mặc dù những quan sát về các điểm nóng riêng lẻ đã cung cấp manh mối về cơ chế khởi động tái tổ hợp, nhưng bản chất và nguyên nhân của sự biến thiên tỷ lệ tái tổ hợp trong genome vẫn còn chưa được biết đến nhiều. Một giải pháp hợp lý là ước lượng và phân loại tỷ lệ tái tổ hợp dọc theo genome. Do đó, có một nhu cầu lớn về một cơ sở dữ liệu lưu trữ và tích hợp những thông tin này để cung cấp một kho dữ liệu hệ thống về tỷ lệ tái tổ hợp toàn bộ genome. Cơ sở dữ liệu về các điểm nóng tái tổ hợp homologous là một cơ sở dữ liệu trực tuyến về tỷ lệ tái tổ hợp trong quá trình giảm phân, bao gồm một khối lượng dữ liệu và thông tin khổng lồ về con người, chuột, chuột lang, D. melanogaster, C. elegans và nấm men. Người dùng có thể truy vấn cơ sở dữ liệu theo nhiều cách khác nhau. Cơ sở dữ liệu lưu trữ các thông tin chi tiết khác nhau cho mỗi chuỗi, chẳng hạn như số lượng nhiễm sắc thể, liên kết siêu tới các tài liệu tham khảo tương ứng, và chuỗi ở định dạng FASTA.
Từ khóa
#tái tổ hợp di truyền #điểm nóng #genome #cơ sở dữ liệu #giảm phânTài liệu tham khảo
Sun H, Treco D, Schultes N P, et al. Double-strand breaks at an initiation site for meiotic gene conversion. Nature, 1989, 338:87–90
Jeffreys A J, Holloway J K, Kauppi L, et al. Meiotic recombinationhot spot and human DNA diversity. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci, 2004, 359:141–152
Kauppi L, Jeffreys A J, Keeney S. Where the crossovers are: Recombination distributions in mammals. Nat Rev Genet, 2004, 5:413–424
Lichten M, Goldman A S. Meiotic recombination hotspots. Annu Rev Genet, 1995, 29:423–444
Petes T D. Meiotic recombination hot spots and cold spots. Nat Rev Genet, 2001, 2:360–369
Van Endert P M, Lopez M T, Patel S D, et al. Genomic polymorphism, recombination, and linkage disequilibrium in human major histocompatibility complex-encoded antigen-processing genes. Proc Natl Acad Sci USA, 1992, 89:11594–11597
Begovich A B, McClure G R, Suraj V C, et al. Polymorphism, recombination, and linkage disequilibrium within the HLA class II region. J Immunol, 1992, 148:249–258
Kauppi L, Sajantila A, Jeffreys A J. Recombination hotspots rather than population history dominate linkage disequilibrium in the MHC class II region. Hum Mol Genet, 2003, 12:33–40
Andolfatto P, Wall J D. Linkage disequilibrium patters across a recombination gradient in African Drosophila melanogaster. Genetics, 2003, 165:1289–1305
Li N, Stephens M. Modeling linkage disequilibrium and identifying recombination hotspots using single-nucleotide polymorphism data. Genetics, 2003, 165:2213–2233
Clark A G, Nielsen R, Signorovitch J, et al. Linkage disequilibrium and inference of ancestral recombination in 538 single-nucleotide polymorphism clusters across the human genome. Am J Hum Genet, 2003, 73:285–300
Nishant K T, Kumar C, Rao M R. HUMHOT: A database of human meiotic recombination hot spots. Nucleic Acid Res, 2006, 34(Database issue):35–38
McVean G A, Myers S R, Hunt S, et al. The fine-scale structure of recombination rate variation in the human genome. Science, 2004, 304:581–584
ReDB[http://www. bioinf.seu.edu.cn/ReDatabase/]
Jensen-Seaman M I, Furey T S, Payseur B A, et al. Comparative recombination rates in the rat, mouse, and human genomes. Genome Res, 2004. 14:528–538
Steen R G, Kwitek-Black A E, Glenn C, et al. A high-density integrated genetic linkage and radiation hybrid map of the laboratory rat. Genome Res, 1999, 9:AP1–8
Dietrich W F, Miller J, Steen R, et al. A comprehensive genetic map of the mouse genome. Nature, 1996, 380:149–152
Kong A, Gudbjartsson D F, Sainz J, et al. A high-resolution recombination map of the human genome. Nat Genet, 2002, 31:241–247
Broman K W, Murray J C, Sheffield V C, et al. Comprehensive human genetic maps: Individual and sex-specific variation in recombination. Am J Hum Genet, 1998, 63:861–869
Myers S, Bottolo L, Freeman C, et al. A fine-scale map of recombination rates and hotspots across the human genome. Science, 2005, 310:321–324
Marais G, Mouchiroud D, Duret L. Does recombination improve selection on codon usage? Lessons from nematode and fly complete genomes. Proc Natl Acad Sci USA, 2001, 98:5688–5692
Gerton J L, DeRisi J, Shroff R, et al. Inaugural article: Global mapping of meiotic recombination hotspots and coldspots in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Proc Natl Acad Sci USA, 2000, 97:11383–11390
Arnheim N, Calabrese P, Nordborg M. Hot and cold spots of recombination in the human genome: The reason we should find them and how this can be achieved. Am J Hum Gent, 2003, 73:5–16
Saccharomyces Genome Database [http://www.yeastgenome.org/]
Reich D E, Schaffner S F, Daly M J, et al. Human genome sequence variation and the influence of gene history, mutation and recombination. Nat Genet, 2002, 32:135–142
Aquadro C F. Insights into the evolutionary process from patterns of DNA sequence variability. Curr Opin Genet Dev, 1997, 7:835–840
Fullerton S M, Bernardo C A, Clark A G. Local rates of recombination are positively correlated with GC content in the human genome. Mol Biol Evol, 2001, 18:1139–1142
Jiang P, Wu H, Wei J, et al. RF-DYMHC: Detecting the yeast meiotic recombination hotspots and coldspots by random forest model using gapped dinucleotide composition features. Nucleic Acids Res, 2007, 35:47–51
Zhou T, Weng J, Sun X, et al. Support vector machine for classification of meiotic recombination hotspots and coldspots in Saccharomyces cerevisiae based on codon composition. BMC Bioinformatics, 2006, 7:223
Chen L, Zhao H. Negative correlation between compositional symmetries and local recombination rates. Bioinformatics, 2005, 21:3951–3958