Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Phân tích Tăng cường Chuỗi Định lượng (QSEA): một quy trình mới cho phân tích 3D-QSAR
Tóm tắt
Một quy trình mới được đề xuất cho phân tích 3D-QSAR. Thành phần của 16 bộ dữ liệu QSAR đã được công bố được kiểm tra bằng Phân tích Tăng cường Chuỗi Định lượng (QSEA). Quy trình này dựa trên các công nghệ topomer. Việc hiển thị bản đồ nhiệt kết hợp với topomer CoMFA và phân tích quỹ đạo chuỗi mới đã tiết lộ thông tin quan trọng cho việc tập hợp các cấu trúc thành các chuỗi có ý nghĩa. Các cấu trúc trọng tâm toàn cầu và cục bộ có thể được xác định từ ma trận khoảng cách tương đồng và xây dựng các điểm khởi đầu cho việc xây dựng mô hình từng bước bằng cách tăng bán kính tương đồng xung quanh hạt nhân trọng tâm. Kết quả chỉ ra rằng quy trình mới cho phép xác định liệu các hợp chất thuộc về một mối quan hệ cấu trúc-hoạt động đang nổi lên và hợp chất nào có thể được dự đoán trong giới hạn tin cậy.
Từ khóa
#3D-QSAR #Phân tích Tăng cường Chuỗi Định lượng #Topomer #CoMFA #Mối quan hệ cấu trúc-hoạt độngTài liệu tham khảo
Unger SH, Hansch C (1973) J Med Chem 16:745
Kier LB, Hall LH (1976) Molecular connectivity in chemistry and drug research. Academic Press, New York
Tong W, Lowis DR, Perkins R, Chen Y, Welsh W, Goddette DW (1998) J Chem Inf Comput Sci 38:669-677
Cramer RD, Patterson DE, Bunce JD (1988) J Am Chem Soc 110:5939–5967
Klebe G, Abraham U, Mietzner T (1994) J Med Chem 37:4130–4136
Jain AN, Koile K, Chapman D (1994) J Med Chem 37:2315–2327
Kellogg GE, Semus SF, Abraham DJ (1991) J Comp Aid Mol Des 5:545–552
Hansch C, Unger SH, Forsythe AB (1973) J Med Chem 16:1217–1222
Wooton R, Cranfield R, Sheppey GC, Goodford PJ (1975) J Med Chem 18:607–613
Wold S (1976) Pattern Recognit 8:127–139
Martin YC, Bures MG, Danaher EA, DeLazzer J, Lico I, Pavlik PA (1993) J Comput Aid Mol Des 7:83–102
DePriest SA, Mayer D, Naylor CB, Marshall GR (1993) J Am Chem Soc 115:5372–5384
Topomer technologies consists of Topomer Search, Topomer CoMFA and AllChem, available at Tripos DE, 1699 South Hanley Road, St. Louis, Missouri 63144, USA, at URL http://www.tripos.com
Cramer RD, Jilek RJ, Guessregen S, Clark SJ, Wendt B, Clark RD (2004) J Med Chem 47:6777–6791
Cramer RD, Clark RD, Patterson DE, Ferguson AM (1996) J Med Chem 39:3060–3069
Jilek RJ, Cramer RD (2004) J Chem Inf Comp Sci 44:1221–1227
Cramer RD (2003) J Med Chem 46:374–389
Robinson DD, Winn PJ, Lyne PD, Richards WG (1999) J Med Chem 42:573–583
Stiefl N, Baumann K (2003) J Med Chem 46:1390–1407
Peterson SD, Schaal W, Karlen A (2006) J Chem Inf Model 46:355–364
Selwood DL, Livingstone DJ, Comley JCW (1990) J Med Chem 33:136–142
Rogers RD, Hopfinger A (1994) J Chem Inf Comput Sci 34:854–866
Kubinyi H (1994) Quant Struct-Act Relat 13:285–294
Kubinyi H (1994) Quant Struct-Act Relat 13:393–401
So S, Karplus M (1996) J Med Chem 39:1521–1530
Nicolotti O, Carotti A (2006) J Chem Inf Model 46:264–276
Hoffman B, Cho SJ, Zheng W, Wyrick S, Nichols DE, Mailman RB, Tropsha A (1999) J Med Chem 42:3217–3226
Oloff S, Mailman RB, Tropsha A (2005) J Med Chem 48:7322–7332
Pandey A, Volkots DL, Seroogy JM, Rose JW, Yu J-C, Lambing JL (2002) J Med Chem 45:3772–3779
Khadikar PV, Shrivastava A, Agrawal VK, Srivastava S (2003) Bioorg Med Chem Lett 13:3009–3014
Guha R, Jurs PC (2004) J Chem Inf Comput Sci 44:2179–2189
Scozzafava A, Menabuoni L, Mincione F, Briganti F, Mincione G, Supuran CT (2000) J Med Chem 43:4542–4551
Mattioni BE, Jurs PC (2002) J Chem Inf Comput Sci 42:94–102
Lewis RA (2005) J Med Chem 48:1638–1648
Rieger JM, Brown ML, Sullivan GW, Linden J, Macdonald TL (2001) J Med Chem 44:531–539
Sippl W, Contreras J-M, Parrot I, Rival YM, Wermuth CG (2001) J Comp Aid Mol Des 15:395–410
Tetko IV, Kovalishyn VV, Livingstone DJ (2001) J Med Chem 44:2411–2420
Lanig H, Utz W, Gmeiner P (2001) J Med Chem 44:1151–1157
Huang X, Liu T, Gu J, Luo X, Ji R, Cao Y, Xue H, Wong JT-F, Wong BL, Jiang H, Chen K (2001) J Med Chem 44:1883–1891
Schaal WK, Ahlsen A, Lindberg G, Andersson J, Danielson HO, Classon B, Unge T, Samuellson B, Hulten J, Hallberg A, Karlen A (2001) J Med Chem 44:155–169
Bureau R, Daveu C, Baglin I, Santos JS-D, Lancelot J-C, Rault SJ (2001) Chem Inf Comput Sci 41:815–823
Kulkarni SS, Kulkarni VM (1999) J Med Chem 42:373–380
Gnerre C, Catto M, Leonetti F, Weber P, Carrupt P-A, Altomare C, Carotti A, Testa B (2000) J Med Chem 43:4747–4752
Hannongbua S, Nivesanond K, Lawtrakul L, Pungpo P, Wolschann P (2001) J Chem Inf Comput Sci 41:848–855
Bohm M, Sturtzebecher J, Klebe G (1999) J Med Chem 42:458–477
Cramer RD, Wendt B (2007) J Comp Aid Mol Des 1:23–32
The program dbtop usually considers all single acyclic bonds for splitting the molecule into fragments. Topomeric CoMFA requires as input parameter a bond-ID for splitting the structures into fragments. By marking the splitting bond for each structure in the input file it is assured that both methods work on the same set of fragments
Tripos Bookshelf 7.3, Tripos Inc.: St. Louis, Missouri, 2007
Patterson DE, Cramer RD, Ferguson AM, Clark RD, Weinberger LE (1996) J Med Chem 39:3049–3059