Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Đặc trưng proteomic của ung thư phổi không tế bào nhỏ trong một cơ sở dữ liệu ung thư lồng ngực chuyển giao toàn diện
Tóm tắt
Trong những năm gần đây, nghiên cứu chuyển giao đã đạt được sự phát triển và quan tâm to lớn, đặc biệt là trong sinh học ung thư. Lĩnh vực nghiên cứu này rõ ràng thiết lập mối liên kết giữa thí nghiệm trong phòng thí nghiệm và ứng dụng thực tiễn cho con người. Mặc dù thông thường các dữ liệu phòng thí nghiệm và lâm sàng liên quan đến mẫu bệnh nhân được duy trì riêng biệt, việc lưu trữ các dữ liệu đa dạng này trong một cơ sở dữ liệu duy nhất mang lại nhiều lợi ích vì điều này có thể thúc đẩy việc truy cập dữ liệu nhanh chóng hơn và cung cấp cho các nhà nghiên cứu quyền truy cập vào nhiều mẫu mô hơn. Dự án Cơ sở dữ liệu Chương trình Ung thư Lồng ngực được phát triển để phục vụ như một kho chứa cho các mẫu ung thư đã được chú giải tốt, dữ liệu lâm sàng, dữ liệu gen và proteomic thu được từ các nghiên cứu mô u. Dự án TOPDP không chỉ là một thư viện - nó là một công cụ linh hoạt có thể được sử dụng để khai thác dữ liệu và phân tích khám phá. Sử dụng ví dụ về các trường hợp ung thư phổi không tế bào nhỏ trong cơ sở dữ liệu, nghiên cứu này sẽ chứng minh cách mà dữ liệu lâm sàng có thể được kết hợp với phân tích proteomic của mẫu mô bệnh nhân để xác định ý nghĩa chức năng của sự biểu hiện protein cao và thấp trong căn bệnh này. Đến nay, dữ liệu lâm sàng cho 1323 bệnh nhân ung thư phổi không tế bào nhỏ đã được thu thập. Các nghiên cứu proteomic đã được thực hiện trên mẫu mô của 105 bệnh nhân trong số này. Những mô này đã được phân tích để tìm kiếm sự biểu hiện của 33 dấu ấn protein khác nhau bằng cách sử dụng microarrays mô. Sự biểu hiện của 15 dấu ấn sinh học tiềm năng đã được phát hiện là cao hơn đáng kể trong mô u so với mô bình thường tương ứng. Các protein thuộc họ kinase tyrosine thụ thể đặc biệt có khả năng được biểu hiện cao trong các mô u. Không có sự khác biệt trong biểu hiện protein giữa các hình thái bệnh lý hoặc giai đoạn khác nhau của ung thư phổi không tế bào nhỏ. Mặc dù không khác biệt về biểu hiện giữa mô u và mô không u, sự biểu hiện cao của thụ thể glucocorticoid (GR) có liên quan đến sự sống còn tổng thể cải thiện. Tuy nhiên, phát hiện này là bước đầu và cần được điều tra thêm. Dù dự án cơ sở dữ liệu vẫn đang trong quá trình phát triển, nhưng việc ứng dụng một cơ sở dữ liệu như vậy có tiềm năng nâng cao hiểu biết của chúng ta về sinh học ung thư và sẽ giúp các nhà nghiên cứu xác định các mục tiêu để thay đổi tiến trình của các khối u ác tính trong lồng ngực.
Từ khóa
#Nghiên cứu chuyển giao #ung thư phổi không tế bào nhỏ #dữ liệu lâm sàng #phân tích proteomic #dấu ấn sinh học.Tài liệu tham khảo
National Cancer Institute Office of Biorepositories and Biospecimens Research: What are Biospecimens and Biorepositories. [http://biospecimens.cancer.gov]
Wang X, Lili L, Fackenthal J, Cummings S, Olopade OI, Hope K, Silverstein JC, Olopade OL: Translational integrity and continuity: Personalized biomedical data integration. J Biomed Inform. 2009, 42: 100-10.1016/j.jbi.2008.08.002.
Amin W, Kang H, Egloff AM, Singh H, Trent K, Ridge-Hetrick J, Seethala RR, Grandis J, Parwani A: An informatics supported web-based annotation and query tool to expedite translational research for head and neck malignancies. BMC Cancer. 2009, 9: 396-10.1186/1471-2407-9-396.
Altekruse SF, Kosary CL, Krapcho M, Neyman N, Aminou R, Waldron W, Ruhl J, Howlader N, Tatalovich Z, Cho H, Mariotto A, Eisner MP, Lewis DR, Cronin K, Chen HS, Feuer EJ, Stinchcomb DG, Edwards BK: SEER Cancer Statistics Review, 1975-2007. National Cancer Institute. Bethesda, MD, [http://seer.cancer.gov/csr/1975_2007]
Molina JR, Yang P, Cassivi SD, Schild SE, Adjei AA: Non-small cell lung cancer: Epidemiology, risk factors, treatment, and survivorship. Mayo Clin Proc. 2008, 83: 584-10.4065/83.5.584.
Govindan R, Page N, Morgensztern D, Read W, Tierney R, Vlahiotis A, Spitznagel EL, Piccirillo J: Changing epidemiology of small-cell lung cancer in the United States over the last 30 years: Analysis of the surveillance, epidemiologic, and end results database. J Clin Oncol. 2006, 24: 4539-10.1200/JCO.2005.04.4859.
Khuder SA: Effect of cigarette smoking on major histological types of lung cancer: A meta-analysis. Lung Cancer. 2001, 31: 139-10.1016/S0169-5002(00)00181-1.
Patel AA, Kajdacsy-Balla A, Berman JJ, Bosland M, Datta MW, Dhir R, Gilbertson J, Melamed J, Orenstein J, Tai K, Becich MJ: The development of common data elements for a multi-institute prostate cancer tissue bank: The cooperative prostate cancer tissue resource (CPCTR) experience. BMC Cancer. 2005, 5: 108-10.1186/1471-2407-5-108.
Cancer Biomedical Informatics Grid: [https://cabig.nci.nih.gov]
Thornton M, O'Connor L: Standards for Cancer Registries Volume II: Data Standards and Data Dictionary. 2009, Springfield, Ill.: North American Association of Central Cancer, rev. August 2009. Report No.: Record Layout Version 12, 14
Edge SB, Byrd DR, Compton CC, Fritz AG, Greene FL, Trotti A: AJCC Cancer Staging Manual. 2009, Springer, 7
Ma PC, Tretiakova MS, MacKinnon AC, Ramnath N, Johnson C, Dietrich S, Seiwert T, Christensen JG, Jagadeeswaran R, Krausz T, Vokes EE, Husain AN, Salgia R: Expression and mutational analysis of MET in human solid cancers. Genes Chromosomes Cancer. 2008, 47: 1025-10.1002/gcc.20604.
Zlobec I, Terracciano L, Jass JR, Lugli A: Value in staining intensity in the interpretation of immunohistochemistry for tumor markers in colorectal cancer. Virchows Arch. 2007, 451: 763-10.1007/s00428-007-0466-8.
Lu Y, Lien H, Yeh P, Kuo S, Chang W, Kuo M, Cheng A: Glucocorticoid receptor expression in advanced non-small cell lung cancer: Clinicopathological correlation and in vitro effect of glucocorticoid on cell growth and chemosensitivity. Lung Cancer. 2006, 53: 303-10.1016/j.lungcan.2006.05.005.
Scott A, Salgia R: Biomarkers in lung cancer: From early detection to novel therapeutics and decision making. Biomark Med. 2008, 2: 577-10.2217/17520363.2.6.577.
Jagadeeswaran R, Surawska H, Krishnaswamy S, Janamanchi V, Mackinnon AC, Seiwert TY, Loganathan S, Kanteti R, Reichman T, Nallasura V, Schwartz S, Faoro L, Wang Y, Girard L, Tretiakova MS, Ahmed S, Zumba O, Soulii L, Bindokas VP, Szeto LL, Gordon GJ, Bueno R, Sugarbaker D, Lingen MW, Sattler M, Krausz T, Vigneswaran W, Natarajan V, Minna J, Vokes EE, Ferguson MK, Husain AN, Salgia R: Paxillin is a target for somatic mutations in lung cancer: Implications for cell growth and invasion. Cancer Res. 2008, 68: 132-10.1158/0008-5472.CAN-07-1998.
Luo J, Xie D, Liu M, Chen W, Liu Y, Wu G, Kung H, Zeng Y, Guan X: Protein expression and amplification of AIB1 in human urothelial carcinoma of the bladder and overexpression of AIB1 is a new independent prognostic marker of patient survival. Int J Cancer. 2008, 122: 2554-10.1002/ijc.23399.
Ozdag H, Teschendorff AE, Ahmed AA, Hyland SJ, Blenkiron C, Bobrow L, Verrakumarasivam A, Burtt G, Subkhankulova T, Arends MJ, Collins VP, Bowtell D, Kouzarides T, Brenton JD, Caldas C: Differential expression of selected histone modifier genes in human solid cancers. BMC Genomics. 2006, 7: 90-10.1186/1471-2164-7-90.
Zeng G, Hu Z, Kinch MS, Pan C, Flockhard DA, Kao C, Gardener TA, Zhang S, Li L, Baldridge LA, Koch MO, Ulbright TM, Eble JN, Cheng L: High-level expression of EphA2 receptor tyrosine kinase in prostatic intraepithelial neoplasia. Am J Pathology. 2003, 163: 2271-10.1016/S0002-9440(10)63584-5.
Kim ES, Salgia R: MET pathway as a therapeutic target. J Thorac Oncol. 2009, 4: 444-10.1097/JTO.0b013e31819d6f91.
Social Security Death Index: [http://ssdi.rootsweb.ancestry.com]
Szalma S, Koka V, Khasanova T, Perakslis ED: Effective knowledge management in translational medicine. J Translational Medicine. 2010, 8: 68-10.1186/1479-5876-8-68.
Mohanty SK, Mistry AT, Amin W, Parwani AV, Pople AK, Schmandt L, Winters SB, Milliken E, Kim P, Whelan NB, Farhat G, Melamed J, Taioli E, Dhir R, Pass HI, Becich MJ: The development and deployment of common data elements for tissue banks for translational research in cancer - an emerging standard based approach for the mesothelioma virtual tissue bank. BMC Cancer. 2008, 8: 91-10.1186/1471-2407-8-91.