PockDrug: A Model for Predicting Pocket Druggability That Overcomes Pocket Estimation Uncertainties

Journal of Chemical Information and Modeling - Tập 55 Số 4 - Trang 882-895 - 2015
Alexandre Borrel1,2,3, Leslie Regad1,2, Henri Xhaard4,3, Michel Petitjean1,2, Anne‐Claude Camproux1,2
1MTi, Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale (Inserm), INSERM, UMRS 973
2University Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité, UMRS-973, MTi, Paris, France
3University of Helsinki, Division of Pharmaceutical Chemistry, Faculty of Pharmacy, Helsinki, Finland
4Farmaceutiska fakulteten

Tóm tắt

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

Hopkins A. A. L., 2002, Nat. Rev. Drug Discovery, 1, 727, 10.1038/nrd892

Xue T., 2014, J. Med. Chem., 57, 7770, 10.1021/jm501045e

Crowther G. J., 2014, PLoS Negl. Trop. Dis., 8, e2628, 10.1371/journal.pntd.0002628

Hajduk P. J., 2005, J. Med. Chem., 48, 2518, 10.1021/jm049131r

Cheng A. C., 2007, Nat. Biotechnol., 25, 71, 10.1038/nbt1273

Brown D., 2003, Drug Discovery Today, 8, 1067, 10.1016/S1359-6446(03)02902-7

Cheng A. C., 2008, Annu. Rep. Comput. Chem., 4, 23, 10.1016/S1574-1400(08)00002-9

Fauman E. B., 2011, Curr. Opin. Chem. Biol., 15, 463, 10.1016/j.cbpa.2011.05.020

Lipinski C. a., 2005, Annu. Reports Comp Chem., 155, 10.1016/S1574-1400(05)01011-X

Halgren T. a., 2009, J. Chem. Inf. Model., 49, 377, 10.1021/ci800324m

Desaphy J., 2012, J. Chem. Inf. Model., 52, 2287, 10.1021/ci300184x

Schmidtke P., 2010, J. Med. Chem., 53, 5858, 10.1021/jm100574m

Perola E., 2012, J. Chem. Inf. Model., 52, 1027, 10.1021/ci200613b

Krasowski A., 2011, J. Chem. Inf. Model., 51, 2829, 10.1021/ci200266d

Volkamer A., 2012, J. Chem. Inf. Model., 52, 360, 10.1021/ci200454v

Pérot S., 2010, Drug Discovery Today, 15, 656, 10.1016/j.drudis.2010.05.015

Gao M., 2013, PLoS Comput. Biol., 9, e1003302, 10.1371/journal.pcbi.1003302

Hendlich M., 1997, J. Mol. Graphics Modell., 15, 389

Volkamer A., 2010, J. Chem. Inf. Model., 50, 2041, 10.1021/ci100241y

Le Guilloux V., 2009, BMC Bioinformatics, 10, 168, 10.1186/1471-2105-10-168

Schalon C., 2008, Proteins, 71, 1755, 10.1002/prot.21858

Weill N., 2010, J. Chem. Inf. Model., 50, 123, 10.1021/ci900349y

Yeturu K., 2008, BMC Bioinformatics, 9, 543, 10.1186/1471-2105-9-543

Feldman H. J., 2010, J. Chem. Inf. Model., 50, 1466, 10.1021/ci100210c

Tang G. W., 2014, PLoS Comput. Biol., 10, e1003589, 10.1371/journal.pcbi.1003589

Dance I., 2013, Sci. Rep., 3, 3237, 10.1038/srep03237

Masini T., 2013, Drug Discovery Today, 18, 1256, 10.1016/j.drudis.2013.07.003

Sivakumar S., 2014, J. Diabetes Metab. Disord., 13, 13, 10.1186/2251-6581-13-13

Zhang Y., 2005, Nucleic Acids Res., 33, 2302, 10.1093/nar/gki524

Hubbard, S. J.; Thornton, J.NACCESS, version 2.1.1, 1992.

Petitjean, M.RADI, version 4.0, 2014.http://petitjeanmichel.free.fr/itoweb.petitjean.freeware.html.

Milletti F., 2010, J. Chem. Inf. Model., 50, 1418, 10.1021/ci1001263

Burgoyne N. J., 2006, Bioinformatics, 22, 1335, 10.1093/bioinformatics/btl079

Eyrisch S., 2007, J. Med. Chem., 50, 3457, 10.1021/jm070095g

Kyte J., 1982, J. Mol. Biol., 157, 105, 10.1016/0022-2836(82)90515-0

Fisher R., 1936, Ann. Eugen., 7, 179, 10.1111/j.1469-1809.1936.tb02137.x

Krotzky T., 2014, J. Chem. Inf. Model., 54, 3229, 10.1021/ci500553a

Gao M., 2013, Bioinformatics, 29, 597, 10.1093/bioinformatics/btt024

Cuchillo R., 2015, J. Chem. Theory Comput., 11, 1292, 10.1021/ct501072t

Nisius B., 2011, J. Biotechnol., 159, 123, 10.1016/j.jbiotec.2011.12.005

Villar H. O., 1994, FEBS Lett., 349, 125, 10.1016/0014-5793(94)00648-2

Pérot S., 2013, PLoS One, 8, e63730, 10.1371/journal.pone.0063730

Petitjean M., 1992, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 32, 331, 10.1021/ci00008a012