Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Vị trí phát sinh loài của Ephedra rhytidosperma, một loài đặc hữu của Trung Quốc: Bằng chứng từ trình tự DNA lạp thể và DNA ribosome
Tóm tắt
Các gen lạp thể matK và rbcL, gen ribosome 18S và các vùng ITS của DNA ribosome h яạt nhân từ Ephedra rhytidosperma, một loài đặc hữu của Trung Quốc, đã được giải trình tự và vị trí phát sinh của nó được điều tra. Các phân tích phát sinh độc lập và kết hợp cho các trình tự DNA từ 16 taxa đại diện cho 15 loài của chi Ephedra đã được thực hiện bằng các phương pháp tối thiểu tối giản (MP), gia nhập hàng xóm (NJ), tiến hóa tối thiểu (ME) và cực đại khả năng (ML). Kết quả cho thấy E. rhytidosperma có mối quan hệ gần gũi với E. equisetina. Thời gian phân ly giữa chúng được ước tính là 10.85±2.44 triệu năm dựa trên kết quả của các bài kiểm tra tỷ lệ tương đối và tốc độ tiến hóa của gen rbcL.
Từ khóa
#Ephedra rhytidosperma #DNA lạp thể #DNA ribosome #phân tích phát sinh loàiTài liệu tham khảo
Price, R. A., Systematics of the Gnetales: Areview of morphological and molecular evidence, Int. J. Pl. Sci., 1996, 157 (Suppl.): S40-S49.
Friedman, W. E., Sexual reproduction inEphedra nevadensis (Ephedraceae): Further evidence of double fertilization in a nonflowering seed plant, Am. J. Bot., 1990, 77: 1582–1598.
Bowe, L. M., Coat, G., Depamphilis, C. W., Phylogeny of seed plants based on all three genomic compartments: Extant gymnosperms are monophyletic and Gnetales’ closest relatives are conifers, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97: 4092–4097.
Chaw, S. M., Parkinson, C. L., Cheng, Y. et al., Seed plant phylogeny inferred from all three plant genomes: Monophyly of extant gymnosperms and origin of Gnetales from conifers, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97: 4086–4091.
Rydin, C., Mohr, B., Friis, E. M.,Cratonia cotyledon gen. et sp nov: A unique Cretaceous seedling related toWelwitschia, Proc. Royal Soc. London Ser. B Biol. Sci., 2003, 270(Suppl): S29-S32.
Tao, J. R., Yang, Y., Alloephedra xingxuei gen. et sp. nov., an early Cretaceous member of ephedraceae from dalazi formation in Yanji Basin, Jilin Province of China, Acta Palaeontolog. Sin., 2003, 42(2): 208–215.
Huang, J. L., Price, R. A., Estimation of the age of extantEphedra using chloroplast rbcL sequence data, Mol. Biol. Evol., 2003, 20: 435–440.
Rydin, C., Pedersen, K. R., Friis, E. M., On the evolutionary history ofEphedra: Cretaceous fossils and extant molecules, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2004, 101: 16571–16576.
Wu, X. W., He, Y. L., Mei, S. W., Discovery ofEphedrites from the lower Jurassic Xiaomeigou Formation, Qinghai, Acta Palaeobo. Palynolog. Sin., 1986, 8: 13–21.
Crane, P. R., The fossil history of the Gnetales, Int. J. Pl. Sci., 1996, 157(Suppl.): S50-S57.
Guo, S. X., Wu, X. W., Ephedrites from Latest Jurrassic Yixian formation in western Liaoning, Northeast China, Acta Palaeontolog. Sin., 2000, 39: 81–91.
Sun, G., Zheng, S. L., Dilcher, D. L. et al., Early Angiosperms and Their Associated Plants from Western Liaoning, China, Shanghai: Shanghai Scientific and Technological Education Publishing House, 2001.
Yang, Y., Geng, B.Y., Dilcher, D. L. et al., Morphology and affinities of an early CretaceousEphedra (Ephedraceae) from China, Am. J. Bot, 2005, 92:231–241.
Ickert-Bond, S. M., Wojciechowski, M. E., Phylogenetic relationships inEphedra (Gnetales): Evidence from nuclear and chloroplast DNA sequence data, Syst. Bot, 2004, 29: 834–849.
Huang, J. L., Giannasi, D. E., Huang, J., Phylogenetic relationships inEphedra (Ephedraceae) inferred from chloroplast and nuclear DNA sequences, Mol. Phylogenet Evol., 2005, 35: 48–59.
Long, C., Kakiuchi, N., Takahashi, A. et al., Phylogenetic analysis of the DNA sequence of the non-coding region of nuclear ribosomal DNA and chloroplast ofEphedra plants in China, Planta Med., 2004, 70: 1080–1084.
Doyle, J. J., Doyle, J. L., A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue, Phytochem. Bull., 1987, 19: 11–15.
Shi, S., Huang, Y., Zhong, Y. et al., Phylogeny of the Altingiaceae based on cpDNA matK, PY-IGS and nrDNA ITS sequences, PI. Syst. Evol., 2001, 230: 13–24.
Thompson, J. D., Gibson, T. J., Plewniak, F. et al., The ClustalX windows interface: Flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools, Nucleic Acids Res., 1997, 25: 4876–4882.
Fitch, W. M., Toward defining the course of evolution: Minimum change for a specific tree topology, Syst. Zool., 1971, 20: 406–416.
Saitou, N., Nei, M., The neighbor-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees, Mol. Biol. Evol., 1987, 4: 406–425.
Rzhetsky, A., Nei, M., Theoretical foundation of the minimum-evolution method of phylogenetic inference, Mol. Biol. Evol., 1993, 10: 1073–1095.
Felsenstein, J., Evolutionary trees from DNA sequences: A maximum likelihood approach, J. Mol. Evol., 1981, 17: 368–376.
Swofford, D. L., PAUP* 4.0. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (and other methods), Sunderland: Sinauer Associates, 1999.
Hasegawa, M., Kishino, H., Yano, T, Dating of the human-ape splitting by a molecular clock of mitochondrial DNA, J. Mol. Evol., 1985, 22: 160–174.
Li, P., Bousquet, J., Relative-rate test for nucleotide substitutions between two lineages, Mol. Biol. Evol., 1992, 9: 1185–1189.
Zhong, Y., Shi, S. H., Tang, X. H. et al., Testing relative evolutionary rates and estimating divergence times among six genera ofRhizophoraceae using cpDNA and nrDNA sequences, Chinese Sci. Bull., 2000, 45(11): 1011–1015
Kumar, S., Tamura, K., Nei, M., MEGA3: Integrated software for molecular evolutionary genetics analysis and sequence alignment, Briefings Bioinfo., 2004, 5: 150–163.
Robinson-Rechaui, M., Huchon, D., RRTree: Relative-rate tests between groups of sequences on a phylogenetic tree, Bioinformatics, 2000, 16: 296–297.
Pachomova, M. G., Ephedraceae, Plantae Asiae Centralis, 1971, 6: 25–33.
Mussayev, I. F., On geography and phylogeny of some representatives of the genusEphedra L., Bot. Zhurnal., 1978, 63: 523–543.
Wendt, T, A new varietyof Ephedra torreyana (Ephedraceae) from West Texas and Chihuahua, with notes on hybridization in theE. torreyana complex, Phytologia, 1993, 74: 141–150.