MacKerell A. D., 2004, J. Comput. Chem., 25, 1584, 10.1002/jcc.20082
Stone A. J., 2008, Science, 321, 787, 10.1126/science.1158006
Freddolino P. L., 2010, Nat. Phys., 6, 751, 10.1038/nphys1713
Warshel A., 2007, J. Chem. Theor. Comput., 3, 2034, 10.1021/ct700127w
Lopes P. E. M., 2009, Theor. Chem. Acc., 124, 11, 10.1007/s00214-009-0617-x
Duan Y., 2003, J. Comput. Chem., 24, 1999, 10.1002/jcc.10349
Best R. B., 2009, J. Phys. Chem. B, 113, 9004, 10.1021/jp901540t
Best R. B., 2010, J. Phys. Chem. B, 114, 14916, 10.1021/jp108618d
Hornak V., 2006, Proteins, 65, 712, 10.1002/prot.21123
Li D.-W., 2011, J. Chem. Theor. Comput., 7, 1773, 10.1021/ct200094b
Lindorff-Larsen K., 2010, Proteins, 78, 1950, 10.1002/prot.22711
Best R. B., 2012, Biophys. J., 102, 1462, 10.1016/j.bpj.2012.02.024
Piana S., 2011, Biophys. J., 100, L47, 10.1016/j.bpj.2011.03.051
MacKerell A. D., 2000, J. Phys. Chem. B, 102, 3586, 10.1021/jp973084f
MacKerell A. D., 2004, J. Am. Chem. Soc., 126, 698, 10.1021/ja036959e
MacKerell A. D., 2004, J. Comput. Chem., 25, 1400, 10.1002/jcc.20065
Freddolino P. L., 2009, Biophys. J., 97, 2338, 10.1016/j.bpj.2009.08.012
Freddolino P. L., 2008, Biophys. J., 95, L75, 10.1529/biophysj.108.131565
Freddolino P. L., 2009, Biophys. J., 96, 3772, 10.1016/j.bpj.2009.02.033
Best R. B., 2008, Biophys. J., 95, L07, 10.1529/biophysj.108.132696
Mittal J., 2010, Biophys. J., 99, L26, 10.1016/j.bpj.2010.05.005
Best R. B., 2010, J. Phys. Chem. B, 114, 8790, 10.1021/jp102575b
Brooks B. R., 2009, J. Comput. Chem., 30, 1545, 10.1002/jcc.21287
Vorobyov I. V., 2005, J. Phys. Chem. B, 109, 18988, 10.1021/jp053182y
Mason P. E., 2004, J. Am. Chem. Soc., 126, 11462, 10.1021/ja040034x
Macias A. T., 2005, J. Comput. Chem., 26, 1452, 10.1002/jcc.20281
Phillips J. C., 2005, J. Comput. Chem., 26, 1781, 10.1002/jcc.20289
Hess B., 2008, J. Chem. Theor. Comput., 4, 435, 10.1021/ct700301q
Jorgensen W. L., 1983, J. Chem. Phys., 79, 926, 10.1063/1.445869
Durell S. R., 1994, J. Phys. Chem., 98, 2198, 10.1021/j100059a038
Graf, 2007, J. Am. Chem. Soc., 129, 1179, 10.1021/ja0660406
Darden T., 1993, J. Chem. Phys., 103, 8577
Miyamoto S., 1992, J. Comput. Chem., 13, 952, 10.1002/jcc.540130805
Kaminski G. A., 2001, J. Phys. Chem. B, 105, 6474, 10.1021/jp003919d
Oostenbrink C., 2004, J. Comput. Chem., 25, 1656, 10.1002/jcc.20090
Weerasinghe S., 2003, J. Phys. Chem. B., 107, 3891, 10.1021/jp022049s
Kokubo H., 2007, J. Phys. Chem. B, 111, 5233, 10.1021/jp067659x
Liu P., 2005, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 102, 13749, 10.1073/pnas.0506346102
Camilloni C., 2007, Proteins, 71, 1647, 10.1002/prot.21852
Mackerell A. D., 2004, J. Comput. Chem., 25, 1400, 10.1002/jcc.20065
Nosé S., 1984, Mol. Phys., 52, 255, 10.1080/00268978400101201
Ryckaert J. P., 1977, J. Comput. Phys., 23, 327, 10.1016/0021-9991(77)90098-5
Feller S. E., 1995, J. Chem. Phys., 103, 4613, 10.1063/1.470648
Kabsch W., 1983, Biopolymers, 22, 2577, 10.1002/bip.360221211
Heinig M., 2004, Nucleic Acids Res., 32, W500, 10.1093/nar/gkh429
Schuler B., 2008, Curr. Opin. Struct. Biol., 18, 16, 10.1016/j.sbi.2007.12.003
Jo. S., 2008, J. Comput. Chem., 29, 1859, 10.1002/jcc.20945
Wlodawer A., 1984, J. Mol. Biol., 180, 301, 10.1016/S0022-2836(84)80006-6
Vijay-Kumar S., 1987, J. Mol. Biol., 194, 531, 10.1016/0022-2836(87)90679-6
Ulmer T. S., 2003, J. Am. Chem. Soc., 125, 9179, 10.1021/ja0350684
Young A. C. M., 1993, J. Appl. Crystallogr., 26, 309, 10.1107/S0021889892010070
Parinello M., 1981, J. Appl. Phys., 52, 7182, 10.1063/1.328693
Blanco F. J., 1994, Nat. Struct. Biol., 1, 584, 10.1038/nsb0994-584
Muñoz V., 1997, Nature, 390, 196, 10.1038/36626
Fesinmeyer R. M., 2004, J. Am. Chem. Soc., 126, 7238, 10.1021/ja0379520
Du D. G., 2006, Biochemistry, 45, 2668, 10.1021/bi052039s
Best R. B., 2011, Proteins, 79, 1318, 10.1002/prot.22972
Shao Y., 2006, Phys. Chem. Chem. Phys., 8, 3172, 10.1039/B517914A
Frisch M. J. T., G. W., 2004, Gaussian 03
Halkier A., 1998, Chem. Phys. Lett., 286, 243, 10.1016/S0009-2614(98)00111-0
Shen Y., 2010, J. Biomol. NMR, 48, 13, 10.1007/s10858-010-9433-9
Zhu X., 2012, J. Chem. Inf. Model., 52, 1559, 10.1021/ci300079j
Woodcock H. L., 2007, Biophys. J., 93, 1, 10.1529/biophysj.106.099986
Guvench O., 2008, J. Mol. Model., 14, 667, 10.1007/s00894-008-0305-0
Berman H. M., 2003, Nat. Struct. Biol., 10, 980, 10.1038/nsb1203-980
Manders E. M. M., 1993, J. Microsc., 169, 375, 10.1111/j.1365-2818.1993.tb03313.x
Bernard D., 2007, J. Med. Chem., 50, 1799, 10.1021/jm0612463
Schmidt J. M., 1999, J. Biomol. NMR, 14, 1, 10.1023/A:1008345303942
Case D. A., 2000, J. Am. Chem. Soc., 122, 10390, 10.1021/ja001798p
Pérez C., 2001, J. Am. Chem. Soc., 123, 7081, 10.1021/ja003724j
Chou J. J., 2003, J. Am. Chem. Soc., 125, 8959, 10.1021/ja029972s
Bartlett G. J., 2010, Nature Chem. Biol., 6, 615, 10.1038/nchembio.406
Shalongo W., 1994, J. Am. Chem. Soc., 116, 8288, 10.1021/ja00097a039
Zwanzig R. W., 1954, J. Chem. Phys., 22, 1420, 10.1063/1.1740409
Scholtz J. M., 1991, J. Am. Chem. Soc., 113, 5102, 10.1021/ja00013a079
Muñoz V., 1995, J. Mol. Biol., 245, 275, 10.1006/jmbi.1994.0023
Halgren T. A., 1996, J. Comput. Chem., 17, 587
Oosterbrink C., 2004, J. Comput. Chem., 25, 1656, 10.1002/jcc.20090
Aliev A. E., 2010, J. Phys. Chem. B, 114, 12358, 10.1021/jp101581h
Best R. B., 2007, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 104, 18964, 10.1073/pnas.0709567104
Smith J. L., 1988, Acta Crystallogr., Sect. A: Found. Crystallogr., 44, 357, 10.1107/S0108767388000303
Jelsch C., 2000, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 97, 3171, 10.1073/pnas.97.7.3171
Ramachandran G. N., 1963, J. Mol. Biol., 7
Shaw D. E., 2010, Science, 330, 341, 10.1126/science.1187409
Hennig M., 1999, J. Mol. Biol., 288, 705, 10.1006/jmbi.1999.2722
Harata K., 1993, Acta Crystallogr., Sect. A: Found. Crystallogr., 44, 357
Kamada K., 2001, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 98, 3115, 10.1073/pnas.051631098
Wlodawer A., 1984, J. Mol. Biol., 180, 301, 10.1016/S0022-2836(84)80006-6
Szebenyi D. M., 1986, J. Biol. Chem., 261, 8761, 10.1016/S0021-9258(19)84447-2
Kachalova G. S., 1999, Science, 284, 473, 10.1126/science.284.5413.473
Flyvbjerg H., 1989, J. Chem. Phys., 91, 461, 10.1063/1.457480
Vajpai N., 2010, J. Am. Chem. Soc., 132, 3196, 10.1021/ja910331t
Press W. H., 1992, Numerical Recipes in C
Nettels D., 2007, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 104, 2655, 10.1073/pnas.0611093104
Best, R. B.; Mittal, J.; Feig, M.; MacKerell, A. D., Jr.Biophys. J.,in press.