Nghiên cứu xây dựng cơ sở dữ liệu xác định genotype HCV và bước đầu định lượng HCV bằng kỹ thuật digital PCR

Tạp Chí Khoa học Trường Đại học Quốc tế Hồng Bàng - Trang 17-24 - 2026
Huynh Thi Thu Thao1, Ha Thi Anh1, Nguyen Thi Nga1, Vu Thi Hai Yen1, Nguyen Tuan Anh2
1Trường Đại học Quốc tế Hồng Bàng
2Trung tâm Đào tạo và Chẩn đoán Y Sinh học phân tử, Bệnh viện Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh

Tóm tắt

Đặt vấn đề: Virus viêm gan C (Hepatitis C virus, HCV) có tính đa dạng di truyền cao, gây nhiều thách thức trong xác định và định lượng giữa các genotype/subtype. Mục tiêu: Xây dựng bộ dữ liệu hệ gen HCV nhằm xác định genotype/ subtype; đồng thời bước đầu phát triển xét nghiệm digital PCR (dPCR) nhằm phát hiện/định lượng HCV RNA. Đối tượng và phương pháp: Trình tự hệ gen HCV được thu thập và chọn lọc nhằm xây dựng bộ dữ liệu tham chiếu xác định genotype/subtype. Phân tích in silico được thực hiện để lựa chọn bộ mồi và mẫu dò phù hợp cho phản ứng PCR. Trên cơ sở này, xét nghiệm dPCR được thử nghiệm trên mẫu huyết thanh lâm sàng và được đối chiếu với real-time PCR. Kết quả: Bộ dữ liệu tham chiếu chuẩn đại diện cho 86 subtype thuộc 8 genotype HCV đã được thu thập, hỗ trợ phân loại genotype/subtype dựa trên bằng chứng tiến hóa. Xét nghiệm dPCR định lượng thành công tải lượng virus ở các mẫu dương tính và đồng thuận với real-time PCR. Kết luận: Nghiên cứu cung cấp dữ liệu tham chiếu và quy trình kỹ thuật ban đầu cho các ứng dụng lâm sàng trong tương lai, đồng thời làm cơ sở cho các nghiên cứu sâu về genotype và chẩn đoán phân tử HCV bằng dPCR.

Từ khóa

#Virus viêm gan C #khảo sát in silico #định lượng #digital PCR

Tài liệu tham khảo

<p><span class="fontstyle0">[1] B. Flower </span><span class="fontstyle2">et al.</span><span class="fontstyle0">, “Seroprevalence of Hepatitis B, C and D in Vietnam: A systematic review and metaanalysis,” </span><span class="fontstyle2">Lancet Reg. Heal. Pacific</span><span class="fontstyle0">, vol. 24, 2022.</span></p>

<p><span class="fontstyle0">[2] C. Le Ngoc </span><span class="fontstyle2">et al.</span><span class="fontstyle0">, “Differential prevalence and geographic distribution of hepatitis C virus genotypes in acute and chronic hepatitis C patients in Vietnam,” </span><span class="fontstyle2">PLoS One</span><span class="fontstyle0">, vol. 14, no. 3, p. e0212734, 2019.</span></p>

<p><span class="fontstyle0">[3] A. Berto </span><span class="fontstyle2">et al.</span><span class="fontstyle0">, “Current challenges and possible solutions to improve access to care and treatment for hepatitis C infection in Vietnam: a systematic review,” </span><span class="fontstyle2">BMC Infect. Dis.</span><span class="fontstyle0">, vol. 17, no. 1, p. 260, 2017.</span></p>

<p><span class="fontstyle0">[4] S. Zeuzem </span><span class="fontstyle2">et al.</span><span class="fontstyle0">, “Faldaprevir and deleobuvir for HCV genotype 1 infection,” </span><span class="fontstyle2">N. Engl. J. Med.</span><span class="fontstyle0">, vol. 369, no. 7, pp. 630-639, 2013.</span></p>

<p><span class="fontstyle0">[5] D. Rapoud </span><span class="fontstyle2">et al.</span><span class="fontstyle0">, “Towards HCV elimination among people who inject drugs in Hai Phong, Vietnam: study protocol for an effectiveness implementation trial evaluating an integrated model of HCV care (DRIVE-C: DRug use &amp; Infections in ViEtnam-hepatitis C),” </span><span class="fontstyle2">BMJ Open</span><span class="fontstyle0">, vol. 10, no. 11, p. e039234, 2020.</span></p>

<p><span class="fontstyle0">[6] B. Flower </span><span class="fontstyle2">et al.</span><span class="fontstyle0">, “High cure rates for hepatitis C virus genotype 6 in advanced liver fibrosis with 12 weeks sofosbuvir and daclatasvir: The Vietnam </span><span class="fontstyle0">SEARCH study,” in </span><span class="fontstyle2">Open forum infectious diseases</span><span class="fontstyle0">, Oxford University Press US, 2021, p. ofab267.</span></p>

<p><span class="fontstyle0">[7] J. D. Scott and D. R. Gretch, “Molecular diagnostics of hepatitis C virus infection: a systematic review,” </span><span class="fontstyle2">Jama</span><span class="fontstyle0">, vol. 297, no. 7, pp. 724- 732, 2007.</span></p>

<p><span class="fontstyle0">[8] A. A. Morley, “Digital PCR: A brief history,” </span><span class="fontstyle2">Biomol. Detect. Quantif.</span><span class="fontstyle0">, vol. 1, no. 1, pp. 1-2, 2014.</span></p>

<p><span class="fontstyle0">[9] Q. Yang </span><span class="fontstyle2">et al.</span><span class="fontstyle0">, “Evaluation of suitable control genes for quantitative polymerase chain reaction analysis of maternal plasma cell-free DNA,” </span><span class="fontstyle2">Mol. Med. Rep.</span><span class="fontstyle0">, vol. 12, no. 5, pp. 7728-7734, 2015.</span></p>

<p><span class="fontstyle0">[10] D. B. Smith </span><span class="fontstyle2">et al.</span><span class="fontstyle0">, “Expanded classification of hepatitis C virus into 7 genotypes and 67 subtypes: updated criteria and genotype assignment web resource,” </span><span class="fontstyle2">Hepatology</span><span class="fontstyle0">, vol. 59, no. 1, pp. 318-327, 2014.</span></p>

<p><span class="fontstyle0">[11] R. Kanagal-Shamanna, “Digital PCR: principles and applications,” </span><span class="fontstyle2">Clin. Appl. PCR</span><span class="fontstyle0">, pp. 43-50, 2016. [12] M. Frías </span><span class="fontstyle2">et al.</span><span class="fontstyle0">, “Evaluation of hepatitis C viral RNA persistence in HIV-infected patients with long-term sustained virological response by droplet digital PCR,” </span><span class="fontstyle2">Sci. Rep.</span><span class="fontstyle0">, vol. 9, no. 1, p. 12507, 2019.</span> <br /><br /></p>

Thông tin
Thông tin xuất bản

Tạp Chí Khoa học Trường Đại học Quốc tế Hồng Bàng

17-24

Thông tin tác giả