Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Tập hợp mới các SNP của gen ứng cử viên và microsatellite để phân tích các quá trình chọn lọc và trung tính hình thành các phản ứng quần thể của cá thuần châu Âu (Platichthys flesus) đối với áp lực nhân sinh và môi trường đối kháng
Tóm tắt
Sáu bộ xét nghiệm SNP của gen ứng cử viên và 12 microsatellite mới đã được phát triển ở cá thuần châu Âu (Platichthys flesus), nhằm cung cấp các công cụ mới để (1) điều tra sâu hơn về những dấu hiệu chọn lọc nghi ngờ trên các gen ứng cử viên, và (2) mô tả tốt hơn bối cảnh tiến hóa trung tính hình thành sự phân hóa của các quần thể. Tất cả các dấu hiệu đều được thử nghiệm thành công trên hai quần thể từ các cửa sông khác nhau, và sẽ hữu ích để hiểu rõ hơn về các phản ứng thích nghi có thể của các quần thể cá thuần đối với các áp lực nhân sinh (ví dụ: ấm lên toàn cầu, hiện tượng phú dưỡng, ô nhiễm), trên toàn bộ vùng phân bố của loài.
Từ khóa
#cá thuần châu Âu #SNP #microsatellite #quá trình chọn lọc #môi trường đối kháng #áp lực nhân sinhTài liệu tham khảo
Calvès I, Lavergne E, Meistertzheim A, Charrier G, Cabral H, Guinand B, Quiniou L, Laroche J (2013) Genetic structure of European flounder Platichthys flesus: effects of both the southern limit of the species’ range and chemical stress. Mar Ecol Prog Ser 472:257–273. doi:10.3354/meps09797
Malausa T, Gilles A, Meglécz E, Blanquart H, Duthoy S, Costedoat C, Dubut V, Pech N, Castagnone-Sereno P, Délye C, Feau N, Frey P, Gauthier P, Guillemaud T, Hazard L, Le Corre V, Lung-Escarmant B, Malé P-JG, Ferreira S, Martin J-F (2011) High-throughput microsatellite isolation through 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing of enriched DNA libraries. Mol Ecol Resour 11:638–644. doi:10.1111/j.1755-0998.2011.02992.x
Marchand J, Evrard E, Guinand B, Cachot J, Quiniou L, Laroche J (2010) Genetic polymorphism and its potential relation to environmental stress in five populations of the European flounder Platichthys flesus, along the French Atlantic coast. Mar Environ Res 70:201–209. doi:10.1016/j.marenvres.2010.05.002
Marchand J, Quiniou L, Laroche J (2013) Relationships between genotypes and phenotypes in natural populations of the European flounder (Platichthys flesus) under different types of contamination in estuaries. J Xenobiotics 3:14. doi:10.4081/xeno.2013.s1.e14
Meglécz E, Costedoat C, Dubut V, Gilles A, Malausa T, Pech N, Martin J-F (2010) QDD: a user-friendly program to select microsatellite markers and design primers from large sequencing projects. Bioinformatics 26:403–404. doi:10.1093/bioinformatics/btp670
Morvezen R, Cornette F, Charrier G, Guinand B, Lapègue S, Boudry P, Laroche J (2013) Multiplex PCR sets of novel microsatellite loci for the great scallop Pecten maximus and their application in parentage assignment. Aquat Living Resour 26:207–213. doi:10.1051/alr/2013052
Rabalais NN, Turner RE, Diaz RJ, Justic D (2009) Global change and eutrophication of coastal waters. ICES J Mar Sci 66:1528–1537. doi:10.1093/icesjms/fsp047
Rousset F (2008) genepop’007: a complete re-implementation of the genepop software for Windows and Linux. Mol Ecol Resour 8:103–106. doi:10.1111/j.1471-8286.2007.01931.x
Schuelke M (2000) An economic method for the fluorescent labeling of PCR fragments. Nat Biotechnol 18:233–234. doi:10.1038/72708
Vasconcelos RP, Reis-Santos P, Costa MJ, Cabral HN (2011) Connectivity between estuaries and marine environment: integrating metrics to assess estuarine nursery function. Ecol Indic 11:1123–1133. doi:10.1016/j.ecolind.2010.12.012