Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Hồ sơ phân tử trong sinh học và các con đường: một phương pháp sinh học hệ thống
Tóm tắt
Việc giải thích các hồ sơ phân tử trong bối cảnh sinh học đòi hỏi các chiến lược phân tích chuyên biệt. Ban đầu, các danh sách gen liên quan đã được sàng lọc để xác định các khái niệm phong phú liên quan đến các con đường hoặc các quá trình phân tử cụ thể. Tuy nhiên, nhược điểm của việc giải thích các danh sách gen bằng cách sử dụng các tập hợp gen đã được định nghĩa trước đã dẫn đến sự phát triển của các phương pháp mới mà chủ yếu dựa vào các khái niệm dựa trên mạng lưới. Các thuật toán này có ưu điểm cho phép có cái nhìn toàn diện hơn về các đặc tính tín hiệu của tình trạng đang được nghiên cứu cũng như phù hợp cho việc tích hợp các loại dữ liệu khác nhau như biểu hiện gen, đột biến gen và thậm chí các thông số mô học.
Từ khóa
Tài liệu tham khảo
Durinck S, Stawiski EW, Pavía-Jiménez A, Modrusan Z, Kapur P, Jaiswal BS, et al. Spectrum of diverse genomic alterations define non-clear cell renal carcinoma subtypes. Nat Genet. 2014;47:13–21.
Hammerman PS, Lawrence MS, Voet D, Jing R, Cibulskis K, Sivachenko A, et al. Comprehensive genomic characterization of squamous cell lung cancers. Nature. 2012;489:519–25.
Network Cancer Genome Atlas. Comprehensive molecular portraits of human breast tumours. Nature. 2012;490:61–70.
Getz G, Gabriel SB, Cibulskis K, Lander E, Sivachenko A, Sougnez C, et al. Integrated genomic characterization of endometrial carcinoma. Nature. 2013;497:67–73.
Creighton CJ, Morgan M, Gunaratne PH, Wheeler DA, Gibbs RA, Gordon Robertson A, et al. Comprehensive molecular characterization of clear cell renal cell carcinoma. Nature. 2013;499:43–9.
Taylor BS, Schultz N, Hieronymus H, Gopalan A, Xiao Y, Carver BS, et al. Integrative genomic profiling of human prostate cancer. Cancer Cell. 2010;18:11–22.
Network TCGA. Comprehensive molecular characterization of human colon and rectal cancer. Nature. 2012;487:330–7.
Coradini D, Boracchi P, Oriana S, Biganzoli E, Ambrogi F. Differential expression of genes involved in the epigenetic regulation of cell identity in normal human mammary cell commitment and differentiation. Chin J Cancer. 2014;33:501–10.
Liu ET, Lemberger T. Higher order structure in the cancer transcriptome and systems medicine. Mol Syst Biol. 2007;3:94.
Kleensang A, Maertens A, Rosenberg M, Fitzpatrick S, Lamb J, Auerbach S, et al. t4 workshop report: pathways of toxicity. ALTEX. 2014;31:53–61.
Bansal M, Belcastro V, Ambesi-Impiombato A, di Bernardo D. How to infer gene networks from expression profiles. Mol Syst Biol. 2007;3:78.
Ideker T, Dutkowski J, Hood L. Boosting signal-to-noise in complex biology: prior knowledge is power. Cell. 2011;144:860–3.
Doderer MS, Anguiano Z, Suresh U, Dashnamoorthy R, Bishop AJ, Chen Y. Pathway distiller–multisource biological pathway consolidation. BMC Genom. 2012;13:S18.
Chen EY, Xu H, Gordonov S, Lim MP, Perkins MH, Ma’ayan A. Expression2Kinases: mRNA profiling linked to multiple upstream regulatory layers. Bioinformatics. 2012;28:105–11.
Wang H, Zhou X. Detection and characterization of regulatory elements using probabilistic conditional random field and hidden Markov models. Chin J Cancer. 2013;32:186–94.