Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Phát hiện phân tử và phân loại virus đường ruột ở người trong nước mặt ở Hàn Quốc
Tóm tắt
Trong nghiên cứu này, dịch tễ học di truyền của các virus đường ruột (EVs) trong nước mặt của Hàn Quốc đã được đánh giá bằng cách thực hiện phân tích hệ gen của các chuỗi nucleotide ở vùng không mã hóa 5′ (5′ NCR), điều này đã được xác định bằng phân tích RT-PCR của các mẫu dương tính với xét nghiệm virus có thể nuôi cấy tổng quát. Kết quả cho thấy các chuỗi nucleotide của các EVs có thể được phân loại thành 4 cụm di truyền, và sự hiện diện chiếm ưu thế của các EVs của Hàn Quốc rất giống với virus echovirus loại 30. Thú vị thay, hai chuỗi nucleotide rất giống với những chuỗi thuộc virus coxsackie loại B1 được phân lập từ các bệnh nhân viêm màng não vô khuẩn tại Seoul, Hàn Quốc, điều này ngụ ý rằng có khả năng tồn tại một nguồn chung cho các virus lưu hành trong hệ thống nước và con người. Ngoài ra, 3 chuỗi nucleotide tập hợp mạnh với các chuỗi nucleotide từ Trung Quốc hoặc Nhật Bản, và một chuỗi nằm trong cùng cụm với virus echovirus loại 11 từ Đài Loan, điều này gợi ý rằng các EVs ở Châu Á có thể đã tiến hóa theo một cách đặc thù cho từng khu vực. Tóm lại, kết quả của nghiên cứu này cho thấy các EVs từ nước mặt Hàn Quốc có thể được phân loại di truyền là các virus coxsackie hoặc echoviruses, và chúng đã tiến hóa ở Châu Á theo một cách đặc thù cho từng khu vực.
Từ khóa
#virus đường ruột #dịch tễ học di truyền #nước mặt #Hàn Quốc #phân loại di truyềnTài liệu tham khảo
Boccia, D., A.E. Tozzi, B. Cotter, C. Rizzo, T. Russo, G. Buttinelli, A. Caprioli, M.L. Marziano, and F.M. Ruggeri. 2002. Waterborne outbreak of Norwalk-like virus gastroenteritis at a tourist resort, Italy. Emerg. Infect. Dis. 8, 563–568.
Brown, C.M., J.W. Cann, G. Simons, R.L. Fankhauser, W. Thomas, U.D. Parashar, and M.J. Lewis. 2001. Outbreak of Norwalk virus in a Caribbean island resort: application of molecular diagnosties to ascertain the vehicle of infection. Epidemiol. Infect. 126, 425–432.
Caro, V., S. Guillot, F. Delpeyroux, and R. Crainic. 2001. Molecularstrategy for ’serotyping’ of human enteroviruses. J. Gen. Virol. 82, 79–91.
Cheon, D.S., J. Lee, K. Lee, S. Lee, K. Park, J. Ahn, Y. Jee, J. Yoon, and H. Cho. 2004. Isolation and molecular identification of echovirus 13 isolated from patients of aseptic meningitis in Korea. 2002. J. Med. Virol. 73, 439–442.
Chonmaitree, T., C. Ford, C. Sanders, and H.L. Lucia. 1988. Comparison of cell cultures for rapid isolation of enteroviruses. J. Clin. Microbiol. 26, 2576–2580.
Dussart, P., G. Cartet, P. Huguet, N. Lévêque, C. Hajjar, J. Morvan, J. Vanderkerckhove, K. Ferret, B. Lina, J.J. Chomel, and H. Norder. 2005. Outbreak of acute hemorrhagic conjunctivitis in French Guiana and West Indies caused by coxsackievirus A24 variant: phylogenetic analysis reveals Asian import. J. Med. Virol. 75, 559–565.
Faustini, A., V. Fano, M. Muscillo, S. Zaniratti, G. La Rosa, L. Tribuzi, and C.A. Perucci. 2006. An outbreak of aseptic meningitis due to echovirus 30 associated with attending school and swimming in pools. Int. J. Infect. Dis. 10, 291–297.
Fout, G.S., B.C. Martinson, M.W. Moyer, and D.R. Dahling. 2003. A multiplex reverse transcription-PCR method for detection of human enteric viruses in groundwater. Appl. Environ. Microbiol. 69, 3158–3164.
Hsu, B.M., C.H. Chen, and M.T. Wan. 2007. Genetic diversity of epidemic enterovirus 71 strains recovered from clinical and environmental samples in Taiwan. Virus Res. 126, 69–75.
Iturriza-Gómara, M., B. Megson, and J. Gray. 2006. Molecular detection and characterization of human enteroviruses directly from clinical samples using RT-PCR and DNA sequencing. J. Med. Virol. 78, 243–253.
Joo, C.H., J. Ahn, I. Seo, Y.K. Kim, D. Kim, H. Hong, and H. Lee. 2005. Characterization of nonpolio enteroviruses recovered from patients with aseptic meningitis in Korea. Intervirology 48, 97–103.
Kok, T.W., T. Pryor, and L. Payne. 1998. Comparison of rhabdomyosarcoma, buffalo green monkey kidney epithelial, A549 (human lung epithelial) cells and human embryonic lung fibroblasts for isolation of enteroviruses from clinical samples. J. Clin. Virol. 11, 61–65.
Lawson, H.W., M.M. Braun, R.I. Glass, S.E. Stine, S.S. Monroe, H.K. Atrash, L.E. Lee, and S.J. Englender. 1991. Waterborne outbreak of Norwalk virus gastroenteritis at a southwest US resort: role of geological formations in contamination of well water. Lancet 337, 1200–1204.
Lee, C., S.H. Lee, E. Han, and S.J. Kim. 2004. Use of cell culture-PCR assay based on combination of A549 and BGMK cell lines and molecular identification as a tool to monitor infectious adenoviruses and enteroviruses in river water. Appl. Environ. Microbiol. 70, 6695–6705.
Lévêque, N., I. Lahlou Amine, R. Tcheng, D. Falcon, N. Rivat, P. Dussart, J.J. Muyembe, J.J. Chomel, H. Norder, M. Eugene, and B. Lina. 2007. Rapid diagnosis of acute hemorrhagic conjunctivitis due to coxsackievirus A24 variant by real-time one-step RT-PCR. J. Virol. Methods 142, 89–94.
Li, L., Y. He, H. Yang, J. Zhu, X. Xu, J. Dong, Y. Zhu, and Q. Jin. 2005. Genetic characteristics of human enterovirus 71 and coxsackievirus A16 circulating from 1999 to 2004 in Shenzhen, People’s Republic of China. J. Clin. Microbiol. 43, 3835–3839.
Li, L., H. Shimizu, L.T. Doan, P.G. Tung, S. Okitsu, O. Nishio, E. Suzuki, J.K. Seo, K.S. Kim, W.E. Muller, and H. Ushijima. 2004. Characterizations of adenovirus type 41 isolates from children with acute gastroenteritis in Japan, Vietnam, and Korea. J. Clin. Microbiol. 42, 4032–4039.
Lodder, W.J. and A.M. De Roda Husman. 2005. Presence of noroviruses and other enteric viruses in sewage and surface waters in the Netherlands. Appl. Environ. Microbiol. 71, 1453–1461.
Mark, A.P. and P.R. Raymond. 2001. Enteroviruses: Polioviruses, coxsackieviruses, echoviruses, and newer enteroviruses, p. 723–776. In M.K. David et al. (ed.), Fields virology, 5th ed. Lippincott Williams Wilkins, Philadelphia, Pennsylvania, USA.
Maurer, A.M. and D. Sturchler. 2000. A waterborne outbreak of small round structured virus, campylobacter and shigella co-infections in La Neuville, Switzerland, 1998. Epidemiol. Infect. 125, 325–332.
McCarthy, N., B. De Jong, T. Ziese, R. Sjolund, C.A. Hjalt, and J. Giesecke. 1998. Epidemiological investigation of an outbreak of gastroenteritis in Sweden in the absence of detailed microbiological information. Eur. J. Epidemiol. 14, 711–718.
Oberste, M.S., K. Maher, D.R. Kilpatrick, M.R. Flemister, B.A. Brown, and M.A. Pallansch. 1999. Typing of human enteroviruses by partial sequencing of VP1. J. Clin. Microbiol. 37, 1288–1293.
Oberste, M., D. Schnurr, K. Maher, S. Al-Busaidy, and M. Pallansch. 2001. Molecular identification of new picornaviruses and characterization of a proposed enterovirus 73 serotype. J. Gen. Virol. 82, 409–416.
Papaventsis, D., N. Siafakas, P. Markoulatos, G.T. Papageorgiou, C. Kourtis, E. Chatzichristou, C. Economou, and S. Levidiotou. 2005. Membrane adsorption with direct cell culture combined with reverse transcription-PCR as a fast method for identifying enteroviruses from sewage. Appl. Environ. Microbiol. 71, 72–79.
Park, C.S., M.S. Kim, S.D. Lee, S.S. Kim, K.M. Lee, and C.H. Lee. 2006. Molecular phylogenetic analysis of HIV-1 vif gene from Korean isolates. J. Microbiol. 44, 655–659.
Richter, J., D. Koptides, C. Tryfonos, and C. Christodoulou. 2006. Molecular typing of enteroviruses associated with viral meningitis in Cyprus, 2000–2002. J. Med. Microbiol. 55, 1035–1041.
Romero, J.R. 1999. Reverse-transcription polymerase chain reaction detection of the enteroviruses. Arch. Pathol. Lab. Med. 123, 1161–1169.
Siafakas, N., D. Papaventsis, S. Levidiotou-Stefanou, N.C. Vamvakopoulos, and P. Markoulatos. 2005. Classification and structure of echovirus 5′-UTR sequences. Virus Genes 31, 293–306.
Smura, T., S. Blomqvist, A. Paananen, T. Vuorinen, Z. Sobotová, V. Bubovica, O. Ivanova, T. Hovi, and M. Roivainen. 2007. Enterovirus surveillance reveals proposed new serotypes and provides new insight into enterovirus 5′-untranslated region evolution. J. Gen. Virol. 88, 2520–2526.
Thapar, N. and I.R. Sanderson. 2004. Diarrhoea in children: An interface between developing and developed countries. Lancet 363, 641–653.
Thoelen, I., P. Lemey, I. Van Der Donck, K. Beuselinck, A.M. Lindberg, and M. Van Ranst. 2003. Molecular typing and epidemiology of enteroviruses identified from an outbreak of aseptic meningitis in Belgium during the summer of 2000. J. Med. Virol. 70, 420–429.
Thoelen, I., E. Moes, P. Lemey, S. Mostmans, E. Wollants, A.M. Lindberg, A.M. Vandamme, and M. Van Ranst. 2004. Analysis of the serotype and genotype correlation of VP1 and the 5′ noncoding region in an epidemiological survey of the human enterovirus B species. J. Clin. Microbiol. 42, 963–971.
U. S. Environmental Protection Agency. 1996. ICR microbial laboratory manual. Publication EPA/600/R-95/178. Office of Research and Development, Government Printing Office, Washington, D.C., USA.
Zhao, Y.N., D.S. Perlin, S. Park, R.J. Jiang, L. Chen, Y. Chen, R. Gardiner, and Q.W. Jiang. 2006. FDJS03 isolates causing an outbreak of aseptic meningitis in China that evolved from a distinct Echovirus 30 lineage imported from countries of the Commonwealth of Independent States. J. Clin. Microbiol. 44, 4142–4148.