Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Đặc điểm phân tử của các khối u đáp ứng tiêu chí chẩn đoán cho khối u tuyến giáp dạng nang không xâm lấn với các đặc trưng hạt nhân giống như nhú (NIFTP)
Archiv für pathologische Anatomie und Physiologie und für klinische Medicin - Tập 474 - Trang 341-351 - 2019
Tóm tắt
“Khối u tuyến giáp carcinoma nhú dạng nang” (FV-PTC) không xâm lấn về mặt hình thái học có nguy cơ di căn rất nhỏ, do đó đã được phân loại lại thành một khối u có tiềm năng ác tính thấp, đó là khối u tuyến giáp dạng nang không xâm lấn với các đặc trưng hạt nhân giống như nhú (NIFTP). Hiện có rất ít nghiên cứu phân tử về loại khối u này. Chúng tôi đã thực hiện phân tích biểu hiện gen bằng phương pháp giải trình tự RNA, trên một loạt FV-PTCs, NIFTPs và adenoma dạng nang. Bộ dữ liệu đào tạo bao gồm các khối u từ kho lưu trữ The Cancer Genome Atlas (TCGA) (n = 46), trong đó các slide số đã được xem xét và phân loại thành FV-PTC xâm lấn hoặc không xâm lấn. Bộ dữ liệu kiểm tra bao gồm các NIFTP nội bộ, FV-PTCs xâm lấn và adenoma dạng nang (n = 26). Trong bộ dữ liệu đào tạo, phân cụm không giám sát đã phân tách các khối u thành ba kiểu hình biểu hiện khác nhau, có liên quan đến sự xâm lấn và các biến đổi phân tử đặc trưng. Cụ thể, kiểu hình “giống BRAF” được tăng cường trong FV-PTCs xâm lấn và các khối u có đột biến BRAF V600E. Kiểu hình “giống THADA” được tăng cường trong các khối u không xâm lấn và những khối u có sự tái sắp xếp liên quan đến THADA. Kiểu hình “giống giống gia đình RAS” bao gồm nhiều FV-PTCs xâm lấn và không xâm lấn và được tăng cường trong các khối u có đột biến gen thuộc họ RAS. Trong bộ dữ liệu kiểm tra, phân tích tâm gần nhất đã phân loại tất cả FV-PTCs xâm lấn là “giống BRAF” và tất cả adenoma dạng nang là “giống RAS” hoặc “giống THADA”. Các NIFTP là loại hình mô học đa dạng phân tử nhất, với các trường hợp được phân loại là “giống BRAF”, “giống THADA”, và “giống gia đình RAS.” Kết luận, các khối u đáp ứng tiêu chí cho NIFTP là đa dạng về mặt phân tử, khiến cho việc chẩn đoán chúng bằng các phương pháp phân tử gặp nhiều khó khăn, có khả năng bao gồm cả mẫu từ các mẫu tế bào bệnh lý.
Từ khóa
#khối u tuyến giáp #NIFTP #FV-PTC #phân tích biểu hiện gen #biến đổi phân tửTài liệu tham khảo
The Surveillance E, and End Results Program (SEER). The Surveillance, Epidemiology, and End Results Program (SEER). Thyroid Cancer Statistics, 1992–2012. Available at: https://seer.cancer.gov/statfacts/html/thyro.html. Accessed 04/3/2017
Kakudo K, Bai Y, Liu Z, Ozaki T (2012) Encapsulated papillary thyroid carcinoma, follicular variant: a misnomer. Pathol Int 62(3):155–160
Liu J, Singh B, Tallini G, Carlson DL, Katabi N, Shaha A, Tuttle RM, Ghossein RA (2006) Follicular variant of papillary thyroid carcinoma: a clinicopathologic study of a problematic entity. Cancer 107(6):1255–1264
Piana S, Frasoldati A, Di Felice E, Gardini G, Tallini G, Rosai J (2010) Encapsulated well-differentiated follicular-patterned thyroid carcinomas do not play a significant role in the fatality rates from thyroid carcinoma. Am J Surg Pathol 34(6):868–872
Rivera M, Ricarte-Filho J, Knauf J, Shaha A, Tuttle M, Fagin JA, Ghossein RA (2010) Molecular genotyping of papillary thyroid carcinoma follicular variant according to its histological subtypes (encapsulated vs infiltrative) reveals distinct BRAF and RAS mutation patterns. Mod Pathol 23(9):1191–1200
Vivero M, Kraft S, Barletta JA (2013) Risk stratification of follicular variant of papillary thyroid carcinoma. Thyroid 23(3):273–279
Widder S, Guggisberg K, Khalil M, Pasieka JL (2008) A pathologic re-review of follicular thyroid neoplasms: the impact of changing the threshold for the diagnosis of the follicular variant of papillary thyroid carcinoma. Surgery 144(1):80–85
Nikiforov YE, Seethala RR, Tallini G, Baloch ZW, Basolo F, Thompson LDR, Barletta JA, Wenig BM, al Ghuzlan A, Kakudo K, Giordano TJ, Alves VA, Khanafshar E, Asa SL, el-Naggar AK, Gooding WE, Hodak SP, Lloyd RV, Maytal G, Mete O, Nikiforova MN, Nosé V, Papotti M, Poller DN, Sadow PM, Tischler AS, Tuttle RM, Wall KB, LiVolsi VA, Randolph GW, Ghossein RA (2016) Nomenclature revision for encapsulated follicular variant of papillary thyroid carcinoma: a paradigm shift to reduce overtreatment of indolent tumors. JAMA Oncol 2(8):1023–1029
Lloyd RV, Osamura R, Kloppel G, Rosai J (2017) WHO Classification of tumours of endocrine organs. International Agency for Research on Cancer, Lyon
Guerra A, Sapio MR, Marotta V et al (2011) Prevalence of RET/PTC rearrangement in benign and malignant thyroid nodules and its clinical application. Endocr J 58(1):31–38
Kebebew E, Weng J, Bauer J, Ranvier G, Clark OH, Duh QY, Shibru D, Bastian B, Griffin A (2007) The prevalence and prognostic value of BRAF mutation in thyroid cancer. Ann Surg 246(3):466–471
Drieschner N, Kerschling S, Soller JT, Rippe V, Belge G, Bullerdiek J, Nimzyk R (2007) A domain of the thyroid adenoma associated gene (THADA) conserved in vertebrates becomes destroyed by chromosomal rearrangements observed in thyroid adenomas. Gene 403(1–2):110–117
Marques AR, Espadinha C, Catarino AL, Moniz S, Pereira T, Sobrinho LG, Leite V (2002) Expression of PAX8-PPAR gamma 1 rearrangements in both follicular thyroid carcinomas and adenomas. J Clin Endocrinol Metab 87(8):3947–3952
Clinkscales W, Ong A, Nguyen S, Harruff EE, Gillespie MB (2017) Diagnostic value of RAS mutations in indeterminate thyroid nodules. Otolaryngol Head Neck Surg 156(3):472–479
Agrawal N, Akbani R, Aksoy BA, Ally A, Arachchi H, Asa SL, Auman JT, Balasundaram M, Balu S, Baylin SB, Behera M, Bernard B, Beroukhim R, Bishop JA, Black AD, Bodenheimer T, Boice L, Bootwalla MS, Bowen J, Bowlby R, Bristow CA, Brookens R, Brooks D, Bryant R, Buda E, Butterfield YSN, Carling T, Carlsen R, Carter SL, Carty SE, Chan TA, Chen AY, Cherniack AD, Cheung D, Chin L, Cho J, Chu A, Chuah E, Cibulskis K, Ciriello G, Clarke A, Clayman GL, Cope L, Copland JA, Covington K, Danilova L, Davidsen T, Demchok JA, DiCara D, Dhalla N, Dhir R, Dookran SS, Dresdner G, Eldridge J, Eley G, el-Naggar AK, Eng S, Fagin JA, Fennell T, Ferris RL, Fisher S, Frazer S, Frick J, Gabriel SB, Ganly I, Gao J, Garraway LA, Gastier-Foster JM, Getz G, Gehlenborg N, Ghossein R, Gibbs RA, Giordano TJ, Gomez-Hernandez K, Grimsby J, Gross B, Guin R, Hadjipanayis A, Harper HA, Hayes DN, Heiman DI, Herman JG, Hoadley KA, Hofree M, Holt RA, Hoyle AP, Huang FW, Huang M, Hutter CM, Ideker T, Iype L, Jacobsen A, Jefferys SR, Jones CD, Jones SJM, Kasaian K, Kebebew E, Khuri FR, Kim J, Kramer R, Kreisberg R, Kucherlapati R, Kwiatkowski DJ, Ladanyi M, Lai PH, Laird PW, Lander E, Lawrence MS, Lee D, Lee E, Lee S, Lee W, Leraas KM, Lichtenberg TM, Lichtenstein L, Lin P, Ling S, Liu J, Liu W, Liu Y, LiVolsi VA, Lu Y, Ma Y, Mahadeshwar HS, Marra MA, Mayo M, McFadden DG, Meng S, Meyerson M, Mieczkowski PA, Miller M, Mills G, Moore RA, Mose LE, Mungall AJ, Murray BA, Nikiforov YE, Noble MS, Ojesina AI, Owonikoko TK, Ozenberger BA, Pantazi A, Parfenov M, Park PJ, Parker JS, Paull EO, Pedamallu CS, Perou CM, Prins JF, Protopopov A, Ramalingam SS, Ramirez NC, Ramirez R, Raphael BJ, Rathmell WK, Ren X, Reynolds SM, Rheinbay E, Ringel MD, Rivera M, Roach J, Robertson AG, Rosenberg MW, Rosenthal M, Sadeghi S, Saksena G, Sander C, Santoso N, Schein JE, Schultz N, Schumacher SE, Seethala RR, Seidman J, Senbabaoglu Y, Seth S, Sharpe S, Shaw KRM, Shen JP, Shen R, Sherman S, Sheth M, Shi Y, Shmulevich I, Sica GL, Simons JV, Sinha R, Sipahimalani P, Smallridge RC, Sofia HJ, Soloway MG, Song X, Sougnez C, Stewart C, Stojanov P, Stuart JM, Sumer SO, Sun Y, Tabak B, Tam A, Tan D, Tang J, Tarnuzzer R, Taylor BS, Thiessen N, Thorne L, Thorsson V, Tuttle RM, Umbricht CB, van den Berg DJ, Vandin F, Veluvolu U, Verhaak RGW, Vinco M, Voet D, Walter V, Wang Z, Waring S, Weinberger PM, Weinhold N, Weinstein JN, Weisenberger DJ, Wheeler D, Wilkerson MD, Wilson J, Williams M, Winer DA, Wise L, Wu J, Xi L, Xu AW, Yang L, Yang L, Zack TI, Zeiger MA, Zeng D, Zenklusen JC, Zhao N, Zhang H, Zhang J, Zhang J(J), Zhang W, Zmuda E, Zou L (2014) Integrated genomic characterization of papillary thyroid carcinoma. Cell 159(3):676–690
Yoo SK, Lee S, Kim SJ, Jee HG, Kim BA, Cho H, Song YS, Cho SW, Won JK, Shin JY, Park DJ, Kim JI, Lee KE, Park YJ, Seo JS (2016) Comprehensive analysis of the transcriptional and mutational landscape of follicular and papillary thyroid cancers. PLoS Genet 12(8):e1006239
Giordano TJ, Kuick R, Thomas DG, Misek DE, Vinco M, Sanders D, Zhu Z, Ciampi R, Roh M, Shedden K, Gauger P, Doherty G, Thompson NW, Hanash S, Koenig RJ, Nikiforov YE (2005) Molecular classification of papillary thyroid carcinoma: distinct BRAF, RAS, and RET/PTC mutation-specific gene expression profiles discovered by DNA microarray analysis. Oncogene 24(44):6646–6656
R: A language and environment for statistical computing. [computer program]. Vienna, Austria.: R Foundation for Statistical Computing; 2014
Institute NC. Genomic Data Commons Data Portal. https://portal.gdc.cancer.gov. Accessed June 10 2017
Genome wide annotation for Human. org.Hs.eg.db [computer program]. 2017
Robinson MDMD, Smyth GK (2010) edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data. Bioinformatics 26(1):139–140
McCarthy DJCY, Smyth GK (2012) Differential expression analysis of multifactor RNA-Seq experiments with respect to biological variation. Nucleic Acids Res 40(10):4299–4297
sva: Surrogate Variable Analysis [computer program]. 2017
Wilkerson MD, Hayes DN (2013) ConsensusClusterPlus: a class discovery tool with confidence assessments and item tracking. Bioinformatics 26(12):1572–1573
Dabney AR (2005) Classification of microarrays to nearest centroids. Bioinformatics 21(22):4148–4154
Trapnell C, Pachter L, Salzberg SL (2009) TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq. Bioinformatics 25(9):1105–1111
Law CW, Chen Y, Shi W, Smyth GK (2014) Voom: precision weights unlock linear model analysis tools for RNA-seq read counts. Genome Biol 15(2):R29
Ritchie ME, Phipson B, Wu D, Hu Y, Law CW, Shi W, Smyth GK (2015) Limma powers differential expression analyses for RNA-sequencing and microarray studies. Nucleic Acids Res 43(7):e47
Huang d W, Sherman BT, Lempicki RA (2009) Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources. Nat Protoc 4(1):44–57
Huang DW, Sherman BT, Lempicki RA (2009) Bioinformatics enrichment tools: paths toward the comprehensive functional analysis of large gene lists. Nucleic Acids Res 37(1):1–13
Alexander EK, Kennedy GC, Baloch ZW, Cibas ES, Chudova D, Diggans J, Friedman L, Kloos RT, LiVolsi VA, Mandel SJ, Raab SS, Rosai J, Steward DL, Walsh PS, Wilde JI, Zeiger MA, Lanman RB, Haugen BR (2012) Preoperative diagnosis of benign thyroid nodules with indeterminate cytology. N Engl J Med 367(8):705–715
Nikiforova MN, Wald AI, Roy S, Durso MB, Nikiforov YE (2013) Targeted next-generation sequencing panel (ThyroSeq) for detection of mutations in thyroid cancer. J Clin Endocrinol Metab 98(11):E1852–E1860
Afirma. https://www.afirma.com/physicians. Accessed Nov 5 2017
pheatmap: Pretty Heatmaps [computer program]. Version 10.8. https://CRAN.R-project.org/package=pheatmap2015. Accessed Jan 15 2017
Nikiforov YE, Carty SE, Chiosea SI, Coyne C, Duvvuri U, Ferris RL, Gooding WE, Hodak SP, LeBeau SO, Ohori NP, Seethala RR, Tublin ME, Yip L, Nikiforova MN (2014) Highly accurate diagnosis of cancer in thyroid nodules with follicular neoplasm/suspicious for a follicular neoplasm cytology by ThyroSeq v2 next-generation sequencing assay. Cancer 120(23):3627–3634
Thyroseq. https://thyroseq.com/physicians. Accessed 11/5/2017
Ameziane-El-Hassani R, Schlumberger M, Dupuy C (2016) NADPH oxidases: new actors in thyroid cancer? Nat Rev Endocrinol 12(8):485–494
Ameziane-El-Hassani R, Talbot M, de Souza Dos Santos MC et al (2015) NADPH oxidase DUOX1 promotes long-term persistence of oxidative stress after an exposure to irradiation. Proc Natl Acad Sci U S A 112(16):5051–5056
Raman P, Koenig RJ (2014) Pax-8-PPAR-gamma fusion protein in thyroid carcinoma. Nat Rev Endocrinol 10(10):616–623
Xing M (2013) Molecular pathogenesis and mechanisms of thyroid cancer. Nat Rev Cancer 13(3):184–199
Grivennikov S, Karin M (2008) Autocrine IL-6 signaling: a key event in tumorigenesis? Cancer Cell 13(1):7–9
Mantovani A, Allavena P, Sica A, Balkwill F (2008) Cancer-related inflammation. Nature 454(7203):436–444
Chem KT, Rosai J (1977) Follicular variant of thyroid papillary carcinoma: a clinicopathologic study of six cases. Am J Surg Pathol 1(2):123–130
Elsheikh TM, Asa SL, Chan JK et al (2008) Interobserver and intraobserver variation among experts in the diagnosis of thyroid follicular lesions with borderline nuclear features of papillary carcinoma. Am J Clin Pathol 130(5):736–744
Hirokawa M, Carney JA, Goellner JR, DeLellis RA, Heffess CS, Katoh R, Tsujimoto M, Kakudo K (2002) Observer variation of encapsulated follicular lesions of the thyroid gland. Am J Surg Pathol 26(11):1508–1514
Lloyd RV, Erickson LA, Casey MB, Lam KY, Lohse CM, Asa SL, Chan JKC, DeLellis RA, Harach HR, Kakudo K, LiVolsi VA, Rosai J, Sebo TJ, Sobrinho-Simoes M, Wenig BM, Lae ME (2004) Observer variation in the diagnosis of follicular variant of papillary thyroid carcinoma. Am J Surg Pathol 28(10):1336–1340
Rippe V, Drieschner N, Meiboom M, Escobar HM, Bonk U, Belge G, Bullerdiek J (2003) Identification of a gene rearranged by 2p21 aberrations in thyroid adenomas. Oncogene 22(38):6111–6114
Hang JF, Westra WH, Cooper DS, Ali SZ (2017) The impact of noninvasive follicular thyroid neoplasm with papillary-like nuclear features on the performance of the Afirma gene expression classifier. Cancer 125(9):683–691
Howitt BE, Jia Y, Sholl LM, Barletta JA (2013) Molecular alterations in partially-encapsulated or well-circumscribed follicular variant of papillary thyroid carcinoma. Thyroid 23(10):1256–1262
Paulson VA, Shivdasani P, Angell TE, Cibas ES, Krane JF, Lindeman NI, Alexander EK, Barletta JA (2017) Noninvasive follicular thyroid neoplasm with papillary-like nuclear features accounts for more than half of “carcinomas” harboring RAS mutations. Thyroid 27(4):506–511
Nikiforova MN, Mercurio S, Wald AI, Barbi de Moura M, Callenberg K, Santana-Santos L, Gooding WE, Yip L, Ferris RL, Nikiforov YE (2018) Analytical performance of the ThyroSeq v3 genomic classifier for cancer diagnosis in thyroid nodules. Cancer 124(8):1682–1690