Molecular Simulations of Diffusion and Association in Multimacromolecular Systems

Methods in Enzymology - Tập 383 - Trang 166-198 - 2004
Adrian H Elcock

Tài liệu tham khảo

Gabdoulline, 1998, Methods, 14, 329, 10.1006/meth.1998.0588 Elcock, 2001, J. Phys. Chem. B, 105, 1504, 10.1021/jp003602d Gabdoulline, 2002, Curr. Opin. Struct. Biol., 12, 204, 10.1016/S0959-440X(02)00311-1 Karplus, 2002, Nat. Struct. Biol., 9, 646, 10.1038/nsb0902-646 Daggett, 2001, Curr. Opin. Struct. Biol., 10, 160, 10.1016/S0959-440X(00)00062-2 Hasty, 2001, Nat. Rev. Genet., 2, 268, 10.1038/35066056 Elcock, 2002, Curr. Opin. Struct. Biol., 12, 154, 10.1016/S0959-440X(02)00303-2 Camacho, 2000, Biophys. J., 78, 1094, 10.1016/S0006-3495(00)76668-9 Ermak, 1978, J. Chem. Phys., 69, 1352, 10.1063/1.436761 Gabdoulline, 1997, Biophys. J., 72, 1917, 10.1016/S0006-3495(97)78838-6 Gabdoulline, 1996, J. Phys. Chem., 100, 3868, 10.1021/jp953109f Smith, 1994, J. Chem. Phys., 100, 3169, 10.1063/1.466407 Honig, 1995, Science, 268, 1144, 10.1126/science.7761829 Nicholls, 1991, J. Comput. Chem., 12, 435, 10.1002/jcc.540120405 Madura, 1995, Comput. Phys. Commun., 91, 57, 10.1016/0010-4655(95)00043-F Holst, 2000, J. Comput. Chem., 21, 1319, 10.1002/1096-987X(20001130)21:15<1319::AID-JCC1>3.0.CO;2-8 Baker, 2001, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 98, 10037, 10.1073/pnas.181342398 Hummer, 1999, J. Am. Chem. Soc., 121, 6299, 10.1021/ja984414s Lo Conte, 1999, J. Mol. Biol., 285, 2177, 10.1006/jmbi.1998.2439 Creighton, 1993 Janin, 1997, Nat. Struct. Biol., 4, 973, 10.1038/nsb1297-973 Elcock, 2001, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 98, 2290, 10.1073/pnas.061411798 Valdar, 2001, J. Mol. Biol., 313, 399, 10.1006/jmbi.2001.5034 Henrick, 1998, Trends Biochem. Sci., 23, 358, 10.1016/S0968-0004(98)01253-5 Fiser, 2002, Acc. Chem. Res., 35, 413, 10.1021/ar010061h Cambillau, 2000, J. Biol. Chem., 275, 32383, 10.1074/jbc.C000497200 Guex, 1999, Trends Biochem. Sci., 24, 364, 10.1016/S0968-0004(99)01427-9 van Aalten, 1996, J. Comput. Aided Mol. Design, 10, 255, 10.1007/BF00355047 Sitkoff, 1994, J. Phys. Chem., 98, 1978, 10.1021/j100058a043 Elcock, 1997, J. Phys. Chem. B, 101, 9624, 10.1021/jp971903q Hooft, 1996, Proteins, 26, 363, 10.1002/(SICI)1097-0134(199612)26:4<363::AID-PROT1>3.0.CO;2-D Vriend, 1990, J. Mol. Graphics, 8, 52, 10.1016/0263-7855(90)80070-V Allen, 1987 Sayle, 1995, Trends Biochem. Sci., 20, 374, 10.1016/S0968-0004(00)89080-5 DeLano, 2002 Schreiber, 2002, Curr. Opin. Struct. Biol., 12, 41, 10.1016/S0959-440X(02)00287-7 Spivey, 1999, Methods, 19, 306, 10.1006/meth.1999.0858 Huang, 2001, Annu. Rev. Biochem., 70, 149, 10.1146/annurev.biochem.70.1.149 Knighton, 1994, Nat. Struct. Biol., 1, 186, 10.1038/nsb0394-186 Elcock, 1996, Biochemistry, 35, 12652, 10.1021/bi9614747 Pettersson, 2000, Eur. J. Biochem., 267, 5041, 10.1046/j.1432-1327.2000.01558.x Elcock, 2002, Biophys. J., 82, 2326, 10.1016/S0006-3495(02)75578-1 Tomita, 2001, Trends Biotechnol., 19, 205, 10.1016/S0167-7799(01)01636-5 Loew, 2001, Trends Biotechnol., 19, 401, 10.1016/S0167-7799(01)01740-1 Stenman, 2003, Biotechniques, 34, 172, 10.2144/03341dd05 Muramatsu, 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 85, 2984, 10.1073/pnas.85.9.2984 Elcock, 2003, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 100, 2340, 10.1073/pnas.0535055100 Minton, 2001, J. Biol. Chem., 276, 10577, 10.1074/jbc.R100005200 Ellis, 2001, Trends Biochem. Sci., 10, 597, 10.1016/S0968-0004(01)01938-7 Martin, 1997, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 94, 1107, 10.1073/pnas.94.4.1107 Neal, 1995, AIChE J., 41, 1010, 10.1002/aic.690410432 Mahoney, 2000, J. Chem. Phys., 112, 8910, 10.1063/1.481505 Horton, 1992, Protein Sci., 1, 169, 10.1002/pro.5560010117 Elcock, 2001, Biophys. J., 80, 613, 10.1016/S0006-3495(01)76042-0 Neal, 1998, Biophys. J., 75, 2469, 10.1016/S0006-3495(98)77691-X Ellis, 2002, Nature, 416, 483, 10.1038/416483a Camacho, 2001, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 98, 10636, 10.1073/pnas.181147798 Janin, 2003, Proteins, 52, 2, 10.1002/prot.10381