Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Dự đoán độ gắn kết của ligand bằng phương pháp năng lượng tương tác tuyến tính
Tóm tắt
Một phương pháp gần đây để ước lượng độ gắn kết của ligand đã được mở rộng. Phương pháp này sử dụng trung bình các thành phần năng lượng tương tác từ mô phỏng động lực học phân tử hoặc các kỹ thuật lấy mẫu tuần hoàn nhiệt khác. Việc kết hợp các sai lệch hệ thống từ phản ứng tuyến tính tĩnh điện, được rút ra từ các nghiên cứu rối loạn năng lượng tự do, vào biểu thức năng lượng tự do tuyệt đối của độ gắn kết đã làm tăng đáng kể độ chính xác của phương pháp này. Loại phương pháp này có thể hữu ích cho việc dự đoán tính chất gắn kết của ligand một cách tính toán, ví dụ, trong các ứng dụng thiết kế thuốc.
Từ khóa
#độ gắn kết ligand #năng lượng tương tác #mô phỏng động lực học phân tử #thiết kế thuốcTài liệu tham khảo
Goodford, P.J., J. Med. Chem., 28 (1985) 849.
Tomioka, N., Itai, A. and Iitaka, Y., J. Comput.-Aided Mol. Design, 1 (1987) 197.
Novotny, J., Bruccoleri, R.E. and Saul, F.A., Biochemistry, 28 (1989) 4735.
Meng, E.C., Shoichet, B.K. and Kuntz, I.D., J. Comput. Chem., 13 (1992) 505.
Krystek, S., Stouch, T. and Novotny, J., J. Mol. Biol., 234 (1993) 661.
Rotstein, S.H. and Murcko, M.A., J. Med. Chem., 36 (1993) 1700.
Böhm, H.-J., J. Comput.-Aided Mol. Design, 8 (1994) 243.
Wallqvist, A., Jernigan, R.L. and Covell, D.G., Protein Sci., 4 (1995) 1881.
Verkhivker, G., Appelt, K., Freer, S.T. and Villafranca, J.E., Protein Eng., 8 (1995) 677.
Head, R.D., Smythe, M.L., Oprea, T.I., Waller, C.L., Greene, S. and Marshall, G.R., J. Am. Chem. Soc., 118 (1996) 3959.
Vajda, S., Weng, Z., Rosenfeld, R. and DeLisi, C., Biochemistry, 33 (1994) 13977.
Kurinov, I.V. and Harrison, R.W., Nat. Struct. Biol., 1 (1994) 735.
Holloway, M.K., Wai, J.M., Halgren, T.A., Fitzgerald, P.M.D., Vacca, J.P., Dorsey, B.D., Levin, R.B., Thompson, W.J., Chen, L.J., deSolms, S.J., Gaffin, N., Ghosh, A.K., Giuliani, E.A., Graham, S.L., Guare, J.P., Hungate, R.W., Lyle, T.A., Sanders, W.M., Tucker, T.J., Wiggins, M., Wiscount, C.M., Woltersdorf, O.W., Young, S.D., Darke, P.L. and Zugay, J.A., J. Med. Chem., 38 (1995) 305.
Ortiz, A.R., Pisabarro, M.T., Gago, F. and Wade, R.C., J. Med. Chem., 38 (1995) 2681.
Viswanadhan, V.N., Reddy, M.R., Wlodawer, A., Varney, M.D. and Weinstein, J.N., J. Med. Chem., 39 (1996) 705.
Beveridge, D.L. and DiCapua, F.M., Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem., 18 (1989) 431.
Jorgensen, W.L., Acc. Chem. Res., 22 (1989) 184.
Straatsma, T.P. and McCammon, J.A., Annu. Rev. Phys. Chem., 43 (1992) 407.
Kollman, P., Chem. Rev., 93 (1993) 2395.
Lee, F.S., Chu, Z.-T., Bolger, M.B. and Warshel, A., Protein Eng., 5 (1992) 215.
Gerber, P.R., Mark, A.E. and van Gunsteren, W.F., J. Comput.-Aided Mol. Design, 7 (1993) 305.
Åqvist, J., Medina, C. and Samuelsson, J.-E., Protein Eng., 7 (1994) 385.
Hansson, T. and Åqvist, J., Protein Eng., 8 (1995) 1137.
Hultén, J., Bonham, N.M., Nillroth, U., Hansson, T., Zuccarello, G., Bouzide, A., Åqvist, J., Classon, B., Danielson, H., Karlén, A., Kvarnström, I., Samuelsson, B. and Hallberg, A., J. Med. Chem., 40 (1997) 885.
Åqvist, J. and Mowbray, S.L., J. Biol. Chem., 270 (1995) 9978.
Paulsen, M.D. and Ornstein, R.L., Protein Eng., 9 (1995) 567.
Åqvist, J., J. Comput. Chem., 17 (1996) 1587.
Åqvist, J. and Hansson, T., J. Phys. Chem., 100 (1996) 9512.
Ben-Naim, A. and Marcus, Y., J. Chem. Phys., 81 (1984) 2016.
Ben-Naim, A. and Mazo, R.M., J. Phys. Chem., 97 (1993) 10829.
Blokzijl, W. and Engberts, J.B.F.N., Angew. Chem., Int. Ed. Engl., 32 (1993) 1545.
Carlson, H.A. and Jorgensen, W.L., J. Phys. Chem., 99 (1995) 10667.
Åqvist, J., Fothergill, M. and Warshel, A., J. Am. Chem. Soc., 115 (1993) 631.
van Gunsteren, W.F. and Berendsen, H.J.C., Groningen Molecular Simulation (GROMOS) Library Manual, Biomos B.V., Nijenborgh 16, Groningen, The Netherlands, 1987.
Jones-Hertzog, D.K. and Jorgensen, W.L., J. Med. Chem., 40 (1997) 1539.
Warshel, A. and Creighton, S., In van Gunsteren, W.F. and Weiner, P.K. (Eds.), Computer Simulation of Biomolecular Systems, Vol. 1, ESCOM, Leiden, The Netherlands, 1989, p. 120.
Wold, S., Quant. Struct.-Act. Relatsh., 10 (1991) 191.
Fersht, A.R., Leatherbarrow, R.J. and Wells, T.N.C., Biochemistry, 26 (1987) 6030.
Yadav, A., Jackson, R.M., Holbrook, J.J. and Warshel, A., J. Am. Chem. Soc., 113 (1991) 4800.
Warshel, A., Hwang, J.K. and Åqvist, J., Faraday Discuss., 93 (1992) 225.
Warshel, A., Schweins, T. and Fothergill, M., J. Am. Chem. Soc., 116 (1994) 8437.
Abraham, M.H., J. Am. Chem. Soc., 104 (1982) 2085.
Finkelstein, A.V. and Janin, J., Protein Eng., 3 (1989) 1.
Janin, J., Proteins, 24 (1996) i–ii.
Murphy, K.P., Xie, D., Thompson, K.S., Amzel, L.M. and Freire, E., Proteins, 18 (1994) 63.
Dunitz, J.D., Science, 264 (1994) 670.
Creighton, T. E., Proteins: Structures and Molecular Properties, Freeman, New York, NY, U.S.A., 1984.
Jorgensen, W.L. and Severance, D.L., J. Am. Chem. Soc., 112 (1990) 4768.