Phả hệ và phân loại họ Đậu trong thế kỷ 21: Tiến bộ, triển vọng và bài học cho các nhánh thực vật giàu loài khác
Tóm tắt
Họ Đậu, là họ thực vật có hoa lớn thứ ba, có sự phân bố toàn cầu và đóng vai trò quan trọng về sinh thái cũng như kinh tế. Chúng tôi xem xét cách mà cộng đồng nghiên cứu phân loại đậu có thể hợp tác để tạo ra một ước lượng phả hệ toàn diện cho khoảng 751 chi và khoảng 19.500 loài đậu, sau đó chuyển đổi nó thành một hệ thống phân loại dựa trên phả hệ. Chúng tôi tổng hợp trạng thái hiện tại của tri thức về phả hệ đậu và nhấn mạnh các vấn đề hiện có, chẳng hạn như trong việc chọn mẫu thuế và độ phân giải phả hệ. Chúng tôi xem xét các phương pháp từ tin sinh học và giải trình tự thế hệ tiếp theo, có thể hỗ trợ cho việc sản xuất các ước lượng phả hệ tốt hơn. Cuối cùng, chúng tôi xem xét cách mà hình thái có thể được kết hợp vào phả hệ đậu để giải quyết các vấn đề trong sinh học so sánh và phân loại. Mục tiêu của chúng tôi là kích thích nghiên cứu cần thiết để cải thiện kiến thức của chúng tôi về phả hệ và tiến hóa của họ Đậu; các phương pháp mà chúng tôi thảo luận cũng có thể có liên quan đến các nhánh thực vật có hoa khác giàu loài.
Từ khóa
Tài liệu tham khảo
Ahangarian S., 2007, Molecular phylogeny of the tribe Hedysareae with special reference to Onobrychis (Fabaceae) as inferred from nrDNA ITS sequences, Iran. J. Bot., 13, 64
Aliscioni S., 2011, New grass phylogeny resolves deep evolutionary relationships and discovers C4 origins, New Phytol., 193, 304
Banks H., 2003, Advances in legume systematics, part 10, Higher level systematics, 95
Barneby R.C., 1991, Sensitivae censitae: A description of the genus Mimosa L. (Mimosaceae) in the New World, Mem. New York Bot. Gard., 65, 1
Barneby R.C., 1998, Silk tree, guanacaste, monkey’s earring: A generic system for the synandrous Mimosaceae of the Americas. Part III, Calliandra. Mem. New York. Bot. Gard., 74, 1
Barneby R.C., 1996, Silk tree, guanacaste, monkey’s earring: A generic system for the synandrous Mimosaceae of the Americas. Part I. Abarema, Albizia and allies, Mem. New York. Bot. Gard., 74, 1
Barneby R.C., 1997, Silk tree, guanacaste, monkey’s earring. A generic system for the synandrous Mimosaceae of the Americas. Part II. Pithecellobium, Cojoba and Zygia, Mem. New York. Bot. Gard., 74, 1
Bentham G., 1865, Generaplantarum, 434
Bentham G., 1865, Genera plantarum
Bisby F.A., 1994, Phyto-chemical dictionary of the Leguminosae
Breteler F.J., 1995, Advances in legume systematics, part 7, Phylogeny, 53
Brouillet L., 2008, The taxonomy of North American Loti (Fabaceae: Loteae): New names in Acmispon and Hosackia, J. Bot. Res. Inst. Texas, 2, 387
Brown G.K., 2008, Systematics of the tribe Ingeae (Leguminosae-Mimosoideae) over the last 25 years, Muelleria, 26, 27, 10.5962/p.292491
Bruneau A., 2001, Phylogenetic relationships in the Caesalpinioideae (Leguminosae) as inferred from chloroplast trnL intron sequences, Syst. Bot., 26, 487
de Candolle A.P., 1825, Prodromus systematis naturalis regni vegeta-bilis
Chappill J.A., 1995, Advances in legume systematics, part 7, Phylogeny, 1
Chappill J.A., 1995, Advances in legume systematics, part 7, Phylogeny, 77
Cowan R.S., 1981, Advances in legume systematics, 117
Cowan R.S., 1981, Advances in legume systematics, 135
Crisp M.D., 2003, Advances in legume systematics, part 10, Higher level systematics, 253
Crisp M.D., 2000, Advances in legume systematics, 249
Crisp M.D. Arroyo M.T.K. Cook L.G. Gandolfo M.A. Jordan G.J. McGlone M.S. Weston P.H. Westoby M. Wilf P.&Linder H.P.2009. Phylogenetic biome conservatism on a globalscale. Nature 458: 754–756.http://dx.doi.org/10.1038/nature07764
Cullen J., 2011, The European Garden Flora, vol. 3, Angiospermae—Dicotyledons: Resedaceae to Cyrillaceae
Degtjareva G.V., 2008, New data on nrITS phylogeny of Lotus (Leguminosae, Loteae), Wulfenia, 15, 35
Doyle J.J., 2000, Advances in legume systematics, 1
Elias T.S., 1981, Advances in legume systematics, 143
Evans J.A., 2006, Wood anatomy of the Mimosoideae (Leguminosae), I. A. W. A. J., 5, 1
Ferguson I.K., 1994, Advances in legume systematics, part 6, Structural botany, 11
Fortunato R.H., 2005, Legumes of the world, 184
Gandhi K.N., 2011, Dermatophyllum, the correct name for Calia (Fabaceae), Phytoneuron, 57, 1
Gasson P., 2003, Advances in legume systematics, part 10, Higher level systematics, 63
Gentry A.H., 1993, A field guide to the families and genera of woody plants of northwest South America (Colombia, Ecuador, Peru), with supplementary notes on herbaceous taxa
Goldblatt P., 1981, Advances in legume systematics, 427
Greuter W., 2000, International Code of Botanical Nomenclature (Saint Louis Code): Adopted by the Sixteenth International Botanical Congress St Louis, Missouri, July-August 1999
Grimes J., 1995, Advances in legume systematics, part 7, Phylogeny, 101
Guinet P., 1981, Advances in legume systematics, 835
Haston E.M., 2003, Advances in legume systematics, part 10, Higher level systematics, 149
Herendeen P.S., 1995, Advances in legume systematics, part 7, Phylogeny, 123
Herendeen P.S., 2003, Advances in legume systematics, part 10, Higher level systematics, 37
Hu J.-M., 2003, Two new members of the Callerya group (Fabaceae) based on phylogenetic analysis of rbcL sequences: Endosamara racemosa (Roxb.) Geesink and Callerya vasta (Kosterm.) Schot, Taiwania, 48, 118
Hu J.-M., 2002, Phylogenetic analysis of nuclear ribosomal ITS/5.8 S sequences in the tribe Millettieae (Fabaceae): Poecilanthe-Cyclolobium, the core Millettieae, and the Callerya group, Syst. Bot., 27, 722
Hughes C.E., 2003, Advances in legume systematics, part 10, Higher level systematics, 221
Ireland H., 2000, Advances in legume systematics, 217
Irwin H.S., 1981, Advances in legume systematics, 97
Irwin H.S., 1982, The American Cassiinae. A synoptical revision of Leguminosae tribe Cassieae subtribe Cassiinae in the New World, Mem. New York Bot. Gard., 35, 1
Jussieu A.L., 1789, Genera plantarum
Kajita T., 2001, rbcL and legume phylogeny, with particular reference to Phase-oleae, Millettieae, and allies, Syst. Bot., 26, 515
Kyalangalilwa B. Boatwright J.S. Daru B.H. Maurin O.&Van der Bank M.In press. Phylogenetic position and revised classification ofAcacias. l. (Fabaceae: Mimosoideae) in Africa including new combinations inVachelliaandSenegalia. Bot. J. Linn. Soc.
Lackey J.A., 1981, Advances in legume systematics, 301
Langenheim J.H., 2003, Plant resins: Chemistry, evolution, ecology, and ethnobotany
Lavin M., 2003, Phylogeny of robinioid legumes (Fabaceae) revisited: Coursetia and Gliricidia recircumscribed, and a biogeographical appraisal of the Caribbean endemics, Syst. Bot., 28, 387
Léonard J., 1957, Genera des Cynometreae et des Amherstieae africaines (Leguminosae-Caesalpinioideae), Mém. Cl. Sci. Acad. Roy. Belgique (8vo), 30, 1
Lewis G.P., 2005, Legumes of the world, 127
Lewis G.P., 1981, Advances in legume systematics, 155
Lewis G.P., 2005, Legumes of the world, 57
Lewis G.P., 2003, Advances in legume systematics, part 10, Higher level systematics, 1
Lewis G., 2005, Legumes of the world
de Lima H.C., 1990, Tribo Dalbergieae (Leguminosae-Papilionoideae) — Morfologia dos frutos, sementes e plántulas e sua aplicaçâo na sistemática, Arch. Jard. Bot. Rio de Janeiro, 30, 1
Liston A., 1995, Advances in legume systematics, part 7, Phylogeny, 31
Luckow M., 1995, Advances in legume systematics, part 7, Phylogeny, 63
Luckow M., 2000, Advances in legume systematics, 165
Luckow M., 2003, Advances in legume systematics, part 10, Higher level systematics, 197
Mackinder B., 2005, Legumes of the world, 68
Mackinder B.A., 2011, Monograph of Berlinia (Leguminosae), Syst. Bot. Monogr., 91, 1
Mackinder B.A., 2010, Proceedings of the 18th AETFATCongress, 43
Maslin B.R., 2003, Overview of the generic status of Acacia (Leguminosae: Mimosoideae), Austral. Syst. Bot., 16, 1, 10.1071/SB02008
Miller J.T., 2003, A phylogenetic analysis of Acacieae and Ingeae (Mimos-oideae: Fabaceae) based on trnK, matK, psbA-trnH and trnL-trnF sequence data, Syst. Bot., 28, 558
Murphy D.J., 2008, A review of the classification of Acacia (Leguminosae, Mimosoideae), Muelleria, 26, 10, 10.5962/p.292490
Nemoto T., 2010, Phylogeny ofLespedeza (Leguminosae) based on chloroplast trnL-trnF sequences, J. Jap. Bot., 85, 213
Nielsen I., 1981, Advances in legume systematics, 173
Ohashi H., 2012, Ototropis, a genus separated from Desmodium (Leguminosae), J. Jap. Bot., 87, 108
Ohashi H., 2012, Verdesmum, a new genus of Legumi-nosae: tribe Desmodieae, J. Jap. Bot., 87, 299
Pazos-Navarro M., 2011, Next generation DNA sequencing technology delivers valuable genetic markers for the genomic orphan legume species, Bituminaria bituminosa, B. M. C. Genet., 12, 104
Pennington T.D., 1997, The genus Inga: Botany
Pennington R.T., 2000, Advances in legume systematics, 233
Pennington R.T., 2001, Phylogenetic relationships of basal papil-ionoid legumes based upon sequences of the chloroplast trnL intron, Syst. Bot., 26, 537
Peters R.S., 2011, The taming of an impossible child: A standardized all-in approach to the phylogeny of Hymenoptera using public database sequences, B. M. C. Biol., 9, 55
Polhill R.M., 1994, Phytochemical dictionary of the Leguminosae
Polhill R.M., 1981, Advances in legume systematics
Polhill R.M., 1981, Advances in legume systematics, 81
Queiroz L.P., 2003, Advances in legume systematics, 105
Rico Arce M. de L., 2006, A taxonomic revision of Acaciella (Leguminosae, Mimosoideae), Anales Jard. Bot. Madrid, 63, 189
Rico Arce M. de L., 2001, A preliminary survey of pollen and other morphological characters in neotropical Acacia subgenusAculeiferum (Leguminosae: Mimosoideae), Bot. J. Linn. Soc., 135, 263
Rieseberg L.H., 1991, Phylogenetic consequences of cytoplasmic gene flow in plants, Evol. Trends Pl., 5, 65
Ross J.H., 2005, Legumes of the world, 252
Russell A., 2004, The distribution and taxonomic significance of a 50kb inversion in the Papilionoideae (Leguminosae)
Schrire B.D., 2005, Global distribution patterns of the Leguminosae: Insights from recent phylogenies., Biol. Skr., 55, 375
Seigler D.S., 2005, New combinations in the genus Vachellia (Fabaceae: Mimosoideae) from the New World, Phyto-logia, 87, 139
Simpson B.B., 2003, Advances in legume systematics, 123
Sousa M., 2005, Heteroflorum: Un nuevo gènero del grupo Peltopho-rum (Leguminosae: Caesalpinioideae: Caesalpinieae), endèmico para Mexico, Novon, 15, 213
Sprent J.I., 2001, Nodulation in legumes
Steele K.P., 2003, Advances in legume systematics, part 10, Higher level systematics, 355
Steyermark J.A., 1998, Flora of the Venezuelan Guayana
Steyermark J.A., 1999, Flora of the Venezuelan Guayana
Steyermark J.A., 2001, Flora of the Venezuelan Guayana
Thompson I.R., 2010, A revision of Plagiocarpus (Brongniartieae: Fabaceae), Muelleria, 28, 40, 10.5962/p.337571
Thompson I.R., 2010, A revision of the leafless species of Templetonia (Brongniartieae: Fabaceae), Muelleria, 28, 53, 10.5962/p.337572
Thompson I.R., 2010, A revision of Cristonia (Brongniartieae: Fab-aceae), Muelleria, 28, 66, 10.5962/p.337573
Thompson I.R., 2011, A revision of Muelleranthus, Ptychosema and Aenictophyton (Fabaceae: Bossiaeeae), Muelleria, 29, 173, 10.5962/p.292522
Van Wyk B.-E., 1995, Advances in legume systematics, part 7, Phylogeny, 283
Villiers J.-F., 2002, The Leguminosae of Madagascar, 271
Webb C.O., 2002, Phy-logenies and community ecology, Annual Rev. Ecol. Syst., 33, 475505
Wieringa J.J., 1999, Monopetalanthus exit: A systematic study of Aphanocalyx, Bikinia, Icuria, Michelsonia and Tetraberlinia (Leguminosae, Caesalpinioideae), Agric. Uni. Wageningen Pap., 99, 1
Wieringa J.J., 2003, Advances in legume systematics, part 10, Higher level systematics, 181
Wojciechowski M.F., 2003, Advances in legume systematics, part 10, Higher level systematics, 5
Wojciechowski M.F., 2000, Advances in legume systematics, 277
Wunderlin R.P., 2010, New combinations in Schnella (Fabaceae: Caes-alpinioideae: Cercideae), Phytoneuron, 49, 1
Wunderlin R., 1981, Advances in legume systematics