Phân tích meta quy mô lớn dữ liệu vi thể ung thư nhận diện các biểu hiện phiên mã chung của quá trình chuyển dạng u ác và tiến triển

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America - Tập 101 Số 25 - Trang 9309-9314 - 2004
Daniel R. Rhodes1, Jianjun Yu1, K. Shanker1, Nandan Deshpande1, Radhika Varambally1, Debashis Ghosh1, Terrence R. Barrette1, Akhilesh Pandey1, Arul M. Chinnaiyan1
1Departments of Pathology, Bioinformatics, Biostatistics, and Urology and Comprehensive Cancer Center, University of Michigan Medical School, Ann Arbor, MI 48109; Institute of Bioinformatics, Bangalore 560 066, India; and McKusick–Nathans Institute of Genetic Medicine and Department of Biological Chemistry, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, MD 21205

Tóm tắt

Nhiều nghiên cứu đã sử dụng vi mảng DNA để xác định chữ ký biểu hiện gen của ung thư ở người, tuy nhiên, những đặc điểm quan trọng của các chữ ký thường lớn đến mức không thể quản lý vẫn là một câu đố khúc mắc. Để giải quyết vấn đề này, chúng tôi đã phát triển một phương pháp thống kê, gọi là phân tích tĩnh hợp so sánh, nhằm xác định và đánh giá giao điểm của nhiều chữ ký biểu hiện gen từ một bộ sưu tập dữ liệu vi mảng đa dạng. Chúng tôi đã thu thập và phân tích 40 bộ dữ liệu vi mảng ung thư đã được công bố, bao gồm 38 triệu phép đo biểu hiện gen từ hơn 3.700 mẫu ung thư. Từ những dữ liệu này, chúng tôi đã đặc trưng hóa một hồ sơ phiên mã chung được kích hoạt phổ biến trong hầu hết các loại ung thư so với các mô bình thường mà chúng phát sinh, có khả năng phản ánh các đặc điểm phiên mã thiết yếu của quá trình chuyển dạng u ác. Ngoài ra, chúng tôi còn đặc trưng hóa một hồ sơ phiên mã thường được kích hoạt ở nhiều loại ung thư không phân hóa, gợi ý những cơ chế phân tử chung mà các tế bào ung thư sử dụng để tiến triển và tránh sự phân hóa. Cuối cùng, chúng tôi đã xác thực những hồ sơ phiên mã này trên các bộ dữ liệu độc lập.

Từ khóa

#biểu hiện gen #vi mảng DNA #tổn thương u ác #chuyển dạng u ác #phân tích meta

Tài liệu tham khảo

10.1073/pnas.96.12.6745

10.1038/35090585

Luo, J., Duggan, D. J., Chen, Y., Sauvageot, J., Ewing, C. M., Bittner, M. L., Trent, J. M. & Isaacs, W. B. (2001) Cancer Res. 61, 4683-4688.11406537

10.1002/mc.10018

Magee, J. A., Araki, T., Patil, S., Ehrig, T., True, L., Humphrey, P. A., Catalona, W. J., Watson, M. A. & Milbrandt, J. (2001) Cancer Res. 61, 5692-5696.11479199

Notterman, D. A., Alon, U., Sierk, A. J. & Levine, A. J. (2001) Cancer Res. 61, 3124-3130.11306497

10.1073/pnas.98.3.1176

Welsh, J. B., Sapinoso, L. M., Su, A. I., Kern, S. G., Wang-Rodriguez, J., Moskaluk, C. A., Frierson, H. F., Jr., & Hampton, G. M. (2001) Cancer Res. 61, 5974-5978.11507037

10.1016/S0002-9440(10)64408-2

10.1073/pnas.241500798

10.1016/S1535-6108(02)00030-2

10.1038/nm843

10.1038/nature01075

10.1038/415530a

10.1073/pnas.191367098

10.1038/nm0102-68

Schwartz, D. R., Kardia, S. L., Shedden, K. A., Kuick, R., Michailidis, G., Taylor, J. M., Misek, D. E., Wu, R., Zhai, Y., Darrah, D. M., et al. (2002) Cancer Res. 62, 4722-4729.12183431

Rickman, D. S., Bobek, M. P., Misek, D. E., Kuick, R., Blaivas, M., Kurnit, D. M., Taylor, J. & Hanash, S. M. (2001) Cancer Res. 61, 6885-6891.11559565

10.1038/ng1060

10.1038/ng1061

10.1091/mbc.02-02-0023

10.1073/pnas.191502998

10.1038/nature01858

10.1126/science.287.5461.2204

Rhodes, D. R., Barrette, T. R., Rubin, M. A., Ghosh, D. & Chinnaiyan, A. M. (2002) Cancer Res. 62, 4427-4433.12154050

10.1073/pnas.1530509100

10.1073/pnas.95.25.14863

10.1056/NEJMoa012914

10.1038/75556

10.1073/pnas.211566398

10.1016/S0167-4781(98)00134-1

10.1097/00001622-200211000-00007

10.1126/science.1076997

10.1016/S0092-8674(03)00123-5

10.1073/pnas.1933744100

10.1093/emboj/cdg542

10.1002/(SICI)1097-0177(199908)215:4<344::AID-AJA6>3.0.CO;2-H

10.1038/25141

10.1016/S0002-9440(10)64222-8

10.1016/S0002-9440(10)63846-1

Gutmann, D. H., Hedrick, N. M., Li, J., Nagarajan, R., Perry, A. & Watson, M. A. (2002) Cancer Res. 62, 2085-2091.11929829

10.1016/S0002-9440(10)63887-4

10.1016/S0002-9440(10)63911-9

Khatua, S., Peterson, K. M., Brown, K. M., Lawlor, C., Santi, M. R., LaFleur, B., Dressman, D., Stephan, D. A. & MacDonald, T. J. (2003) Cancer Res. 63, 1865-1870.12702575

LaTulippe, E., Satagopan, J., Smith, A., Scher, H., Scardino, P., Reuter, V. & Gerald, W. L. (2002) Cancer Res. 62, 4499-4506.12154061

10.1006/gyno.2001.6352

10.1165/rcmb.2002-0183RC

10.1091/mbc.e03-05-0279

10.1186/bcr486

Thông tin
Thông tin xuất bản

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Tập 101 Số 25

9309-9314

Thông tin tác giả