Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Lacrimispora defluvii PI-S10-B5AT sp. nov., một Loại Vi Khuẩn Yêu Cầu Kỵ Khí, Được Tách Chiết Từ Chất Thải Công Nghiệp và Phân Loại Lại Hungatella xylanolytica thành Lacrimispora xylanolytica và Clostridium indicum thành Lacrimispora indica Comb. nov.
Tóm tắt
Một chủng vi khuẩn đã được tách chiết từ bùn thải của một nhà máy xử lý nước thải công nghiệp gần Patancheru, Hyderabad, Ấn Độ và được chỉ định là PI-S10-B5AT. Đây là một vi khuẩn kỵ khí tuyệt đối, hình que, có khả năng hình thành bào tử, và có khả năng di động, đã nhuộm Gram dương tính. Chủng này cho thấy độ tương đồng cao về trình tự gen 16S rRNA với Hungatella xylanolytica DSM 3808T (99,4%) theo sau là các thành viên của chi Lacrimispora (98,8–93,3%). Tuy nhiên, giá trị đồng nhất nucleotide trung bình (ANI) và sự lai ghép DNA-DNA kỹ thuật số của chuỗi gen thể hiện sự tương đồng trong khoảng từ 94,3–68,7% và 57,4–18,8%, tương ứng, với tất cả các chủng liên quan gần gũi. Phân tích phát sinh chủng loại đa gen của chủng PI-S10-B5AT đã được tiến hành để điều tra sự liên kết phân loại, cho thấy sự hình thành của một cụm chủng đồng nhất với các thành viên của chi Lacrimispora. Hàm lượng DNA G + C là 41,8 mol%. Lipid chính có mặt chủ yếu là glyco- và phospholipid. Phân tích các axit béo cho thấy C16:0 là axit béo chính. Quinone hô hấp chiếm ưu thế là menaquinone-7 (MK-7). Dựa trên phân tích hình thái, hóa phân loại và phân tích phát sinh chủng loại toàn bộ gen, chủng PI-S10-B5AT được gán là một loài mới của chi Lacrimispora, với tên gọi Lacrimispora defluvii được đề xuất. Chủng điển hình của loài mới là PI-S10-B5AT (= MTCC 12280T; = DSM 24980T) được tách chiết từ bùn thải của nhà máy xử lý nước thải. Phân tích gen của các chủng điển hình C. indicum PI-S10-A1BT và H. xylanolytica DSM 3808T cho thấy giá trị ANI và AAI phù hợp với các thành viên của chi Lacrimispora. Do đó, các chủng này được xác định thuộc chi Lacrimispora và được phân loại lại thành Lacrimispora indica và Lacrimispora xylanolytica comb. nov.
Từ khóa
Tài liệu tham khảo
Whitman WB, Oren A, Chuvochina M, da Costa MS, Garrity GM, Rainey FA et al (2018) Proposal of the suffix–ota to denote phyla. Addendum to ‘Proposal to include the rank of phylum in the international code of nomenclature of prokaryotes.’ Int J Syst Evol Microbiol 68:967–969
Parte AC (2018) LPSN—list of prokaryotic names with standing in nomenclature (bacterio.net), 20 years on. Int J Syst Evol Microbiol 68:1825–1829
Rainey FA, Hollen BJ, Small AM (2015) Clostridium. In: Whitman WB, Rainey F, Kämpfer P, Trujillo M, Chun J, DeVos P, Hedlund B, Dedysh S (eds) Bergeys manual of systematics of archaea and bacteria. Wiley, New Jersy, pp 1–112
Collins MD, Lawson PA, Willems A, Cordoba JJ, Fernandez-Garayzabal J et al (1994) The phylogeny of the genus Clostridium: proposal of five new genera and eleven new species combinations. Int J Syst Bacteriol 44:812–826
Yutin N, Galperin MY (2013) A genomic update on clostridial phylogeny: gram-negative spore formers and other misplaced clostridia. Environ Microbiol 15:2631–2641
Prescott JF (2016) Taxonomic relationships among the clostridia. In: Uzal FA (ed) Clostridial diseases of animals. Wiley, Ames, pp 3–5
Kaur S, Yawar M, Kumar PA, Suresh K (2014) Hungatella effluvii gen. nov., sp. nov., an obligately anaerobic bacterium isolated from an effluent treatment plant, and reclassification of Clostridium hathewayi as Hungatella hathewayi gen. nov., comb. nov. Int J Syst Evol Microbiol 64:710–718
Haas KN, Blanchard JL (2020) Reclassification of the Clostridium clostridioforme and Clostridiumsphenoides clades as Enterocloster gen. nov. and Lacrimispora gen. nov., including reclassification of 15 taxa. Int J Syst Evol Microbiol 70:23–34
García-López M, Meier-Kolthoff JP, Tindall BJ, Gronow S, Woyke T et al (2019) Analysis of 1000 type-strain genomes improves taxonomic classification of Bacteroidetes. Front Microbiol 10:2083
Cruz-Morales P, Orellana CA, Moutafis G, Moonen G, Rincon G, Nielsen LK, Marcellin E (2019) Revisiting the evolution and taxonomy of clostridia, a phylogenomic update. Genom Biol Evol 11:2035–2044
Chun J, Rainey FA (2014) Integrating genomics into the taxonomy and systematics of the bacteria and archaea. Int J Syst Evol Microbiol 64:316–324
Sangal V, Goodfellow M, Jones AL, Schwalbe EC et al (2016) Next-generation systematics: an innovative approach to resolve the structure of complex prokaryotic taxa. Sci Rep 6:38392
Chun J, Oren A, Ventosa A, Christensen H, Arahal DR et al (2018) Proposed minimal standards for the use of genome data for the taxonomy of prokaryotes. Int J Syst Evol Microbiol 68(461):466
Shakya M, Ahmed SA, Davenport KW et al (2020) Standardized phylogenetic and molecular evolutionary analysis applied to species across the microbial tree of life. Sci Rep 10:1723
Richter M, Rosselló-Móra R (2009) Shifting the genomic gold standard for the prokaryotic species definition. Proc Natl Acad Sci 106:19126–19131
Gundawar K, Kumari S, Sharma S, Grover V, Patil PB, Korpole S (2019) Clostridium indicum sp. nov., a novel anaerobic bacterium isolated from the sludge of an industrial effluent. Int J Syst Evol Microbiol 69:672–678
Cowan ST, Steel KJ (1965) Manual for the identification of medical bacteria. Cambridge University Press, London
Lányi B (1988) Classical and rapid identification methods for medically important bacteria. Methods Microbiol 19:1–67
Smibert RM, Krieg NR (1994) Phenotypic characterization. In: Gerhardt P, Murray RGE, Wood WA, Krieg NR (eds) Methods for general and molecular bacteriology. American Society for Microbiology, Washington, DC, pp 607–654
Suresh K, Prakash D, Rastogi N, Jain RK (2007) Clostridium nitrophenolicum sp. nov., a novel anaerobic p-nitrophenol-degrading bacterium, isolated from a subsurface soil sample. Int J Syst Evol Microbiol 57:1886–1890
Shetty N, Hill G, Ridgway GL (1998) The Vitek analyzer for routine bacterial identification and susceptibility testing: protocols, problems, and pitfalls. J Clin Pathol 51:316–323
Sasser M (1990) Identification of bacteria by gas chromatography of cellular fatty acids. Tech Note 101:1–6
Minnikin DE, O’Donnell AG, Goodfellow M, Alderson G, Athalye M et al (1984) An integrated procedure for the extraction of bacterial isoprenoid quinones and polar lipids. J Microbiol Methods 2:233–241
Tamaoka J (1986) Analysis of bacterial menaquinone mixtures by reverse-phase high-performance liquid chromatography. Methods Enzymol 123:31–36
Schumann P (2011) Peptidoglycan structure. Methods Microbiol 38:101–129
Suresh K, Mayilraj S, Chakrabarti T (2006) Effluviibacter roseus gen. nov., sp. nov., isolated from muddy water, belonging to the family “Flexibacteraceae.” Int J Syst Evol Microbiol 56:1703–1707
Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ, Clustal W (1994) Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res 22:4673–4680
Kumar S, Stecher G, Tamura K (2016) Mega7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol Biol Evol 33:1870–1874
Yoon SH, Ha SM, Lim JM, Chun KSJ (2017) A large-scale evaluation of algorithms to calculate average nucleotide identity. Antonie Van Leeuwenhoek 110:1281–1286
Meier-Kolthoff JP, Auch AF, Klenk HP, Göker M (2013) Genome sequence-based species delimitation with confidence intervals and improved distance functions. BMC Bioinform 14:60
Aziz RK, Bartels D, Best AA, DeJongh M, Disz T, Edwards RA et al (2008) The RAST server: rapid annotations using subsystems technology. BMC Genom 9:75
van Heel AJ, de Jong A, Song C, Viel JH, Kok J, Kuipers OP (2018) BAGEL4: a user-friendly web server to thoroughly mine RiPPs and bacteriocins. Nucleic Acids Res 46:W278–W281
Ankenbrand MJ, Keller A (2016) bcgTree: automatized phylogenetic tree building from bacterial core genomes. Genome 59:783–791
Eddy S (2010) HMMER3: a new generation of sequence homology search software. http://hmmer.janelia.org
Edgar RC (2004) Muscle: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Res 32:1792–1797
Talavera G, Castresana J (2007) Improvement of phylogenies after removing divergent and ambiguously aligned blocks from protein sequence alignments. Syst Biol 56:564–577
Stamatakis A (2014) RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies. Bioinformatics 30:1312–1313
Letunic I, Bork P (2019) Interactive Tree of Life (iTOL) v4: recent updates and new developments. Nucleic Acids Res 47:W256–W259
Chaudhari N, Gupta V, Dutta C (2016) BPGA- an ultra-fast pan-genome analysis pipeline. Sci Rep 6:24373
Seemann T (2014) Prokka: rapid prokaryotic genome annotation. Bioinformatics 30(14):2068–2069
Zuo G, Hao B (2015) CVTree3 web server for whole-genome-based and alignment-free prokaryotic phylogeny and taxonomy. Genom Proteom Bioinform 13:321–331
Kobayashi H, Tanizawa Y, Sakamoto M, Ohkuma Tohno M (2021) Taxonomic status of the species Clostridium methoxybenzovorans Mechichi et al. 1999. Int J Syst Evol Microbiol 71(8):004951
Konstantinidis KT, Tiedje JM (2005) Towards a genome-based taxonomy for prokaryotes. J Bacteriol 187:6258–6264
Medlar AJ, Törönen P, Holm L (2018) AAI-profiler: fast proteome-wide exploratory analysis reveals taxonomic identity, misclassification and contamination. Nucleic Acid Res 46:W479–W485
Nicholson AC, Gulvik CA, Whitney AM, Humrighouse BW, Bell ME, Holmes B, Steigerwalt AG, Villarma A, Sheth M, Batra D, Rowe LA (2020) Division of the genus Chryseobacterium: observation of discontinuities in amino acid identity values, a possible consequence of major extinction events, guides transfer of nine species to the genus Epilithonimonas, eleven species to the genus Kaistella, and three species to the genus Halpernia gen. nov., with description of Kaistella daneshvariae sp. nov. and Epilithonimonas vandammei sp. nov. derived from clinical specimens. Int J Syst Evol Microbiol 70:4432
Park MJ, Kim YJ, Park M, Yu J, Namirimu T, Roh YR, Kwon KK (2022) Establishment of genome based criteria for classification of the family Desulfovibrionaceae and proposal of two novel genera, Alkalidesulfovibrio gen. nov. and Salidesulfovibrio gen. nov. Front Microbiol 13:738205
Xu Z, Masuda Y, Wang X, Ushijima N, Shiratori Y, Senoo K, Itoh H (2021) Genome-based taxonomic rearrangement of the order geobacterales including the description of Geomonas azotofigens sp. nov. and Geomonas diazotrophica sp. nov. Front Microbiol 12:737531
Baindara P, Nayudu N, Korpole S (2020) Whole genome mining reveals a diverse repertoire of lanthionine synthetases and lanthipeptides among the genus Paenibacillus. J Appl Microbiol 128:473–490
Scholten-Koerselman I, Houwaard F, Janssen P, Zehnder AJ (1986) Bacteroides xylanolyticus sp. nov., a xylanolytic bacterium from methane producing cattle manure. Antonie Van Leeuwenhoek 52:543–554