Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Phân lập và đặc trưng hóa tám marker microsatellite đa hình từ các loài giáp xác Nacella ở Nam Mỹ
Tóm tắt
Trong nghiên cứu này, chúng tôi cung cấp tám marker microsatellite đa hình cho hai loài patellogastropod Nam Mỹ, Nacella magellanica và N. deaurata. Độ đa dạng alen dao động từ 5 đến 57 alen mỗi locus. Tỷ lệ dị hợp tử quan sát được thay đổi từ 0.1 đến 0.98. Ba trong bốn locus được thiết kế cho N. magellanica cũng tương thích với N. deaurata, và hai locus ngược lại. Sáu trong số các microsatellite đã thành công khi tương thích với taxon chị em N. mytilina. Bộ microsatellite này cung cấp một công cụ phù hợp cho các nghiên cứu di truyền quần thể và địa sinh học phân loại.
Từ khóa
#microsatellite #Nacella magellanica #Nacella deaurata #đa hình #di truyền quần thể #địa sinh học phân loạiTài liệu tham khảo
De Aranzamendi CM, Gardenal CN, Martin JP, Bastida R (2009) Limpets of the genus Nacella (Patellogastropoda) from the Southwestern Atlantic: species identification based on molecular data. J Molluscan Stud 75:241–251
Excoffier L, Laval G, Schneider S (2005) Arlequin v 3.5: an integrated software package for population genetics data analysis. Evol Bioinform Online 1:47–50
González-Wevar CA, Nakano T, Cañete JI, Poulin E (2010) Molecular phylogeny and historical biogeography of Nacella (Patellogastropoda: Nacellidae) in the Southern Ocean. Mol Phylogenet Evol 56:115–124
Held C, Leese F (2007) The utility of fast evolving molecular markers for studying speciation in the Antarctic benthos. Polar Biol 30:513–521
Kraemer L, Beszteri B, Gäbler-Schwarz S, Held C, Leese F, Mayer C, Pöhlmann K, Frickenhaus S (2009) stamp: extentions to the staden sequence analysis package for high throughput interactive microsatellite marker design. BMC Bioinformat 10:41
Leese F, Mayer C, Held C (2008) Isolation of microsatellites from unknown genomes using known genomes as enrichment templates. Limnol Oceanogr Methods 6:412–426
Mayer C (2008) phobos, a tandem repeat search tool for complete genomes. http://www.ruhr-uni-bochum.de/spezzoo/cm/cm_phobos.htm
Nolte AW, Stemshorn KC, Tautz D (2005) Direct cloning of microsatellite loci from Cottus gobio through a simplified enrichment procedure. Mol Ecol Notes 5:628–636
Rice WR (1989) Analyzing tables of statistical tests. Evolution 43:223–225
Rousset F (2008) genepop ‘007: a complete re-implementation of the genepop software for Windows and Linux. Mol Ecol Notes 8:103–106
Rozen S, Skaletsky HJ (2000) primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers. In: Krawetz S, Misener S (eds) Bioinformatics methods and protocols: methods in molecular biology. Humana Press, NJ, Totowa
Staden R (1996) The staden sequence analysis package. Mol Biotechnol 5:233–241
Valdovinos C, Rüth M (2005) Nacellidae limpets of the southern end of South America: taxonomy and distribution. Rev Chil Hist Nat 78:497–517
Valiere N (2002) gimlet: a computer program for analysing genetic individual identification data. Mol Ecol Notes 2:377–379
Van Oosterhout C, Hutchinson WF, Willis DPM, Shipley P (2004) micro-checker: software for identifying and correcting genotyping errors in microsatellite data. Mol Ecol Notes 4:535–538