Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Tách rời và phân tích 29 locus vi giải để nghiên cứu sự kết nối quần thể ở các loài cá bướm Chaetodon trifascialis và Chaetodon lunulatus
Tóm tắt
Loài cá bướm Chaetodon trifascialis có chế độ ăn chuyên biệt từ san hô đang ngày càng bị đe dọa bởi sự suy thoái của môi trường sống san hô trên toàn cầu. Để làm sáng tỏ cấu trúc di truyền quần thể của C. trifascialis trên phạm vi Indo-Thái Bình Dương, các đầu mồi cho mười ba locus vi giải độc lập đã được phát triển. Tỉ lệ dị hợp tử quan sát được dao động từ 0.174 đến 1 và tỉ lệ dị hợp tử kỳ vọng dao động từ 0.043 đến 0.920 ở 20 cá thể từ một địa điểm trên Rạn san hô lớn phía Bắc. Các đầu mồi cho 16 locus độc lập cũng đã được phát triển cho loài cá bướm liên quan Chaetodon lunulatus nhằm phục vụ cho các nghiên cứu so sánh cấu trúc di truyền quần thể. Những locus này có tỉ lệ dị hợp tử quan sát được dao động từ 0.476 đến 0.952 và tỉ lệ dị hợp tử kỳ vọng dao động từ 0.484 đến 0.933. Đã đạt được thành công tốt về mức độ khuếch đại và đa hình khi thử nghiệm chéo các locus giữa hai loài. Do đó, các locus này sẽ hữu ích để xem xét cấu trúc di truyền quần thể ở C. trifascialis và C. lunulatus và có thể là các loài cá bướm liên quan khác.
Từ khóa
#cá bướm #Chaetodon trifascialis #Chaetodon lunulatus #cấu trúc di truyền quần thể #locus vi giảiTài liệu tham khảo
Berumen ML, Pratchett MS (2006) Recovery without resilience: persistent disturbance and long-term shifts in the structure of fish and coral communities at Tiahura Reef, Moorea. Coral Reefs 25:647–653
Donner SD, Skirving WJ, Little CM, Oppenheimer M, Hoegh-Guldberg O (2005) Global assessment of coral bleaching and required rates of adaptation under climate change. Glob Change Biol 11:2251–2265
Glenn TC, Schable NA (2005) Isolating microsatellite DNA loci. In: Molecular evolution: producing the biochemical data, part B. Elsevier, San Diego, pp 202–222
Graham NAJ (2007) Ecological versatility and the decline of coral feeding fishes following climate driven coral mortality. Mar Biol 153:119–127
Graham NAJ, Wilson SK, Jennings S, Polunin NVC, Bijoux JP, Robinson J (2006) Dynamic fragility of oceanic coral reef ecosystems. Proc Natl Acad Sci USA 103:8425–8429
Hoegh-Guldberg O, Mumby PJ, Hooten AJ, Steneck RS, Greenfield P, Gomez E, Harvell CD, Sale PF, Edwards AJ, Caldeira K, Knowlton N, Eakin CM, Iglesias-Prieto R, Muthiga N, Bradbury RH, Dubi A, Hatziolos ME (2007) Coral reefs under rapid climate change and ocean acidification. Science 318:1737–1742
Hughes TP, Baird AH, Bellwood DR, Card M, Connolly SR, Folke C, Grosberg R, Hoegh-Guldberg O, Jackson JBC, Kleypas J, Lough JM, Marshall P, Nystrom M, Palumbi SR, Pandolfi JM, Rosen B, Roughgarden J (2003) Climate change, human impacts, and the resilience of coral reefs. Science 301:929–933
Pandolfi JM, Bradbury RH, Sala E, Hughes TP, Bjorndal KA, Cooke RG, McArdle D, McClenachan L, Newman JH, Paredas G, Warner RR, Jackson JBC (2003) Global trajectories of the long-term decline of coral reef ecosystems. Science 301:955–958
Peakall R, Smouse PE (2006) GENALEX 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Mol Ecol Notes 6:288–295
Pratchett MS (2005) Dietary overlap among coral-feeding butterflyfishes (Chaetodontidae) at Lizard Island, northern Great Barrier Reef. Mar Biol 148:373–382
Pratchett MS, Munday PL, Wilson SK, Graham NAJ, Cinner JE, Bellwood DR, Jones GP, Polunin NVC, McClanahan TR (2008) Effects of climate-induced coral bleaching on coral-reef fishes–ecological and economic consequences. In: Oceanography and marine biology: an annual review, Vol 46. CRC Press/Taylor & Francis Group, Boca Raton pp 251–296
Raymond M, Rousset F (1995) GENEPOP (version1.2) - population genetics software for exact tests and ecumenicism. J Hered 86:248–249
Rozen S, Skaletsky HJ (2000) Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers. In: Krawetz S, Misener S (eds) Bioinformatics methods and protocols: methods in molecular biology. Humana Press, Totowa, pp 365–386
Sambrook J, Russell D (2001) Molecular cloning: a laboratory manual, 3rd edn. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor
Shimizu M, Kosaka N, Shimada T, Nagahata T, Iwasaki H, Nagai H, Shiba T, Emi M (2002) Universal fluorescent labeling (UFL) method for automated microsatellite analysis. DNA Res 9:173–178
Sokal RR, Rohlf FJ (1994) Biometry: the principles and practice of statistics in biological research, 3rd edn. W.H. Freeman, New York
Van Oosterhout C, Hutchinson WF, Wills DPM, Shipley P (2004) MICRO-CHECKER: software for identifying and correcting genotyping errors in microsatellite data. Mol Ecol Notes 4:535–538
Wilson SK, Graham NAJ, Pratchett MS, Jones GP, Polunin NVC (2006) Multiple disturbances and the global degradation of coral reefs: are reef fishes at risk or resilient? Glob Change Biol 12:2220–2234