Giới thiệu EzTaxon-e: cơ sở dữ liệu gene 16S rRNA của prokaryote với phylotype đại diện cho các loài chưa nuôi cấy

Mặc dù có những tiến bộ gần đây trong các hệ thống xác định tối ưu hóa thương mại, việc xác định vi khuẩn vẫn là một nhiệm vụ thách thức trong nhiều phòng thí nghiệm vi sinh học hàng ngày, đặc biệt là trong các tình huống mà các chủng loại thuần khiết mới về phân loại được tham gia. Gene 16S rRNA đã được sử dụng rộng rãi cho nhiệm vụ này khi kết hợp với một cơ sở dữ liệu được biên soạn tốt, chẳng hạn như EzTaxon, chứa các trình tự của các chủng điển hình của các loài prokaryotic có tên xuất bản hợp lệ. Mặc dù cơ sở dữ liệu EzTaxon đã được sử dụng rộng rãi để xác định các chủng prokaryotic trong thực tiễn, các trình tự từ các prokaryote không nuôi cấy vẫn chưa được xem xét. Tại đây, cơ sở dữ liệu thế hệ tiếp theo, được gọi là EzTaxon-e, được giới thiệu chính thức. Cơ sở dữ liệu mới này không chỉ bao gồm các loài trong hệ thống đặt tên chính thức mà còn các phylotype có thể đại diện cho các loài trong tự nhiên. Ngoài chức năng xác định dựa trên các tìm kiếm Đường dẫn Canh tác Mức cục bộ Căn bản (blast) và căn chỉnh trình tự toàn cầu theo từng cặp, một phương pháp khách quan mới để đánh giá mức độ hoàn thiện trong việc giải trình tự được đề xuất. Tất cả các trình tự được lưu giữ trong cơ sở dữ liệu EzTaxon-e đã trải qua phân tích phát sinh loài và điều này đã dẫn đến một hệ thống phân loại phân cấp hoàn chỉnh. Đã kết luận rằng cơ sở dữ liệu EzTaxon-e cung cấp một nền tảng phân loại hữu ích cho việc xác định các prokaryotes đã nuôi cấy và chưa nuôi cấy và cung cấp một phương tiện giao tiếp giá trị giữa các nhà vi sinh học thường xuyên gặp các chủng loại thuần khiết mới về phân loại. Cơ sở dữ liệu và các chức năng phân tích của nó có thể được tìm thấy tại http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/.