Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Những hiểu biết về đa dạng di truyền và phân tích phát sinh loài của các chủng virus làm héo cà chua ở Tunisia
Tóm tắt
Phương pháp RT-PCR một bước đã được sử dụng để xác định sự nhiễm virus làm héo cà chua (ToCV) (thuộc nhóm Crinivirus) trên một số nền văn hóa ở Tunisia. Kết quả cung cấp bằng chứng cho thấy ToCV là virus phổ biến nhất trên các vụ mùa cà chua ở Tunisia. Các phát hiện được xác thực bằng cách sử dụng các mồi đặc hiệu. Phân tích di truyền của các mẫu ToCV đã được khám phá dựa trên dữ liệu chuỗi của các đoạn virus trong protein vỏ (CP), protein sốc nhiệt (HSP70h) và protein polymerase (RdRp). Tỷ lệ thay thế đồng nghĩa (dS) và không đồng nghĩa (dN) cùng với tỷ lệ của chúng đã được phân tích. Các mẫu đột biến được hình thành tùy thuộc vào đoạn được xem xét từ ba vùng virus. Kiểm tra tính trung lập chọn lọc cho kết quả âm đáng kể, gợi ý về việc mở rộng gần đây của các mẫu ToCV. Phân bố sự không phù hợp theo cặp đã cho thấy một mẫu hình hai đỉnh và chỉ ra sự tụ tập của các chủng ToCV thành hai nhánh địa lý khác nhau. Mạng lưới haplotype di truyền cung cấp bằng chứng về sự tồn tại của hai cụm khác nhau. Mẫu hình giống như ngôi sao đã xác nhận sự mở rộng gần đây của các mẫu ToCV.
Từ khóa
#Tomato chlorosis virus #ToCV #Crinivirus #genetic diversity #phylogenetic analysis #TunisiaTài liệu tham khảo
Accotto, G. P., Vaira, A. M., Vecchiati, M., Sialer, M. M. F., Gallitelli, D., & Davino, M. (2001). First report of Tomato chlorosis virus in Italy. Plant Disease, 85, 1208.
Arias, A., Lazaro, E., Escarmis, C., & Domingo, E. (2001). Molecular intermediates of fitness gain of an RNA virus: characterization of a mutant spectrum by biological and molecular cloning. Journal of General Virology, 82, 1049–1060.
Atreya, P. L., Lopez-Moya, J. J., Chu, M., Atreya, C. D., & Pirone, T. P. (1995). Mutational analysis of the coat protein N-terminal amino acids involved in Potyvirus transmission by aphids. Journal of General Virology, 76, 265–270.
Bandelet, H. J., Forster, P., & Rohi, A. (1999). Median joining network for inferring intraspecific phylogenies. Molecular Biology and Evolution, 16, 37–48.
Dake, Z., Chen, J., Deng, L., Mao, Q., Zheng, J., Wu, J., et al. (2010). Evolutionary selection associated with the multi-function of overlapping genes in the hepatitis B virus. Infection, Genetics and Evolution, 10, 84–88.
Dolja, V. V., Kreuze, J. F., & Valkonen, J. P. T. (2006). Comparative and functional genomics of closterovirus. Virus Research, 117, 38–51.
Domingo, E., Brun, A., Núñez, J. I., Cristina, J., Briones, C., & Escarmís, C. (2006). Genomics of viruses. In J. Hacker & U. Dobrindt (Eds.), Pathogenomics: Genome analysis of pathogenic microbes (pp. 369–388). Weinheim, Germany: Wiley VCH.
Dovas, C. I., Katis, N. I., & Avgelis, A. D. (2002). Multiplex detection of criniviruses associated with epidemics of a yellowing disease of tomato in Greece. Plant Disease, 86, 1345–1349.
Goymer, P. (2007). Synonymous mutations break their silence. Nature Reviews Genetics, 8, 92–92.
Jacquemond, M., Verdin, E., Dalmon, A., Guilbaud, L., & Gognalons, P. (2009). Serological and molecular detection of Tomato chlorosis virus and Tomato infectious chlorosis virus in tomato. Plant Pathology, 58, 210–220.
Jukes, T. H., & Cantor, C. R. (1996). Evolution of protein molecules. In H. N. Munro (Ed.), Mammalian protein metabolism (pp. 21–123). New York, NY: Academic Press.
Karasev, A. V. (2000). Genetic diversity and evolution of Closteroviruses. Annual Review of Phytopathology, 38, 293–324.
Kimchi-Sarfaty, C., Oh, J. M., Kim, I. W., & Sauna, Z. E. (2007). A “silent” polymorphism in the MDR1 gene changes substrate specificity. Science, 315, 525–528.
Kumar, S., Tamura, K., & Nei, M. (2004). Mega 3: integrated software for molecular evolutionary genetics analysis and sequence alignment. Briefings in Bioinformatics, 5, 150–163.
Lambros, C., Papayiannis, I. S. H., Yiannis, M. M., Christos, N. D., & Nikolaos, I. K. (2011). Rapid discrimination of Tomato chlorosis virus, Tomato infectious chlorosis virus and co-amplification of plant internal control using real-time RT-PCR. Journal of Virological Methods, 176, 53–59.
Lévy-Hartmann, L., Roussel, V., Le Tourneur, Y., & Sellos, Y. D. (2012). Global and New Caledonian patterns of population genetic variation in the deep-sea splendid alfonsino, Beryx splendens, inferred from mtDNA. Genetica, 139, 1349–1365.
Livieratos, I. C., Eliasco, E., Muller, G., Olsthoorn, R. C. L., Salazar, L. F., Pleij, C. W. A., et al. (2004). Analysis of the RNA of Potato yellow vein virus: evidence for a tripartite genome and conserved 3′-terminal structures among members of the genus Crinivirus. Journal of General Virology, 85, 2065–2075.
Lopez, P., Casane, D., & Philippe, H. (2002). Phylogénie et évolution moléculaires. Journal of the Medical Sciences, 18, 1146–1154.
Martelli, G. P., & Candresse, T. (2010). The family Closteroviridae revised. « Closteroviridae ». Encyclopedia of Life Sciences. Chichester, UK: John Wiley & Sons. http://www.els.net webcite [doi: Publisher full text].
Miller, M. P., Bellinger, R. M., Forsman, E. D., & Haig, S. M. (2006). Effects of historical climate change, habitat connectivity, and vicariance on genetic structure and diversity across the range of the red tree vole (Phenacomys longicaudus) in the Pacific Northwest United States. Molecular Ecology, 15, 145–159.
Mora, M. S., Lessa, E. P., Cutrera, A. P., Kittlein, M. J., & Vasallo, A. I. (2007). Phylogeographic structure in the subterranean tuco-tuco Ctenomys talarum (Rodentia: Ctenomyidae): contrasting the demographic consequences of regional and habitat-specific histories. Molecular Ecology, 16, 3453–3465.
Moury, B., Morel, C., Johansen, E., & Jacquemond, M. (2002). Evidence for diversifying selection in potato virus Y and in the coat protein of other potyviruses. Journal of General Virology, 83, 2563–2573.
Navas-Castillo, J., Camero, R., Bueno, M., & Moriones, E. (2000). Severe yellowing outbreaks in tomato in Spain associated with infections of Tomato chlorosis virus. Plant Disease, 84, 835–837.
Nei, M., & Tajima, F. (1983). Maximum likelihood estimation of the number of nucleotide substitutions from restriction sites data. Genetics, 105, 207–217.
Rozas, J., Sanchez-Delbarrio, J. C., Messeguer, X., & Rozas, R. (2003). DnaSP, DNA polymorphism analyses by the coalescent and other methods. Bioinformatics, 19, 2496–2497.
Tajima, F. (1989). Statistical method for testing the neutral mutation hypothesis by DNA polymorphism. Genetics, 123, 585–595.
Tian, T., Soong, J., Wisler, G. C., Duffus, J. E., & Falk, B. W. (1996). Generation and cloning of specific cDNAs corresponding to four whitefly-transmitted viruses using RT-PCR and degenerate oligonucleotide primers corresponding to the closterovirus gene encoding the heat shock protein 70 homolog. Phytopathology, 86, 1167–1173.
Tsai, W. S., Shih, S. L., Green, S. K., Hanson, P., & Liu, H. Y. (2004). First report of the occurrence of Tomato chlorosis virus and Tomato infectious chlorosis virus in Taiwan. Plant Disease, 88, 311.
Tzanetakis, I. E., Halgren, A. B., Keller, K. E., Hokanson, S. C., Maas, J. L., McCarthy, P. L., et al. (2004). Identification and detection of a virus associated with strawberry pallidosis disease. Plant Disease, 88, 383–390.
Wintermantel, W. M., & Hladky, L. L. (2010). Methods for detection and differentiation of existing and new crinivirus species through multiplex and degenerate primer RT-PCR. Journal of Virological Methods, 170, 106–114.
Wintermantel, W. M., & Wisler, G. C. (2006). Vector specificity, host range, and genetic diversity of Tomato chlorosis virus. Plant Disease, 90, 814–819.