Reddy A. S., 2007, Curr. Protein Pept. Sci., 8, 329, 10.2174/138920307781369427
Kitchen D. B., 2004, Nat. Rev. Drug Discovery, 3, 935, 10.1038/nrd1549
Czodrowski P., 2006, Proteins: Struct., Funct., Bioinf., 65, 424, 10.1002/prot.21110
Lamotte-Brasseur J., 1999, Protein Sci., 8, 404, 10.1110/ps.8.2.404
Bas D. C., 2008, Proteins: Struct., Funct., Bioinf., 73, 765, 10.1002/prot.22102
Aguilar B., 2010, Biophys. J., 98, 872, 10.1016/j.bpj.2009.11.016
Olsson M. H., 2011, J. Chem. Theory Comput., 7, 525, 10.1021/ct100578z
Li H., 2005, Proteins: Struct., Funct., Bioinf., 61, 704, 10.1002/prot.20660
Klingen A. R., 2006, Photochem. Photobiol. Sci., 5, 588, 10.1039/b515479k
Søndergaard C. R., 2008, J. Mol. Biol., 376, 269, 10.1016/j.jmb.2007.09.070
McIntosh L. P., 1996, Biochemistry, 35, 9958, 10.1021/bi9613234
Qin J., 1996, Biochemistry, 35, 7, 10.1021/bi952299h
Chivers P. T., 1997, Biochemistry, 36, 14985, 10.1021/bi970071j
Jeng M., 1995, Biochemistry, 34, 10101, 10.1021/bi00032a001
van Rossum, G.The Python Language Reference (accessed Feb 14, 2009);http://docs.python.org/py3k/reference/index.html.
Williams, R.pKaData Compiled by R. Williams;research.chem.psu.edu/brpgroup/pKa_compilation.pdf.
Smith M., 2011, Organic Chemistry: An Acid-Base Approach, 142
Warshel A., 1981, Biochemistry, 20, 3167, 10.1021/bi00514a028
ChemAxon, MarvinSketch 5.2.6 (accessed Jan 15, 2010), 2009; http://www.chemaxon.com/products/marvin/marvinsketch/.
Shelley J. C., 2007, J. Comput.-Aided Mol. Des., 21, 681, 10.1007/s10822-007-9133-z
Berman H., 2000, Nucleic Acids Res., 28, 235, 10.1093/nar/28.1.235
Alexov E., 2004, Proteins: Struct., Funct., Bioinf., 56, 572, 10.1002/prot.20107
Vriend G., 1990, J. Mol. Graphics, 8, 52, 10.1016/0263-7855(90)80070-V
Dullweber F., 2001, J. Mol. Biol., 313, 593, 10.1006/jmbi.2001.5062
Humphrey W., 1996, J. Mol. Graphics, 14, 33, 10.1016/0263-7855(96)00018-5
Rostkowski M., 2011, BMC Struct. Biol., 11, 6, 10.1186/1472-6807-11-6
Velazquez-Campoy A., 2000, Protein Sci., 9, 1801, 10.1110/ps.9.9.1801
Joule J. A., 2010, Heterocyclic Chemistry, 5, 254
Hartshorn M. J., 2005, J. Med. Chem., 48, 403, 10.1021/jm0495778
Tari L., 1997, Nat. Struct. Biol., 4, 990, 10.1038/nsb1297-990
Czodrowski P., 2007, J. Mol. Biol., 367, 1347, 10.1016/j.jmb.2007.01.022
Fokkens J., 2006, Angew. Chem., Int. Ed., 45, 985, 10.1002/anie.200502302
Bernstein N. K., 1999, Nat. Struct. Mol. Biol., 6, 32, 10.1038/4905
Silva A. M., 1996, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 93, 10034, 10.1073/pnas.93.19.10034
Lee A. Y., 1998, Nat. Struct. Mol. Biol., 5, 866, 10.1038/2306
Baldwin E. T., 1993, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 90, 6796, 10.1073/pnas.90.14.6796
Pearl L., 1984, FEBS Lett., 174, 96, 10.1016/0014-5793(84)81085-6
Fitzgerald P. M., 1990, J. Biol. Chem., 265, 14209, 10.1016/S0021-9258(18)77288-8
Spinelli S., 1991, Biochimie, 73, 1391, 10.1016/0300-9084(91)90169-2
Wlodawer A., 1989, Science, 245, 616, 10.1126/science.2548279
Baldwin E., 1995, Structure, 3, 581, 10.1016/S0969-2126(01)00192-7
Lam P. Y. S., 1996, J. Med. Chem., 39, 3514, 10.1021/jm9602571
Brady K., 1990, Biochemistry, 29, 7600, 10.1021/bi00485a009
Sidhu G., 1999, Biochemistry, 38, 5346, 10.1021/bi982946f
Sun Z., 1999, EMBO J., 18, 2941, 10.1093/emboj/18.11.2941
Zuegg J., 1999, Protein Sci., 8, 1990, 10.1110/ps.8.10.1990
Bolin J., 1982, J. Biol. Chem., 257, 13650, 10.1016/S0021-9258(18)33497-5
Smith R., 1996, Nat. Struct. Mol. Biol., 3, 946, 10.1038/nsb1196-946
Yamazaki T., 1994, J. Am. Chem. Soc., 116, 10791, 10.1021/ja00102a057
Stranzl G. R., 2004, J. Biol. Chem., 279, 3699, 10.1074/jbc.M306814200
Cocco L., 1981, Biochemistry, 20, 3972, 10.1021/bi00517a005
Cocco L., 1983, Arch. Biochem. Biophys., 226, 567, 10.1016/0003-9861(83)90326-0
Stone S., 1983, Biochim. Biophys. Acta, 745, 247, 10.1016/0167-4838(83)90056-0
London R., 1986, Biochemistry, 25, 7229, 10.1021/bi00370a069