Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Tác động của việc xử lý trước dữ liệu biểu hiện gen lên bản đồ locut thuộc tính định lượng
Tóm tắt
Chúng tôi đánh giá tác động của ba phương pháp xử lý trước dữ liệu vi mạch Affymetrix đến việc lập bản đồ locut thuộc tính định lượng biểu hiện (eQTL), sử dụng dữ liệu từ 14 gia đình CEPH Utah (dữ liệu Vấn đề GAW 1). Các bộ thuộc tính biểu hiện khác nhau được chọn dựa trên các tiêu chí chọn lựa khác nhau: mức độ biểu hiện, phương sai và tính di truyền. Đối với mỗi gen, ba kiểu hình biểu hiện được thu được thông qua các phương pháp xử lý trước khác nhau. Mỗi kiểu hình định lượng sau đó được đưa vào quét toàn bộ gen, sử dụng các thành phần phương sai LOD đa điểm. Các phương pháp xử lý trước được so sánh về kết quả liên kết của chúng (số lượng tín hiệu liên kết với LOD lớn hơn 3, độ nhất quán trong vị trí của các tín hiệu liên kết đặc thù thuộc tính, và loại locut điều chỉnh cis/trans). Tổng thể, chúng tôi nhận thấy ít sự đồng thuận giữa các kết quả liên kết từ các phương pháp xử lý trước khác nhau: hầu hết các tín hiệu liên kết đều đặc trưng cho một phương pháp xử lý trước. Tuy nhiên, tỷ lệ đồng thuận thay đổi theo các tiêu chí được sử dụng để chọn lựa các thuộc tính. Ví dụ, những tỷ lệ này cao hơn trong bộ các thuộc tính có tính di truyền cao nhất. Mặt khác, phương pháp xử lý trước có tác động rất ít đến tỷ lệ tương đối của các locut điều chỉnh cis và trans được phát hiện. Thú vị là, mặc dù số lượng locut điều chỉnh cis được phát hiện tương đối nhỏ, các phương pháp xử lý trước đồng ý tốt hơn nhiều trong tập hợp các tín hiệu liên kết này so với các locut điều chỉnh trans. Nhiều yếu tố tiềm năng giải thích sự không phù hợp được quan sát giữa các phương pháp này đã được thảo luận.
Từ khóa
#RFM #eQTL #Affymetrix #phương pháp xử lý trước #thuộc tính di truyềnTài liệu tham khảo
Cheung VG, Conlin LK, Weber TM, Arcaro M, Jen KY, Morley M, Spielman RS: Natural variation in human gene expression assessed in lymphoblastoid cells. Nat Genet. 2003, 33: 422-425. 10.1038/ng1094.
Cheung VG, Spielman RS, Ewens KG, Weber TM, Morley M, Burdick JT: Mapping determinants of human gene expression by regional and whole genome association. Nature. 2005, 437: 1365-1369. 10.1038/nature04244.
Morley M, Molony CM, Weber T, Devlin JL, Ewens KG, Spielman RS, Cheung VG: Genetic analysis of genome-wide variation in human gene expression. Nature. 2004, 430: 743-747. 10.1038/nature02797.
Affymetrix: Affymetrix Microarray Suite User Guide, version 4. Santa Clara, CA: Affymetrix, Inc
Affymetrix: Statistical Algorithms Description Document. 2002, Santa Clara, CA: Affymetrix, Inc
Irizarry R, Hobbs B, Collin F, Beazer-Barclay YD, Antonellis KJ, Scherf U, Speed TP: Exploration, normalization, and summaries of high density oligonucleotide array probe level data. Biostatistics. 2003, 4: 249-264. 10.1093/biostatistics/4.2.249.
Wu Z, Irizarry RA, Gentleman R, Murillo FM, Spencer F: A model based background adjustment for oligonucleotide expression arrays. J Am Stat Assoc. 2004, 99: 909-918. 10.1198/016214504000000683.
Irizarry R, Wu Z, Jaffee H: Comparison of Affymetrix GeneChip expression measures. Bioinformatics. 2006, 22: 789-794. 10.1093/bioinformatics/btk046.
Zakharin SO, Kim K, Mehta T, Chen L, Barnes S, Scheirer KE, Parrish RS, Allison DB, Page GP: Sources of variation in Affymetrix microarray experiments. BMC Bioinformatics. 2005, 6: 214-10.1186/1471-2105-6-214.
Williams RBH, Cotsapas CJ, Cowley MJ, Chan E, Nott DJ, Little PFR: Normalization procedures and detection of linkage signal in genetical-genomic experiments. Nat Genet. 2006, 38: 855-856. 10.1038/ng0806-855.
Petretto E, Mangion J, Cook SA, Aitman TJ, Pravenec M, Schulz H, Fischer J, Hubner N: Reply to "Normalization procedures and detection of linkage signal in genetical-genomics experiments". Nat Genet. 2006, 38: 858-859. 10.1038/ng0806-858.
Chesler EJ, Bystrykh L, de Haan G, Cooke MP, Su A, Manly KF, Williams RW: Reply to "Normalization procedures and detection of linkage signal in genetical-genomics experiments". Nat Genet. 2006, 38: 856-858. 10.1038/ng0806-856.
Abecasis GR, Cherny SS, Cookson WO, Cardon LR: Merlin-rapid analysis of dense genetic maps using sparse gene flow trees. Nat Genet. 2002, 30: 97-101. 10.1038/ng786.