Các bộ mồi và đầu dò đặc hiệu cho từng nhóm để phát hiện cộng đồng sản xuất metan bằng phương pháp phản ứng chuỗi polymerase theo thời gian thực định lượng
Tóm tắt
Phương pháp phản ứng chuỗi polymerase theo thời gian thực (PCR) là một phương pháp nhạy cảm cao có thể được sử dụng để phát hiện và định lượng quần thể vi sinh vật mà không cần nuôi cấy chúng trong các quy trình kỵ khí và mẫu môi trường. Công việc này được thực hiện nhằm thiết kế các bộ mồi và đầu dò để phát hiện vi khuẩn sản xuất metan bằng phương pháp PCR thời gian thực với hệ thống TaqMan. Sáu bộ mồi và đầu dò đặc hiệu cho từng nhóm đã được thiết kế. Các bộ này phát hiện riêng biệt bốn bộ (Methanococcales, Methanobacteriales, Methanomicrobiales, và Methanosarcinales) cùng với hai họ (Methanosarcinaceae và Methanosaetaceae) thuộc bộ Methanosarcinales. Chúng tôi cũng đã thiết kế các bộ mồi và đầu dò phổ quát mà phát hiện cụ thể 16S rDNA của prokaryote và của miền Bacteria và Archaea, và hoàn toàn tương thích với hệ thống PCR thời gian thực TaqMan. Đặc hiệu nhóm mục tiêu của từng bộ mồi và đầu dò đã được xác nhận một cách thực nghiệm bằng cách thử nghiệm DNA tách chiết từ 28 văn hóa vi khuẩn cổ và bằng cách phân tích các kết quả sai lệch tiềm ẩn. Nói chung, mỗi bộ mồi và đầu dò rất đặc hiệu với nhóm mục tiêu. Các bộ mồi và đầu dò được thiết kế trong nghiên cứu này có thể được sử dụng để phát hiện và định lượng các nhóm sản xuất metan ở cấp độ bộ (cấp độ họ trong trường hợp Methanosarcinales) trong các quá trình sinh học kỵ khí và các môi trường khác nhau. © 2005 Wiley Periodicals, Inc.
Từ khóa
Tài liệu tham khảo
Atlas RM, 1993, Microbial ecology: fundamentals and applications
ChunJ.1995.Computer‐assisted classification and identification of actinomycetes. PhD thesis University of Newcastle upon Tyne. Newcastle upon Tyne UK.
Garrity GM, 2001, Phylum AI. Crenarchaeota phy. nov, 169
Garrity GM, 2001, Phylum AII. Euryarchaeota phy. nov, 211
Grady CPL, 1999, Biological wastewater treatment, 1076
Madigan MT, 2000, Brock: biology of microorganisms, 545
Raskin L, 1994, Quantificaiton of methanogenic groups in anaerobic biological reactors by oligonuclotide probe hybridization, Appl Environ Microbiol, 60, 1241, 10.1128/aem.60.4.1241-1248.1994
Reischl U, 2002, Rapid cycle real‐time PCR—methods and applications: microbiology and food anaysis, 10.1007/978-3-642-48351-6
Rittmann BE, 2001, Environmental biotechnology: principles and applications
Sowers KR, 1995, Archaea: a laboratory manual—methanogens, 459
Speece RE, 1996, Anaerobic biotechnology for industrial wastewaters, 394
Vogels GD, 1988, Biology of anaerobic microorganisms, 707