Đặc điểm hệ gen và đa dạng di truyền của virus cuộn lá củ cải Iran: một geminivirus với một nonanucleotide mới

Virus Genes - Tập 36 - Trang 539-545 - 2008
H. R. Bolok Yazdi, J. Heydarnejad1, H. Massumi1
1Department of Plant Protection, College of Agriculture, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran

Tóm tắt

Virus cuộn lá củ cải Iran (BCTIV) đã được báo cáo trước đây như một curtovirus riêng biệt tại Iran. Các trình tự nucleotide hoàn chỉnh của ba mẫu BCTIV, mỗi mẫu một từ miền trung, miền nam và miền đông nam Iran, lần lượt có độ dài 2844, 2844 và 2845 nt. BCTIV chia sẻ độ giống nhau cao nhất về trình tự nucleotide (52,3%) với virus cuộn lá rau bina (SpCTV) và độ giống nhau thấp nhất (46,6%) với virus cuộn lá củ cải (HrCTV). Bộ gen BCTIV gồm ba ORF cảm giác virus (V1, V2 và V3) và hai ORF cảm giác bổ sung (C1 và C2). Không tìm thấy ORF C3 và C4 trong bộ gen BCTIV. Dựa trên sự so sánh độ giống nhau trình tự nucleotide của từng gen, ba ORF cảm giác virus có độ tương quan từ 72,7% đến 79,9% với các ORF tương ứng của các curtovirus, trong khi không tìm thấy mối liên hệ đáng kể giữa các ORF C1 và C2 của BCTIV với các curtovirus. Tuy nhiên, hai ORF này chỉ có liên quan xa với các ORF của mastrevirus. Tương tự như các virus sau, bộ gen BCTIV cần hai vùng liên gen. Vùng liên gen lớn của BCTIV bao gồm một trình tự có khả năng hình thành cấu trúc vòng mũi và một nonanucleotide mới (TAAGATT/CC) với một vị trí cắt duy nhất. Phân tích phát sinh loài sử dụng trình tự amino acid được suy diễn từ các ORF riêng lẻ cho thấy rằng các ORF V2 và V3 là đơn ngành và ORF V1 được phân loại cùng với các ORF liên quan của các curtovirus. Trong khi đó, hai ORF cảm giác bổ sung được nhóm cùng với các ORF của mastrevirus. Dự đoán trên máy tính gợi ý rằng BCTIV có một bộ gen chimeric có thể hình thành từ một sự kiện tái tổ hợp liên quan đến tổ tiên của curto- và mastrevirus. Phần trăm độ giống nhau trình tự nucleotide của gen protein vỏ của mười mẫu BCTIV, được thu thập từ nhiều khu vực địa lý khác nhau ở Iran, dao động từ 87,1 đến 99,9, với các mẫu được phân bố giữa hai nhóm con. Dựa trên các tính chất sinh học và phân tử, BCTIV được đề xuất như một thành viên mới của chi Curtovirus.

Từ khóa

#BCTIV #virus cuộn lá củ cải #curtovirus #hệ gen #đa dạng di truyền #nonanucleotide

Tài liệu tham khảo

S. Baliji, M.C. Black, R. French, D.C. Stenger, G. Sunter, Phytopathology 94, 772–779 (2004)

C.W. Bennett APS Press, St Paul MN, Monograph No 7 (1971)

R.W. Briddon, D.C. Stenger, I.D. Bedford, J. Stanley, K. Izadpanah, P.G. Markham, Eur. J. Plant. Pathol. 104, 77–84 (1998)

K.E. Gibson, Plant Dis. 51:976–977 (1967)

C. Gutierrez, Cell. Mol. Life. Sci. 56, 313–329 (1999)

E. Hosseini Abhari, J. Heydarnejad, H. Massumi, A. Hosseini Pour, K. Izadpanah, in Proceedings of the Second Asian Conference on Plant Pathology, (Singapore, National University of Singapore, 2005), p 62

J. Heydarnejad, E. Hosseini Abhari, H.R. Bolok Yazdi, H. Massumi, J. Phytopathol. 125, 321–325 (2007)

K. Izadpanah, An Annotated List of Virus and Virus-like Diseases of Plants in Fars, (Shiraz University, Shiraz, 1983), p 171

K.A. Klute, S.A. Nadler, D.C. Stenger, J. Gen.Virol. 77, 1369–1378 (1996)

D.P. Martin, C. Williamson, D. Posada, Bioinformatics 21, 260–262 (2005)

D.P. Martin, Maize streak virus. CMI/AAB DPV No. 416. (Association of Applied Biologists, Wellesbourne, UK, 2007)

C. Notredame, D.G. Higgins, J. Heringa T-Coffe: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment, J. Mol. Biol. 302, 205–217 (2000)

M. Padidam, R. Beachy, C.M. Fauquet, J. Gen. Virol. 76, 249–263 (1995)

J. Stanley D.M. Bisaro R.W. Briddon J.K. Brown C.M. Fauquet B.D. Harrison E.P. Rybicki D.C. Stenger, in ed. by C.M. Fauquet, M.A. Mayo, J. Maniloff, U. Desselberger, L.A. Ball. Virus Taxonomy: The eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses (Academic Press, New York, 2005), pp. 301–326

D.C. Stenger, Phytopathology 88, 1174–1178 (1998)

Y. Zhang, J.K. Uyemoto, B.C. Kirkpatrick, J. Virol. Methods 71, 45–50 (1998)

Thông tin
Thông tin xuất bản

Virus Genes

Tập 36

539-545

Thông tin tác giả