Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Phương pháp nhuộm huỳnh quang trong môi trường nằm ngang với các đầu dò oligonucleotide phức tạp không lặp lại được tạo ra bởi quá trình tổng hợp song song quy mô lớn
Tóm tắt
Khả năng hình dung các trình tự DNA cụ thể, trên nhiễm sắc thể và trong nhân tế bào, bằng phương pháp nhuộm huỳnh quang tại chỗ (FISH) là rất quan trọng cho nhiều khía cạnh của di truyền học, gen học và sinh học tế bào. Việc lựa chọn đầu dò hiện nay bị hạn chế bởi sự sẵn có của các dòng DNA hoặc nhóm trình tự DNA thích hợp để khuếch đại PCR. Ở đây, chúng tôi cho thấy rằng nhóm đầu dò pha lỏng từ công nghệ thu thập trình tự có thể được điều chỉnh để tạo ra các nhóm oligonucleotide có nhãn huỳnh quang rất hiệu quả như các đầu dò FISH không lặp lại trong tế bào động vật có vú. Ngoài việc phát hiện các loci cụ thể nhỏ (15 kb) và lớn hơn (100 kb) ở cả tế bào nuôi cấy và các mẫu mô, chúng tôi cho thấy rằng các nhóm oligonucleotide phức tạp có thể được sử dụng như các đầu dò để hình dung các đặc điểm của tổ chức nhân tế bào. Sử dụng cách tiếp cận này, chúng tôi đã tiết lộ một cách rõ ràng sự bố trí của các exon xung quanh bên ngoài của lõi lãnh thổ nhiễm sắc thể và cách xa rìa nhân.
Từ khóa
#Nhuộm huỳnh quang tại chỗ #DNA #đầu dò oligonucleotide #tổ chức nhân tế bào #trình tự DNA.Tài liệu tham khảo
Albert TJ, Molla MN, Muzny DM, Nazareth L, Wheeler D, Song X, Richmond TA, Middle CM, Rodesch MJ, Packard CJ, Weinstock GM, Gibbs RA (2007) Direct selection of human genomic loci by microarray hybridization. Nat Methods 4:903–905
Bainbridge MN, Wang M, Burgess DL, Kovar C, Rodesch MJ, D’Ascenzo M, Kitzman J, Wu YQ, Newsham I, Richmond TA, Jeddeloh JA, Muzny D, Albert TJ, Gibbs RA (2010) Whole exome capture in solution with 3 Gbp of data. Genome Biol 11:R62
Boyle S, Gilchrist S, Bridger JM, Mahy NL, Ellis JA, Bickmore WA (2001) The spatial organization of human chromosomes within the nuclei of normal and emerin-mutant cells. Hum Mol Genet 10:211–219
Chambeyron S, Bickmore WA (2004) Chromatin decondensation and nuclear reorganization of the HoxB locus upon induction of transcription. Genes Dev 18:1119–1130
Cross SH, Lee M, Clark VH, Craig JM, Bird AP, Bickmore WA (1997) The chromosomal distribution of CpG islands in the mouse: evidence for genome scrambling in the rodent lineage. Genomics 40:454–461
Fairfield H, Gilbert J, Barter M, et al. (2011) Mutation discovery in mice by whole exome sequencing. Genome Biology 12(9): R86
Gilbert N, Boyle S, Fiegler H, Woodfine K, Carter NP, Bickmore WA (2004) Chromatin architecture of the human genome: gene-rich domains are enriched in open chromatin fibres. Cell 118:555–566
Gilbert N, Gilchrist S, Bickmore WA (2005) Chromatin organization in the mammalian nucleus. Int Rev Cytol 242:283–336
Hodges E, Xuan Z, Balija V, Kramer M, Molla MN, Smith SW, Middle CM, Rodesch MJ, Albert TJ, Hannon GJ, McCombie WR (2007) Genome-wide in situ exon capture for selective resequencing. Nat Genet 39:1522–1527
Joffe B, Leonhardt H, Solovei I (2010) Differentiation and large scale spatial organization of the genome. Curr Opin Genet Dev 20:562–569
Kerr E, Kiyuna T, Boyle S, Saito A, Thomas JS, Bickmore WA (2010) Changes in chromatin structure during processing of wax-embedded tissue sections. Chromosome Res 18:677–688
Kocanova S, Kerr EA, Rafique S, Boyle S, Katz E, Caze-Subra S, Bickmore WA, Bystricky K (2010) Activation of estrogen-responsive genes does not require their nuclear co-localization. PLoS Genet 6:e1000922
Levsky JM, Singer RH (2003) Fluorescence in situ hybridization: past, present and future. J Cell Sci 116:2833–2838
Mahy NL, Perry PE, Bickmore WA (2002) Gene density and transcription influence the localization of chromatin outside of chromosome territories detectable by FISH. J Cell Biol 159:753–763
Mayer R, Brero A, von Hase J, Schroeder T, Cremer T, Dietzel S (2005) Common themes and cell type specific variations of higher order chromatin arrangements in the mouse. BMC Cell Biol 6:44
Meyerson M, Gabriel S, Getz G (2010) Advances in understanding cancer genomes through second-generation sequencing. Nat Rev Genet 11:685–696
Morey C, Da Silva NR, Perry P, Bickmore WA (2007) Nuclear reorganisation and chromatin decondensation are conserved, but distinct, mechanisms linked to Hox gene activation. Development 134:909–919
Morey C, Kress C, Bickmore WA (2009) Lack of bystander activation shows that localization exterior to chromosome territories is not sufficient to up-regulate gene expression. Genome Res 19:1184–1194
Muller I, Boyle S, Singer RH, Bickmore WA, Chubb JR (2010) Stable morphology, but dynamic internal reorganisation, of interphase human chromosomes in living cells. PLoS One 5:e11560
Okou DT, Steinberg KM, Middle C, Cutler DJ, Albert TJ, Zwick ME (2007) Microarray-based genomic selection for high-throughput resequencing. Nat Methods 4:907–909
Parikh H, Deng Z, Yeager M, Boland J, Matthews C, Jia J, Collins I, White A, Burdett L, Hutchinson A, Qi L, Bacior JA, Lonsberry V, Rodesch MJ, Jeddeloh JA, Albert TJ, Halvensleben HA, Harkins TT, Ahn J, Berndt SI, Chatterjee N, Hoover R, Thomas G, Hunter DJ, Hayes RB, Chanock SJ, Amundadottir L (2010) A comprehensive resequence analysis of the KLK15-KLK3-KLK2 locus on chromosome 19q13.33. Hum Genet 127:91–99
Peric-Hupkes D, Meuleman W, Pagie L, Bruggeman SW, Solovei I, Brugman W, Graf S, Flicek P, Kerkhoven RM, van Lohuizen M, Reinders M, Wessels L, van Steensel B (2010) Molecular maps of the reorganization of genome-nuclear lamina interactions during differentiation. Mol Cell 38:603–613
Volpi EV, Bridger JM (2008) FISH glossary: an overview of the fluorescence in situ hybridization technique. Biotechniques 45:385–409
Yamada NA, Rector LS, Tsang P, Carr E, Scheffer A, Sederberg MC, Aston ME, Ach RA, Tsalenko A, Sampas N, Peter B, Bruhn L, Brothman AR (2011) Visualization of fine-scale genomic structure by oligonucleotide-based high-resolution FISH. Cytogenet Genome Res 132:248–254