Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Lập bản đồ chi tiết các loci tính trạng định lượng tương tác bằng cách kết hợp thông tin không đồng nhất liên kết và liên kết
Tóm tắt
Các loci tính trạng định lượng (QTL) và các hiệu ứng cộng gộp, hiệu ứng thống trị và hiệu ứng tương tác của chúng đóng vai trò quan trọng trong sự biến thiên của các tính trạng phức tạp. Thường thì không thể phát hiện ra nhiều QTL tương tác lẫn nhau do các hiệu ứng chính thường bị nhầm lẫn bởi các hiệu ứng tương tác. Việc định vị các QTL tương tác trong một khu vực nhỏ còn khó khăn hơn. Chúng tôi trình bày một phương pháp thành phần phương sai nằm trong một phương pháp Bayes kinh nghiệm, phương pháp này đồng thời tính đến các hiệu ứng cộng gộp, thống trị và tương tác do nhiều QTL tương tác. Cấu trúc hiệp phương sai được sử dụng trong phương pháp thành phần phương sai dựa trên thông tin kết hợp về sự không đồng nhất liên kết và liên kết (LDL). Trong một nghiên cứu mô phỏng, nơi có sự tương tác tương đối phức tạp giữa các QTL, có thể lập bản đồ chi tiết các QTL tương tác đồng thời bằng cách sử dụng phương pháp đề xuất. Phương pháp hiện tại kết hợp với thông tin LDL có thể phát hiện một cách hiệu quả các QTL cũng như các hiệu ứng thống trị và tương tác của chúng, cho phép lập bản đồ chi tiết các QTL chính lẫn QTL tương tác đồng thời.
Từ khóa
#loci tính trạng định lượng #hiệu ứng cộng gộp #hiệu ứng thống trị #hiệu ứng tương tác #không đồng nhất liên kết #thông tin liên kếtTài liệu tham khảo
Blangero, J., Williams, J.T., Almasy, L., 2000. Quantitative trait locus mapping using human pedigrees. Hum. Biol., 72(1):35–62.
Blangero, J., Williams, J.T., Almasy, L., 2001. Variance component methods for detecting complex trait loci. Adv. Genet., 42:151–181.
Casella, G., 2001. Empirical Bayes Gibbs sampling. Biostatistics, 2(4):485–500. [doi:10.1093/biostatistics/2.4.485]
Cockerham, C.C., 1954. An extension of the concept of partitioning hereditary variance for analysis of covariances among relatives when epistasis is present. Genetics, 39(6): 859–882.
Dallas, J.F., 1992. Estimation of microsatellite mutation rates in recombinant inbred strains of mouse. Mamm. Genome, 3(8):452–456. [doi:10.1007/BF00356155]
Ellegren, H., 1995. Mutation rates at poreine microsatellite loci. Mamm. Genome, 6(5):376–377. [doi:10.1007/BF00364807]
Lee, S.H., van der Werf, J.H.J., 2006. Simultaneous fine mapping of multiple closely linked quantitative trait loci using combined linkage disequilibrium and linkage with a general pedigree. Genetics, 173(4):2329–2337. [doi:10.1534/genetics.106.057653]
Lee, S.H., van der Werf, J.H.J., Tier, B., 2005. Combining the meiosis Gibbs sampler with the random walk approach for linkage and association studies with a general complex pedigree and multi marker loci. Genetics, 171(4):2063–2072. [doi:10.1534/genetics.104.037028]
MacCluer, J.W., VanderBerg, J.L., Raed, B., Ryder, O.A., 1986. Pedigree analysis by computer simulation. Zoo Biology, 5(2): 147–160. [doi:10.1002/zoo.1430050209]
Meuwissen, T.H.E., Goddard, M.E., 2000. Fine mapping of quantitative trait loci using linkage disequilibria with closely linked marker loci. Genetics, 155(1):421–430.
Meuwissen, T.H.E., Goddard, M.E., 2001. Prediction of identity by descent probabilities from marker-haplotypes. Genet. Sel. Evol., 33(6):605–634. [doi:10.1051/gse:2001134]
Mitchell, B.D., Ghosh, S., Schneider, J.L., Birznieks, G., Blangero, J., 1997. Power of variance component linkage analysis to detect epistasis. Genetic. Epidemiology, 14(6): 1017–1022. [doi:10.1002/(SICI)1098-2272(1997)14:6〈1017::AID-GEPI76〉3.0.CO;2-L]
Purcell, S., Sham, P.C., 2004. Epistasis in quantitative trait locus linkage analysis. Behavior Genetics, 34(2): 143–152. [doi:10.1023/B:BEGE.0000013728.96408.f9]
Weber, J.L., Wong, C., 1993. Mutation of human short tandem repeats. Hum. Mol. Genet., 2(8):1123–1128. [doi:10.1093/hmg/2.8.1123]