Đặc điểm và sự phát triển của <i>Coot</i>

International Union of Crystallography (IUCr) - Tập 66 Số 4 - Trang 486-501 - 2010
Paul Emsley1, Bernhard Lohkamp2, W. G. Scott3, Kevin Cowtan4
1Department of Biochemistry, University of Oxford, South Parks Road, Oxford OX1 3QU, England
2Department of Medical Biochemistry and Biophysics, Karolinska Institute, SE-171 77 Stockholm, Sweden
3Department of Chemistry, University of California, 1156 High Street, Santa Cruz, CA 95064, USA
4Department of Chemistry, University of York, Heslington, YORK, YO10 5DD, England

Tóm tắt

Coot là một ứng dụng đồ họa phân tử chuyên dùng cho việc xây dựng và thẩm định mô hình phân tử sinh học vĩ mô. Chương trình hiển thị các bản đồ mật độ điện tử và các mô hình nguyên tử, đồng thời cho phép thực hiện các thao tác mô hình như chuẩn hóa, tinh chỉnh không gian thực, xoay/chuyển tay chân, hiệu chỉnh khối cố định, tìm kiếm phối tử, hydrat hóa, đột biến, phối hợp và chuẩn hóa Ramachandran. Hơn nữa, các công cụ cũng được cung cấp để thẩm định mô hình cũng như giao diện với các chương trình bên ngoài để tinh chỉnh, thẩm định và đồ họa. Phần mềm được thiết kế để dễ dàng học hỏi cho người dùng mới, nhờ vào việc đảm bảo rằng các công cụ cho những tác vụ thông thường có thể được phát hiện thông qua các thành phần giao diện người dùng quen thuộc (menu và thanh công cụ) hoặc bởi hành vi trực quan (điều khiển bằng chuột). Những phát triển gần đây đã tập trung vào việc cung cấp các công cụ cho người dùng chuyên nghiệp, với các phím tắt có thể tùy chỉnh, mở rộng và một giao diện kịch bản phong phú. Phần mềm đang trong giai đoạn phát triển nhanh chóng, nhưng đã đã đạt được sự phổ biến rộng rãi trong cộng đồng tinh thể học. Tình trạng hiện tại của phần mềm được trình bày, cùng với mô tả các tiện ích có sẵn và một số phương pháp cơ bản được sử dụng.

Từ khóa

#Coot #đồ họa phân tử #thẩm định mô hình #mật độ điện tử #tinh chỉnh không gian thực #công cụ thẩm định #giao diện trực quan #phát triển phần mềm #cộng đồng tinh thể học.

Tài liệu tham khảo

Adams, 2002, Acta Cryst. D, 58, 1948, 10.1107/S0907444902016657

Bernstein, 1977, J. Mol. Biol., 112, 535, 10.1016/S0022-2836(77)80200-3

Blanc, 2004, Acta Cryst. D, 60, 2210, 10.1107/S0907444904016427

Blundell, 2002, Nature Rev. Drug Discov., 1, 45, 10.1038/nrd706

Brünger, A. T. (1992). X-PLOR v.3.1. A System for X-ray Crystallography and NMR. New Haven: Yale University Press.

Cowtan, 2000, Acta Cryst. D, 56, 1612, 10.1107/S0907444900013263

Cowtan, 2003, IUCr Comput. Commun. Newsl., 2, 4

Cowtan, 2006, Acta Cryst. D, 62, 1002, 10.1107/S0907444906022116

Cowtan, 2010, Acta Cryst. D, 66, 470, 10.1107/S090744490903947X

Dauter, 2006, Acta Cryst. D, 62, 1, 10.1107/S0907444905034050

Davis, 2007, Nucleic Acids Res., 35, W375, 10.1093/nar/gkm216

DeLano, W. L. (2002). The PyMOL Molecular Viewer. http://www.pymol.org.

Emsley, 2004, Acta Cryst. D, 60, 2126, 10.1107/S0907444904019158

Esnouf, 1997, Acta Cryst. D, 53, 665, 10.1107/S0907444997005829

Greer, 1974, J. Mol. Biol., 82, 279, 10.1016/0022-2836(74)90591-9

Hooft, 1996, Nature (London), 381, 272, 10.1038/381272a0

Jones, 1986, EMBO J., 5, 819, 10.1002/j.1460-2075.1986.tb04287.x

Jones, 1991, Acta Cryst. A, 47, 110, 10.1107/S0108767390010224

Kelsey, 1998, Higher-Order and Symbolic Computation, 11, 7, 10.1023/A:1010051815785

Kleywegt, 1996, Acta Cryst. D, 52, 842, 10.1107/S0907444995016477

Kleywegt, 2004, Acta Cryst. D, 60, 2240, 10.1107/S0907444904013253

Kleywegt, G. J. & Jones, T. A. (1994). Proceedings of the CCP4 Study Weekend. From First Map to Final Model, edited by S. Bailey, R. Hubbard & D. Waller, pp. 59-66. Warrington: Daresbury Laboratory.

Kleywegt, 1996, Structure, 4, 1395, 10.1016/S0969-2126(96)00147-5

Krissinel, 2004, Acta Cryst. D, 60, 2256, 10.1107/S0907444904026460

Krissinel, 2004, Acta Cryst. D, 60, 2250, 10.1107/S0907444904027167

Langer, 2008, Nature Protoc., 3, 1171, 10.1038/nprot.2008.91

Lohkamp, B., Emsley, P. & Cowtan, K. (2005). CCP4 Newsl. 42, contribution 7.

Lorensen, 1987, ACM SIGGRAPH Comput. Graph., 21, 163, 10.1145/37402.37422

Lovell, 2003, Proteins, 50, 437, 10.1002/prot.10286

Lovell, 2000, Proteins, 40, 389, 10.1002/1097-0134(20000815)40:3<389::AID-PROT50>3.0.CO;2-2

Merritt, 1997, Methods Enzymol., 277, 505, 10.1016/S0076-6879(97)77028-9

Murshudov, 1997, Acta Cryst. D, 53, 240, 10.1107/S0907444996012255

Oldfield, 2001, Acta Cryst. D, 57, 696, 10.1107/S0907444901003894

Persistence of Vision Pty Ltd (2004). POV-Ray - Persistence of Vision Raytracer. http://www.povray.org.

Potterton, 2004, Acta Cryst. D, 60, 2288, 10.1107/S0907444904023716

Robertson, 2007, Science, 315, 1549, 10.1126/science.1136231

Robertson, 2008, Acta Cryst. D, 64, 738, 10.1107/S0907444908011578

Storoni, 2004, Acta Cryst. D, 60, 432, 10.1107/S0907444903028956

Terwilliger, 2006, Acta Cryst. D, 62, 915, 10.1107/S0907444906017161

Vagin, 2004, Acta Cryst. D, 60, 2184, 10.1107/S0907444904023510

Vonrhein, 2007, Methods Mol. Biol., 364, 215

Wang, 2004, Acta Cryst. D, 60, 1244, 10.1107/S0907444904010674

Westbrook, J. D., Yang, H., Feng, Z. & Berman, H. M. (2005). International Tables for Crystallography, Vol. G, edited by S. R. Hall & B. McMahon, pp. 539-543. Heidelberg: Springer.

Williams, 2005, Curr. Opin. Chem. Biol., 9, 371, 10.1016/j.cbpa.2005.06.007

Word, 1999, J. Mol. Biol., 285, 1711, 10.1006/jmbi.1998.2400

Word, 1999, J. Mol. Biol., 285, 1735, 10.1006/jmbi.1998.2401

Zhang, 1997, Methods Enzymol., 277, 53, 10.1016/S0076-6879(97)77006-X

Thông tin
Thông tin xuất bản

International Union of Crystallography (IUCr)

Tập 66 Số 4

486-501

Thông tin tác giả