Fe (III) reduction strategies of dissimilatory iron reducing bacteria
Tóm tắt
Từ khóa
Tài liệu tham khảo
D. R. Lovley, S. J. Giovanmoni, D. C. White, J. Champine, E. J. P. Phillips, Y. A. Gorby and S. Goodwin, Arch. Microbiol., 159, 336 (1993).
J. K. Fredrickson, J.M. Zachara, D.W. Kennedy, H. Dong, T. C. Onstott, N.W. Hinman and S. Li, Geochim. Cosmochim. Acta, 62, 3239 (1998).
J.M. Zachara, R.K. Kukkadapu, J. K. Fredrickson, Y. A. Gorby and S. C. Smith, Geomicrobiol. J., 19, 179 (2002).
K. H. Nealson and C. R. Myers, American J. Sci., 220, 35 (1990).
K.M. Thormann, R. M. Saville, S. Shukla, D. A. Pelletier and A.M. Spormann, J. Bacteriol., 186, 8096 (2004).
D. L. Cologgi, S. Lampa-Pastirk, A. M. Speers, S. D. Kelly and G. Reguera, Proc. Natl. Acad Sci. USA, 108, 15248 (2011).
B. Cao, L. Shi, R. N. Brown, Y. Xiong, J. K. Fredrickson, M. F. Romine, M. J. Marshall, M. S. Lipton and H. Beyenal, Environ. Microbiol., 13, 1018 (2011).
K. Venkateswaran, D. P. Moser, M. E. Dollhopf, D. P. Lies, D. A. Saffarini, B. J. MacGregor, D.B. Ringelberg, D. C. White, M. Nishijima, H. Sano, J. Burghardt, E. Stackebrandt and K. H. Nealson, Int. J. Syst. Bacteriol., 49(Part 2), 705 (1999).
R. Mahadevan, B. Palsson and D.R. Lovley, Nat. Rev., 9, 39 (2011).
E. S. Shelobolina, K. P. Nevin, J. D. Blakeney-Hayward, C. V. Johnsen, T.W. Plaia, P. Krader, T. Woodard, D. E. Holmes, C.G. Vanpraagh and D.R. Lovley,. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 57, 126 (2007).
G. B. Slobodkina, T. V. Kolganova, J. Querellou, E. A. Bonch-Osmolovskaya and A. I. Slobodkin, Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 59, 2880 (2009).
C. Ma, L. Zhuang, S.G. Zhou, G. Q. Yang, Y. Yuan and R. X. Xu, J. Appl. Microbiol., 112, 883 (2012).
K. Venkateswaran, M. E. Dollhopf, R. Aller, E. Stackebrandt and K. H. Nealson, Int. J. Syst. Bacteriol., 48, 965 (1998).
M. Hyun, B. Kim, I. Chang, H. Park, H. Kim, G. Kim, M. Kim and D. Park, J. Microbiol., 37, 206 (1999).
Y. Roh, H. Gao, H. Vali, D.W. Kennedy, Z. K. Yang and W. Gao, Appl. Environ. Microbiol., 72, 3236 (2006).
R. D. Stapleton Jr., Z. L. Sabree, A.V. Palumbo, C. L. Moyer, A. H. Devol, Y. Roh and J. Zhou, Aquat. Microb. Ecol., 38, 81 (2005).
W. Wu, B. Li, J. Hu, J. Li, F. Wang and Y. Pan, J. Geophys Res., 116, G04034 (2011) DOI: 10.1029/2011JG001728 .
J. P. Bowman, S.A. Mccammon, D. S. Nichols, J.H. Skerratt, S.M. Rea, P. D. Nichols and T. A. Mcmeekin, Int. J. Syst. Bacteriol., 47, 1040 (1997).
H. Gao, A. Obraztova, N. Stewart, R. Popa and J. K. Fredrickson, Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 56, 1911 (2006).
M. R. Leonardo, D. P. Moser, E. Barbieri, C. A. Brantner, B. J. MacGregor, B. J. Paster, E. Stackebrandt and K. H. Nealson, Int. J. Syst. Bacteriol., 49, 1341 (1999).
K. P. Nevin, D.E. Holmes, T. L. Woodard, E. S. Hinlein, D.W. Ostendorf and D.R. Lovley, Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 55, 1667 (2005).
O. Prakash, T.M. Gihring, D. D. Dalton, K. Chin, S. J. Green, D.M. Akob, G. Wanger and J. E. Kostka, Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 60, 546 (2010).
Y. Sung, K. E. Fletcher, K.M. Ritalahti, R. P. Apkarian, N. Ramos-Hernández, R. A. Sanford, N. M. Mesbah and F. E. Loffler, Appl. Environ. Microbiol., 72, 2775 (2006).
S. Viulu, K. Nakamura, Y. Okada, S. Saitou and K. Takamizawa, Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 63, 442 (2013).
E. S. Shelobolina, M.V. Coppi, A. A. Korenevsky, L. N. Didonato, S. A. Sullivan, H. Konishi, H. Xu, C. Leang, J. E. Butler, B. C. Kim and D. R. Lovley, BMC Microbiol., 7, 16 (2007).
F. Caccavo Jr., D. J. Lonergan, D. R. Lovley, M. Davis, J. F. Stolz and M. J. Mcinerney, Appl. Environ. Microbiol., 60, 3752 (1994).
E. S. Shelobolina, H. A. Vrionis, R. H. Findlay and D. R. Lovley, Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 58, 1075 (2008).
K. H. Nealson and J. Scott, Ecophysiology of the genus Shewanella, In The Prokaryotes, Ed. M Dworkin, New York, Springer-Verlag (2005).
J. F. Heidelberg, I. T. Paulsen, K. E. Nelson, E. J. Gaidos, W. C. Nelson, T. D. Read, J. A. Eisen, R. Seshadri, N. Ward, B. Methe, R. A. Clayton, T. Meyer, A. Tsapin, J. Scott, M. Beanan, L. Brinkac, S. Daugherty, R.T. DeBoy, R. J. Dodson, A. S. Durkin, D.H. Haft, J. F. Kolonay, R. Madupu, J. D. Peterson, L. A. Umayam, O. White, A.M. Wolf, J. Vamathevan, J. Weidman, M. Impraim, K. Lee, K. Berry, C. Lee, J. Mueller, H. Khouri, J. Gill, T.R. Utterback, L. A. McDonald, T.V. Feldblyum, H. O. Smith, J.C. Venter, K. H. Nealson and C.M. Fraser, Nat. Biotechnol., 20, 1118 (2002).
L. Shi, K. M. Rosso, T. A. Clarke, D. J. Richardson, J.M. Zachara and J. K. Fredrickson, Front Microbiol., 3, 50 (2012).
D. Coursolle and J. A. Gralnick, Mol. Microbiol., 77, 995 (2010).
K. E. Pitts, P. S. Dobbin, F. Reyes-Ramirez, A. J. Thomson, D. J. Richardson and H. E. Seward, J. Biol. Chem., 278, 27758 (2003).
D. J. Richardson, J. N. Butt, J. K. Fredrickson, J.M. Zachara, L. Shi, M. J. Edwards, G. F. White, N. Baiden, A. J. Gates, S. Marritt and T. A. Clarke, Mol. Microbiol., 85, 201 (2012).
S. Bose, M. F. Hochella Jr,_Y. A. Gorby, D.W. Kennedy, D. E. McCready, A. S. Madden and B. H. Lower, Geochim. Cosmochim. Acta, 73, 962 (2009).
H. C. Gao, Z.K. Yang, S. Barua, S.B. Reed, M. F. Romine, K. H. Nealson, J. K. Fredrickson, J. M. Tiedje and J. Zhou, ISME J., 3, 966 (2009).
D.E. Ross, S. S. Ruebush, S. Brantley, R. S. Hartshorne, T.A. Clarke, D. J. Richardson and M. Tien, Appl. Environ. Microbiol., 73, 5797 (2007).
Y. Qian, C. M. Paquete, R. O. Louro, D. E. Ross, E. Labelle, D. R. Bond and M. Tien, Biochem., 50, 6217 (2011).
B. Schuetz, M. Schicklberger, J. Kuermann, A.M. Spormann and J. Gescher, Appl. Environ. Microbiol., 75, 7789 (2009).
B.M. Fonseca, C.M. Paquete, S. E. Neto, I. Pacheco, C. M. Soares and R. O. Louro, Biochem. J., 449, 101 (2013).
R. S. Hartshorne, B. N. Jepson, T. A. Clarke, S. J. Field, J. Fredrickson, J. Zachara, L. Shi, J. N. Butt and D. J. Richardson, J. Biol. Inorg. Chem., 12, 1083 (2007).
M. Schicklberger, C. Bucking, B. Schuetz, H. Heide and J. Gescher, Appl. Environ. Microbiol., 77, 1520 (2011).
T.A. Clarke, M. J. Edwards, A. J. Gates, A. Hall, G. F. White, J. Bradley, C. L. Reardon, L. Shi, A. S. Beliaev, M. J. Marshall, Z. Wang, N. J. Watmough, J. K. Fredrickson, J. M. Zachara, J. N. Butt and D. J. Richardson, Proc. Natl. Acad Sci. USA, 108, 9384 (2011).
R. S. Hartshorne, C. L. Reardon, D. Ross, J. Nuester, T. A. Clarke, A. J. Gates, P. C. Mills, J. K. Fredrickson, J.M. Zachara, L. Shi, A. S. Beliaev, M. J. Marshall, M. Tien, S. Brantley, J.N. Butt and D. J. Richardson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 106, 22169 (2009).
Z. Wang, C. Liu, X. Wang, M. J. Marshall, J.M. Zachara, K.M. Rosso, M. Dupuis, J. K. Fredrickson, S.M. Heald and L. Shi, Appl. Environ. Microbiol., 74, 6746 (2008).
C. L. Reardon, A. C. Dohnalkova, P. Nachimuthu, D.W. Kennedy, D. A. Saffarini, B.W. Arey, L. Shi, Z. Wang, D. Moore, J. S. Mclean, D. Moyles, M. J. Marshall, J. M. Zachara, J. K. Fredrickson and A. S. Beliaev, Geobiol., 8, 56 (2010).
N. S. Wigginton, K.M. Rosso, B. H. Lower, L. Shi and M. F. Hochella, Geochim Cosmochim Acta, 71, 543 (2007).
B. H. Lower, L. Shi, R. Yongsunthon, T. C. Droubay, D. E. McCready and S. K. Lower, J. Bacteriol., 189, 4944 (2007).
Y. Xiong, L. Shi, B. Chen, M. U. Mayer, B. H. Lower, Y. Londer, S. Bose, M. F. Hochella, J. K. Fredickson and T. C. Squier, J. Am. Chem. Soc., 128, 13978 (2006).
B.H. Lower, R. D. Lins, Z. Oestreicher, T. P. Straatsma, M. F. Hochella Jr., L. Shi and S. K. Lower, Environ. Sci. Technol., 42, 3821 (2008).
A. J. Stams, F. A. de Bok, C.M. Plugge, M. H. van Eekert, J. Dolfing and G. Schraa, Environ. Microbiol., 8, 371 (2006).
E. Marsili, D.B. Baron, I. D. Shikhare, D. Coursolle, J. A. Gralnick and D. R. Bond, Proc. Natl. Acad Sci. USA, 105, 3968 (2008).
E. D. Covington, C. B. Gelbmann, N. J. Kotloski and J. A. Gralnick, Mol. Microbiol., 78, 519 (2010).
M. Taillefert, J. S. Beckler, E. Carey, J. L. Burns, C. M. Fennessey and T. J. DiChristina, J. Inorg. Biochem., 101, 1760 (2007).
Y. A. Gorby, S. Yanina, J. S. McLean, K. M. Rosso, D. M. A. Dohnalkova,T. J. Beveridge, I. S. Chang, B. H. Kim, K. S. Kim, D. E. Culley, S.B. Reed, M. F. Romine, D. A. Saffarini, E. A. Hill, L. Shi, D. A. Elias, D.W. Kennedy, G. Pinchuk, K. Watanabe, S. Ishii, B. Logan, K. H. Nealson and J. K. Fredrickson, Proc. Natl. Acad Sci. USA, 103, 11358 (2006).
M. Y. El-Naggar, G. Wanger, K.M. Leung, T. D. Yuzvinsky, G. Southam, J. Yang, W. M. Lau, K. H. Nealson and Y. A. Gorby, Proc. Natl. Acad Sci. USA, 107, 18127 (2010).
L. A. Fitzgerald, E. R. Petersen, R. I. Ray, B. J. Little, C. J. Cooper, E.C. Howard, B. R. Ringeisen and J. C. Biffinger, Process Biochem., 47, 170 (2012).
B. A. Methe, K. E. Nelson, J. A. Eisen, I. T. Paulsen, W. Nelson, J. F. Heidelberg, D. Wu, M. Wu, N. Ward, M. J. Beanan, R. J. Dodson, R. Madupu, L.M. Brinkac, S. C. Daugherty, R. T. De Boy, A. S. Durkin, M. Gwinn, J. F. Kolonay, S. A. Sullivan, D. H. Haft, J. Selengut, T. M. Davidsen, N. Zafar, O. White, B. Tran, C. Romero, H. A. Forberger, J. Weidman, H. Khouri, T.V. Feldblyum, T. R. Utterback, S. E. Van Aken, D. R. Lovley and C.M. Fraser, Science, 302, 1967 (2003).
T. S. Magnuson, N. Isoyama, A.L.H. Myerson, G. Davidson, M. J. Maroney, G.G. Geesey and D.R. Lovley, Biochem. J., 359, 147 (2001).
G. Reguera, K.D. McCarthy, T. Mehta, J. S. Nicoll, M. T. Tuominen and D. R. Lovley, Nature, 435, 1098 (2005).
M.D. Joana, L. Morgado, P.R. Pokkuluri, D. L. Turner and C. A. Salgueiro, Biochim. Biophys. Acta, 1827, 484 (2013).
K. Inoue, X. Qian, L. Morgado, B. Kim, T. Mester, M. Izallalen, C. A. Salgueiro and D. R. Lovely, Appl. Environ. Microbiol., 76, 3999 (2010).
K. P. Nevin, B. C. Kim, R. H. Glaven, J. P. Johnson, T. L. Woodard, B.A. Methe, R. J. Didonato, S. F. Covalla, A. E. Franks, A. Liu and D. R. Lovley, PLoS One., 4, e5628 (2009).
B. C. Kim, B. L. Postier, R. J. Didonato, S. K. Chaudhuri, K. P. Nevin and D. R. Lovley, Bioelectrochemistry, 73, 70 (2008).
A. E. Franks, K. P. Nevin, H. Jia, M. Izallalen, T. L. Woodard and D. R. Lovley, Energy Environ. Sci., 2, 113 (2009).
D.E. Holmes, T. Mester, R.A. O’Neil, L.A. Perpetua, M. J. Larrahondo, R. Glaven, M. L. Sharma, J. E. Ward, K. P. Nevin and D.R. Lovley, Microbiol., 154, 422 (2008).
P. Tremblay, M. Aklujkar, C. Leang, K. P. Nevin and D. Lovley, Environ. Microbiol. Rep., 4, 82 (2012).
K. P. Nevin, H. Richter, S. F. Covalla, J. P. Johnson, T. L. Woodard, A.L. Orloff, H. Jia, M. Zhang and D.R. Lovley, Environ. Microbiol., 10, 2505 (2008).
G. Reguera, K. P. Nevin, J. S. Nicoll, S. F. Covalla, T. L. Woodard and D. R. Lovley, Appl. Environ. Microbiol., 72, 7345 (2006).
H. Richter, K. P. Nevin, H. Jia, D.A. Lowy, D.R. Lovley and L.M. Tender, Energy Environ. Sci., 2, 506 (2009).
K.M. Leung, G. Wanger, M.Y. El-Naggar, Y. Gorby, G. Southam, W.M. Lau and J. Yang, Nano Lett., 13, 2407 (2013).
A. Klimes, A. E. Franks, R.H. Glaven, H. Tran, C. L. Barrett, Y. Qiu, K. Zengler and D.R. Lovley, FEMS Microbiol. Lett., 310, 62 (2010).
M. Cordes, A. Kottgen, C. Jasper, O. Jacques, H. Boudebous and B. Giese, Angew Chem. Int. Ed. Eng., 47, 3461 (2008).
M. Vargas, N. S. Malvankar, P. Tremblay, C. Leang, J.A. Smith, P. Patel, O. Synoeyenbos-West, K. P. Nevin and D. R. Lovley, mBio, 4, 1 (2013).
N. S. Malvankar, M. Vargas, K. P. Nevin, A. E. Franks, C. Leang, B. C. Kim, K. Inoue, T. Mester, S. F. Covalla, J. P. Johnson, V. M. Rotello, M. T. Tuominen and D. R. Lovley, Nat. Nanotechnol., 6, 573 (2011).
L. V. Richter, Doctoral Dissertations Available from Proquest. Paper AAI3465075 (2011). http://scholarworks.umass.edu/dissertations/AAI3465075.
P.L. Tremblay, Z.M. Summers, R.H. Glaven, K. P. Nevin, K. Zengler, C. L. Barrett, Y. Qiu, B. O. Palsson and D. R. Lovley, Environ. Microbiol., 13, 13 (2011).
R.A. Royer, W.D. Burgos, A.S. Fisher, R. Unz and B.A. Dempsey, Environ. Sci. Technol., 36, 1939 (2002).
J.M. Zachara, J.K. Fredrickson, S. Li, D.W. Kennedy, S.C. Smith and P. L. Gassman, American Mineralogist, 83, 1426 (1998).
L.B. Sukla, J. Esther, S. Panda and N. Pradhan, Res. Rev.: J. Microbiol. Biotechnol., 3, (2014).
T.C. Eisele, “Direct biohydrometallurgical extraction of iron from ore.” US DOE, FG26-03NT41938, DOI:10.2172=877695 (2005).
N. Pradhan, R. R. Nayak, D. K. Mishra, E. Priyadarshini, L. B. Sukla and B. K. Mishra, World Environ., 2, 110 (2012).
J. Esther, S. Panda, S.K. Behera, L.B. Sukla, N. Pradhan and B.K. Mishra, Bioresour. Technol., 146, 762 (2013).
S. Panda, P.C. Rout, C. K. Sarangi, S. Mishra, N. Pradhan, U. B. Mohapatra, T. Subbaiah, L. B. Sukla and B.K. Mishra, Korean J. Chem. Eng., 31, 452 (2014).
S. Panda, C.K. Sarangi, N. Pradhan, T. Subbaiah, L.B. Sukla, B.K. Mishra, G. L. Bhatoa, M. S. R. Prasad and S. K. Ray, Korean J. Chem. Eng., 26, 781 (2012).
A. T. Heijne, F. Liu, R.V.D. Weijden, J. Weijma, C. J.N. Buisman and H.V.M. Hamelers, Environ. Sci. Technol., 44, 4376 (2010).
L. P. Huang, T.C. Li, C. Liu, X. Quan, L. J. Chen, A. J. Wang and G. H. Chen, Bioresour. Technol., 128, 539 (2013).
Singhvi and Chhabra, J. Bioremed Biodeg., 4, 5 (2013).
B. S. Lim, H. Lu, C. Choi and Z.X. Liu, Desalination Water Treat., DOI: 10.1080/19443994.2014.923191 (2014).
D. Prakash, P. Gabani, A.K. Chandel, Z. Ronen and O.V. Singh, Microbial. Biotechnol., 6, 349 (2013).
R. E. Wildung, Y.A. Gorby, K.M. Krupka, N. J. Hess, S.W. Li, A. E. Plymale, J. P. McKinley and J. K. Fredrickson, Appl. Microbiol. Biotechnol., 66, 2451 (2000).
J.R. Lloyd, J. Chesnes, S. Glasauer, D. J. Bunker, F.R. Livens and D. R. Lovley, Geomicrobiol., 19, 103 (2002).
A. E. Plymale, V. L. Bailey, J. K. Fredrickson, S.M. Heald, E. C. Buck, L. Shi, Z. Wang, C. T. Resch, D.A. Moore and H. Bolton Jr., Environ. Sci. Technol., 46, 2132 (2012).
T.L. Daulton, B. J. Little, J. Jones-Meehan, D.A. Blom, L.F. Allard, Geochim. Cosmochim. Acta, 71, 556 (2007).
J. S. Zhao, D. Manno, C. Beaulieu, L. Paquet and J. Hawari, Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 55, 1511 (2005).
G. Liu, J. Zhou, X. Meng, S.Q. Fu, J. Wang, R. Jin and H. Lv, Appl. Microbiol. Biotechnol., 97, 4187 (2013).
A.K. Suresh, D.A. Pelletier, W. Wang, M. L. Broich, J. Moon, G. Baohuagu, D. P. Allison, D.C. Joy, T. J. Phelps and M. J. Doktycz, Acta Biomater., 7, 2148 (2011).
W. D. Burgos, J. T. McDonough, J.M. Senko, G. Zhang, A. C. Dohnalkova, S. D. Kelly, Y. Gorby and K. M. Kemner, Geochim. Cosmochim. Acta, 72, 4901 (2008).
S. Jiang, J. Lee, M. Kim, N.V. Myung, J.K. Fredrickson, M. J. Sadowsky and H. Hur, Appl. Environ. Microbiol., 75, 6896 (2009).
S. DeCorte, T. Hennebel, S. Verschuere, C. Cuvelier, W. Verstraetea and N. Boon, J. Chem. Technol. Biotechnol., 86, 547 (2011).
K. Tam, C.T. Ho, J. Lee, M. Lai, C.H. Chang, Y. Rheem, W. Chen, H. Hur and N.V. Myung, Biosci. Biotechnol. Biochem., 74, 696 (2010).
C.T. Ho, J.W. Kim, W.B. Kim, K. Song, R.A. Kanaly, M. J. Sadowsky and H. Hur, J. Mater. Chem., 20, 5899 (2010).
M. Ward, Q. Fu, K. Rhoads, C. Yeung, A. Spormann and C. S. Criddle, Appl. Microbiol. Biotechnol., 63, 571 (2004).
I. Ortiz-Bernad, R. T. Anderson, H. A. Vrionis and D. R. Lovley, Appl. Environ. Microbiol., 70, 3091 (2004).
K. H. Williams, M. J. Wilkins, A. L. N’Guessan, B. Arey, E. Dodova, A. Dohnalkova, D. Holmes, D.R. Lovley and P. E. Long, Environ. Microbiol. Rep., 5, 444 (2013).
D.E. Holmes, D.R. Bond, R.A. O’Neil, C.E. Reimers, L.R. Tender and D. R. Lovley, Microb. Ecol., 48, 178 (2004).
L.M. Tender, C. E. Reimers, H.A. Stecher, D. E. Holmes, D.R. Bond, D. A. Lowy, K. Pilobello, S. J. Fertig and D. R. Lovley, Nat. Biotechnol., 20, 821 (2002).
K.B. Gregory, S. A. Sullivan and D. R. Lovley, Poster presentation at 105 th American Society for Microbiology General Meeting, Atlanta, GA, USA. (2005)
T. Zhang, S.M. Gannon, K. P. Nevin, A. E. Franks and D. R. Lovley, Environ. Microbiol., 12, 1011 (2010).
T. Zhang, T. S. Bain, K. P. Nevin, M.A. Barlett and D. R. Lovley, Appl. Environ. Microbiol., 78, 8304 (2012).
K.M. Schleinitz, S. Schmeling, N. Jehmlich, M. von Bergen, H. Harms, S. Kleinsteuber, C. Voqt and G. Fuchs, Appl. Environ. Microbiol., 75, 3912 (2009).
H. Yi, K. P. Nevin, B.C. Kim, A.E. Franks, A. Klimes, L.M. Tender and D. R. Lovley, Biosens. Bioelectron., 24, 3498 (2009).