EzTaxon: công cụ trực tuyến dùng để xác định prokaryote dựa trên trình tự gen 16S rRNA
Tóm tắt
Các trình tự gen 16S rRNA đã được sử dụng rộng rãi để xác định các prokaryote. Tuy nhiên, sự gia tăng của các trình tự vi sinh không phải là chủng điển hình và sự thiếu hụt cơ sở dữ liệu được xem xét bởi đồng nghiệp cho các trình tự gen 16S rRNA của các chủng điển hình đã làm cho việc xác định hàng loạt các mẫu hóa học trở nên khó khăn và tốn nhiều công sức. Trong nghiên cứu này, chúng tôi đã tạo ra một cơ sở dữ liệu chứa các trình tự gen 16S rRNA của tất cả các chủng điển hình prokaryote. Thêm vào đó, một công cụ trực tuyến, có tên là EzTaxon, được xây dựng để phân tích các trình tự gen 16S rRNA nhằm đạt được xác định các mẫu hóa học dựa trên các giá trị tương đồng nucleotide theo cặp và các phương pháp suy diễn phát sinh loài. Hệ thống được phát triển cung cấp cho người dùng một công cụ tìm kiếm dựa trên độ tương đồng, căn chỉnh nhiều trình tự và các phân tích phát sinh loài khác nhau. Tất cả các chức năng này kết hợp với cơ sở dữ liệu trình tự gen 16S rRNA của các chủng điển hình có thể được sử dụng hiệu quả để xác định tự động và đáng tin cậy các mẫu hóa học prokaryote. Máy chủ EzTaxon có thể truy cập miễn phí qua Internet tại
Từ khóa
#16S rRNA #prokaryotes #xác định tự động #cơ sở dữ liệu #EzTaxonTài liệu tham khảo
Altschul, 1997, Gapped blast and psi-blast: a new generation of protein database search programs, Nucleic Acids Res, 25, 3389, 10.1093/nar/25.17.3389
Ewing, 1998, Base-calling of automated sequencer traces using phred . II, Error probabilities. Genome Res, 8, 186, 10.1101/gr.8.3.186
Ewing, 1998, Base-calling of automated sequencer traces using phred . I, Accuracy assessment. Genome Res, 8, 175, 10.1101/gr.8.3.175
Felsenstein, 1981, Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach, J Mol Evol, 17, 368, 10.1007/BF01734359
Felsenstein, 2005, phylip (Phylogeny Inference Package), version 3.6. Distributed by the author. Department of Genome Sciences
Fitch, 1971, Toward defining the course of evolution: minimum change for a specific tree topology, Syst Zool, 20, 406, 10.2307/2412116
Jeon, 2005, jphydit: a JAVA-based integrated environment for molecular phylogeny of ribosomal RNA sequences, Bioinformatics, 21, 3171, 10.1093/bioinformatics/bti463
Kumar, 2004, mega3: Integrated software for molecular evolutionary genetics analysis and sequence alignment, Brief Bioinform, 5, 150, 10.1093/bib/5.2.150
Myers, 1988, Optimal alignments in linear space, Comput Appl Biosci, 4, 11
Ronquist, 2003, MrBayes 3: bayesian phylogenetic inference under mixed models, Bioinformatics, 19, 1572, 10.1093/bioinformatics/btg180
Rosselló-Mora, 2001, The species concept for prokaryotes, FEMS Microbiol Rev, 25, 39, 10.1016/S0168-6445(00)00040-1
Saitou, 1987, The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees, Mol Biol Evol, 4, 406
Stackebrandt, 2006, Taxonomic parameters revisited: tarnished gold standards, Microbiol Today, 33, 152
Stackebrandt, 1994, Taxonomic note: a place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology, Int J Syst Bacteriol, 44, 846, 10.1099/00207713-44-4-846
Swofford, 2002, paup*: Phylogenetic analysis using parsimony (*and other methods), version 4