Phát triển và đặc trưng hóa 37 dấu phân tử SNP cho cá vược miệng rộng (Micropterus salmoides) bằng phương pháp PCR–RFLP

Conservation Genetics Resources - Tập 13 - Trang 429-433 - 2021
Shengjie Li1,2, Jinxing Du1, Yubang Shen3, Chuanju Dong2, Jiaqi Shao1,2, Jiao Cui2, Zhou Jiang2, Xuejun Li2, Meng Zhang2,4
1Pearl River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fisheries Sciences, Key Laboratory of Tropical and Subtropical Fishery Resource Application and Cultivation, China Ministry of Agriculture, Guangzhou, China
2College of Fisheries, Henan Normal University, Xinxiang, China
3Key Laboratory of Freshwater Aquatic Genetic Resources, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Shanghai Ocean University, Shanghai, China
4Key Laboratory of Freshwater Aquatic Genetic Resources Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Shanghai Ocean University, Shanghai, China

Tóm tắt

Cá vược miệng rộng (Micropterus salmoides) là một loài có giá trị kinh tế quan trọng tại Trung Quốc. Trái ngược với việc sản lượng của loài này gia tăng nhanh chóng trong những thập kỷ qua, đa dạng di truyền trong nước của cá vược miệng rộng đã giảm dần. Trong nghiên cứu này, 37 dấu phân tử đa hình nucleotide đơn (SNP) đã được phát triển dựa trên dữ liệu phân tích gen và được đặc trưng hóa bằng cách genotyping 32 cá thể sử dụng phương pháp PCR–RFLP. Số lượng alen hiệu quả (Ne), tỷ lệ dị hợp tử quan sát được (Ho), tỷ lệ dị hợp tử kỳ vọng (He), và nội dung thông tin đa hình (PIC) của các SNP này dao động từ 1.168 đến 1.998, 0.156 đến 0.844, 0.146 đến 0.507, và 0.134 đến 0.375, tương ứng. Tổng cộng, năm locus đã lệch đáng kể khỏi cân bằng Hardy–Weinberg (p < 0.05), trong khi không có hiện tượng liên kết không cân bằng tại tất cả các locus. Những dấu phân tử đa hình mới này sẽ tạo nền tảng cho việc khai thác hợp lý và sử dụng nguồn gen trong M. salmoides trong tương lai.

Từ khóa

#cá vược miệng rộng #SNP #đa dạng di truyền #PCR–RFLP #nguồn gen

Tài liệu tham khảo

Bai JJ, Lutz-Carrillo DJ, Quan YC, Liang SX (2008) Taxonomic status and genetic diversity of cultured largemouth bass Micropterus salmoides in China. Aquaculture 278(1–4):27–30. https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2008.03.016 Brown-Guedira GL, Thompson JA, Nelson RL, Warburton ML (2000) Evaluation of genetic diversity of soybean introductions and North American Ancestors using RAPD and SSR markers. Crop Sci 40(3):815–823. https://doi.org/10.2135/cropsci2000.403815x Chang HW, Cheng YH, Chuang LY, Yang CH (2010) SNP-RFLPing 2: an updated and integrated PCR-RFLP tool for SNP genotyping. BMC Bioinform 11:173. https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-173 Chen YJ, Yuan RM, Liu YJ, Yang HJ, Liang GY, Tian LX (2015) Dietary vitamin C requirement and its effects on tissue antioxidant capacity of juvenile largemouth bass, Micropterus salmoides. Aquaculture 435:431–436. https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2014.10.013 Fan JJ, Bai JJ, Li SJ, Ma DM, Jiang P (2019) Analysis on genetic diversity of three breeding populations of largemouth bass using formulated feeds. Prog Fish Sci 40(4):57–64. https://doi.org/10.19663/j.issn2095-9869.20180420002 Forche A, Steinbach M, Berman J (2009) Efficient and rapid identification of Candida albicans allelic status using SNP-RFLP. FEMS Yeast Res 9(7):1061–1069. https://doi.org/10.1111/j.1567-1364.2009.00542.x Gaeta JW, Guarascio MJ, Sass GG, Carpenter SR (2011) Lakeshore residential development and growth of largemouth bass (Micropterus salmoides): a cross-lakes comparison. Ecol Freshw Fish 20(1):92–101. https://doi.org/10.1111/j.1600-0633.2010.00464.x Guo YM, Zeng WW, Wang Q, Wang YY, Li YY, Yin JY, Ren Y, Shi CB (2018) Use of high-resolution melting curve analysis to differentiate vaccine and wild type strains of grass carp reovirus genotype II. J Virol Methods 256:111–115. https://doi.org/10.1016/j.jviromet.2018.03.006 Kalinowski ST, Taper ML, Marshall TC (2007) Revising how the computer program CERVUS accommodates genotyping error increases success in paternity assignment. Mol Ecol 16(5):1099–1106. https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2007.03089.x Liu HF, Wang J, Zhang LM, Fang FG, Zhang M, Ma X, Tian X, Li XJ, Nie GX (2020) Development of SNP in spotted steed (Hemibarbus maculatus Bleeker) using GBS sequencing. Conserv Genet Resour 12:379–383. https://doi.org/10.1007/s12686-019-01123-w Semagn K, Babu R, Hearne S, Olsen M (2014) Single nucleotide polymorphism genotyping using Kompetitive Allele Specific PCR (KASP): overview of the technology and its application in crop improvement. Mol Breed 33:1–14. https://doi.org/10.1007/s11032-013-9917-x Siccha-Ramirez ZR, Maroso F, Pardo BG, Fernández C, Martínez P, Oliveira C (2018) SNP identification and validation on genomic DNA for studying genetic diversity in Thunnus albacares and Scomberomorus brasiliensis by combining RADseq and long read high throughput sequencing. Fish Res 198:189–194. https://doi.org/10.1016/j.fishres.2017.09.002 Su SY, Zhang LB, Li HY, Gao C, He XJ, Tian C, Li JL, Wang MY, Tang YK (2020) Genetic diversity and structure analyses of largemouth bass (Micropterus salmoides) original and cultured populations based on microsatellite markers. J Zhejiang Univ (Agric Life Sci) 46(6):687–698. https://doi.org/10.3785/j.issn.1008-9209.2020.04.031 Sun CF, Xie WF, Hu J, Dong JJ, Tian YY, Wu ZH, Ye X (2019) Genetic diversity analysis of three cultured populations of Micropterus salmoides. South China Fish Sci 15(2):64–71. https://doi.org/10.12131/20180203 Wolford J, Blunt D, Ballecer C, Prochazka M (2000) High-throughput SNP detection by using DNA pooling and denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC). Hum Genet 107(5):483–487. https://doi.org/10.1007/s004390000396 Yeh FC, Boyle TJB (1997) Population genetic analysis of co-dominant and dominant markers and quantitative traits. Belg J Bot 129:157. https://sites.ualberta.ca/~fyeh/popgene.html
Thông tin
Thông tin xuất bản

Conservation Genetics Resources

Tập 13

429-433

Thông tin tác giả