Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Xác định Cấu Trúc Quần Thể của Bộ Sưu Tập Lúa Mạch Cốt Lõi cho Phân Tích Liên Kết
Tóm tắt
Microsatellite, được biết đến như một trong những dấu hiệu mạnh mẽ nhất để xác định các giống lúa mạch, đã được sử dụng để đánh giá sự đa dạng di truyền và cấu trúc quần thể nhằm thúc đẩy việc sử dụng hiệu quả các nguồn gen. Trong nghiên cứu này, tập hợp 284 giống lúa mạch đã được phân tích gen sử dụng 30 dấu hiệu microsatellite. Các dấu hiệu SSR được chọn nằm ở hầu hết tất cả các nhóm liên kết và bao trùm cả ba bộ gen. Các kiểu gen được sử dụng có nguồn gốc từ 24 trung tâm chọn lọc khác nhau trên toàn thế giới và được đưa vào một bộ sưu tập cốt lõi rộng lớn của Viện Nông nghiệp và Cây trồng Rau ở Novi Sad, Serbia. Tổng số allele được phát hiện là 349 tại tất cả các locus đã phân tích. Số lượng biến thể allelic trung bình được phát hiện mỗi locus là 11,5. Giá trị trung bình của nội dung thông tin đa hình là 0,68. Theo xác suất dữ liệu thu được từ chương trình Structure, kết quả đã chỉ ra sự hiện diện của 6 tiểu quần thể trong tập hợp kiểu gen đã nghiên cứu. Cấu trúc quần thể cho thấy có một mối tương quan tích cực ở một mức độ nào đó với nguồn gốc địa lý. Dữ liệu gia phả có sẵn đã được đưa vào để giải thích thêm về cấu trúc quần thể. Kết quả của nghiên cứu này được kỳ vọng sẽ cung cấp thông tin quý giá cho các nghiên cứu liên kết trong tương lai sử dụng tài liệu giống lúa mạch đa dạng.
Từ khóa
#microsatellite #đa dạng di truyền #cấu trúc quần thể #giống lúa mạch #nghiên cứu liên kếtTài liệu tham khảo
Borojevic, K., Borojevic, K. 2005. Historic role of the wheat variety Akakomughi in Southern and Central European wheat breeding programs. Breeding Sci. 55:253–256.
Chao, S.M., Zhang, W.J., Dubcovsky, J., Sorrels, M. 2007. Evaluation of genetic diversity and genome-wide likage disequilibrium among U.S. wheat (Triticum aestivum L.) germplasm representing different market classes. Crop Sci. 47:1018–1030.
Chen, X., Min, D., Yasir, T.A., Hu, Y.G. 2012. Genetic diversity, population structure and linkage disequilibrium in elite Chinese winter wheat investigated with SSR markers. PLoS one 7 (9):e44510. doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone0044510
Chen, X.M., He, Z.H., Shi, J.R., Xia, L.Q., Ward, R., Zhou, Y., Jiang, G.L. 2003. Genetic diversity of high quality winter wheat varieties (lines) based on SSR marker. Acta Agronomica Sinica 29:13–19.
Couviour, F.L., Faure, S., Poupard, B., Flodrops, Y., Dubreuil, P., Praud, S. 2011. Analysis of genetic structure in a panel of elite wheat varieties and relevance for association mapping. Theor. Appl. Genet. 123:715–727.
Doyle, J.J., Doyle, J.L. 1990. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus 12:13–15.
Flint-Garcia, S.A., Thornsberry, J.M., Buckler, E.S. 4th 2003. Structure of linkage disequilibrium in plants. Annu. Rev. Plant Biol. 54:357–374.
Huang, X.Q., Börner, A., Röder, M.S., Ganal, M.W. 2002. Assessing genetic diversity of wheat (Triticum aestivum L.) germplasm using microsatellite markers. Theor. Appl. Genet. 105:699–707.
Kobiljski, B., Dencic, S., Kondic-Spika, A., Lohwasser, U., Börner, A. 2009. Locating stable across environment QTL involved in the determination of agronomic characters in wheat. Cereal Res. Commun. 37:327–333.
Liu, K., Muse, S.V. 2005. PowerMarker: An integrated analysis environment for genetic marker analysis. Bioinformatics 21:2128–2129.
Neumann, K., Kobiljski, B., Dencic, S., Varshney, R.K., Börner, A. 2011. Genome-wide association mapping: A case study in bread wheat (Triticum aestivum L.). Mol. Breed. 27:37–58.
Pritchard, J.K., Stephens, M., Donnelly, P. 2000. Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics 155:945–959.
Randhawa, H.S., Muhammad, A., Pozniak, C., Clarke, J.M., Graf, R.J., Fox, S.L., Humphreys, D.G., Knox, R.E., Depauw, R.M., Singh, A.K., Cuthbert, R.D., Hucl, P., Spaner, D. 2013. Application of molecular markers to wheat breeding in Canada. Plant Breed. 132:458–471.
Röder, M.S., Korzun, V., Wendehake, K., Plaschke, J., Tixier, M-H., Leroz, P., Ganal, M.W. 1998. A microsatellite map of wheat. Genetics 194:2007–2023.
Röder, M.S., Wendehake, K., Korzun, V., Bredemeijer, G., Laborie, D., Bertrand, L., Isaac, P., Rendell, S., Jackson, J., Cooke, R.J., Vosman, B., Ganal, M. 2002. Construction and analysis of a microsatellite-based database of European wheat varieties. Theor. Appl. Genet. 106:67–73.
Stachel, M., Lelley, T., Grausgruber, H., Vollmann, J. 2000. Application of microsatellites in wheat (Triticum aestivum L.) for studying genetic differention caused by selection for adaptation and use. Theor. Appl. Genet. 100:242–248.
Varshney, R.K., Thudi, M., Aggarwal, R., Börner, A. 2007. Genic molecular markers in plants: Development and applications. In: Varshney, R.K., Tuberosa, R. (eds), Genomics-assisted Crop Improvement: Genomics Approaches and Platforms. Vol. 1. Springer, Dordrecht, The Netherlands, pp. 13–29.
Wang, Y., Wang, C., Zhang, H., Yue, Z., Liu, X., Ji, W. 2013. Genetic analysis of wheat (Triticum aestivum L.) and related species with SSR markers. Genetic Res. and Crop Evol. 60:1105–1117.
Yu, J., Buckler, E.S. 2006. Genetic association mapping and genome organization of maize. Current Opinion in Biotechnol. 17:155–160.
Zhang, D., Bai, G., Zhu, C., Yu, J., Carver, B.F. 2010. Genetic diversity, population structure, and linkage disequilibrium in U.S. elite winter wheat. The Plant Genome 3:117–127.
Zhang, L., Liu, D.C., Guo, X.L., Yang, W.L., Sun, J.Z., Wang, D.W., Sourdille, P., Zhang, A.M. 2011. Investigation of genetic diversity and population structure of common wheat cultivars in northern China using DArT markers. BMC Genetics 12:42.