Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Desulfobulbus aggregans sp. nov., một loài vi khuẩn khử sulfate mới được phân lập từ trầm tích biển tại vịnh Gabes
Tóm tắt
Ba chủng vi khuẩn khử sulfate được chỉ định là SM40T, SM41 và SM43 đã được phân lập từ trầm tích biển tại khu vực Skhira nằm trong vịnh Gabes (Tunisia). Những chủng này phát triển trong môi trường kỵ khí với phosphogypsum làm nguồn sulfate và natri lactate làm nguồn electron và carbon. Một trong số đó, chủng SM40T, đã được đặc trưng hóa bằng các phương pháp hình thái học và phân loại. Tế bào có hình oval, âm tính với nhuộm Gram và không di động. Giới hạn nhiệt độ cho sự tăng trưởng là 10 và 55 °C với điểm tối ưu là 35 °C và khoảng pH từ 6,5–8,1 với điểm tối ưu ở pH 7,5. Sự tăng trưởng được quan sát thấy ở độ mặn từ 10 đến 80 g NaCl l−1 với điểm tối ưu là 30 g NaCl l−1. Chủng SM40T có khả năng sử dụng butanol, ethanol, formate, l-glucose, glycerol, lactate, propanol, propionate và pyruvate làm chất cho electron để khử sulfate, sulfite hoặc thiosulfate thành H2S. Không có chất nhận electron, chủng SM40T đã lên men butanol và pyruvate. Hàm lượng G+C của DNA của chủng SM40T là 52,6 mol %. Phân tích phân loại dựa trên trình tự gen 16S rRNA của mẫu phân lập cho thấy chủng SM40T có mối quan hệ gần gũi với các loài trong chi Desulfobulbus thuộc họ Desulfobulbaceae. Độ tương đồng giữa chủng SM40 và Desulfobulbus marinus là 95,4%. Phân tích phân loại, hàm lượng G+C DNA và sự khác biệt trong việc sử dụng chất nền cho thấy chủng SM40 đại diện cho một loài mới trong chi Desulfobulbus, D. aggregans sp. nov. Chủng kiểu là chủng SM40T (=DSM 28693T = JCM 19994T).
Từ khóa
#vi khuẩn khử sulfate #Desulfobulbus #vùng Skhira #trầm tích biển #phylogenetic analysis #hàm lượng DNA G+CTài liệu tham khảo
Altschul SF, Madden TL, Schaffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ (1997) Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res 25:3389–3402
Cole JR, Wang Q, Cardenas E, Fish J, Chai B, Farris RJ, Kulam-Syed-Mohideen AS, McGarrell DM, Marsh T, Garrity GM, Tiedje JM (2009) The Ribosomal Database Project: improved alignments and new tools for rRNA analysis. Nucleic Acids Res 37:141–145
Cord-Ruwisch R (1985) A quick method for the determination of dissolved and precipitated sulfides in cultures of sulfate reducing bacteria. J Microbiol Methods 4:33–36
Devereux R, Delaney M, Widdel F, Stahl DA (1989) Natural relationships among sulfate-reducing eubacteria. J Bacteriol 171:6689–6695
Edgar RC (2004) MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Res 32:1792–1797
Fardeau ML, Ollivier B, Patel B K C, Magot M, Thomas P, Rimbault A, Rocchiccioli F, Garcia JL (1997) Thermotoga hypogea sp. nov., a xylanolytic, thermophilic bacterium from an oil-producing well. Int J Syst Bacteriol 47:1013–1019
Felsenstein J (1981) Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likehood approach. J Mol Evol 17:368–376
Felsenstein J (1985) Confidence limits of phylogenesis. Evol Int J org Evol 39:783–791
Fitch WM (1971) Toward defining the course of evolution: minimum change for a specific tree topology. Syst Zool 20:406–416
Hungate RE (1969) A roll tube method for the cultivation of strict anaerobes. Method Microbiol 3B:117–132
Jørgensen BB (1982) Mineralization of organic matter in the seabed: the role of sulphate reduction. Nature 296:643–645
Kuever J, Rainey FA, Widdel F (2005) Class IV Deltaproteobacteria class nov. In: Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM (eds.) Bergey’s manual of systematic bacteriology, vol. 2, 2nd edn. Springer, New York, pp 922–1144
Kumar S, Stecher G, Tamura K (2016) MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol Biol Evol 33:1870–1874
Lien T, Madsen M, Steen IH, Gjerdevik K (1998) Desulfobulbus rhabdoformis sp. nov., a sulfate reducer from a water-oil separation system. Int J Syst Bact 48:469–474
Louati A, Elleuch B, Kallel M, Saliot A, Dagaut J (2001) Hydrocarbon contamination of coastal sediments from the Sfax area (Tunisia), Mediterranean Sea. Mar Pollut Bull 42:445–452
Mesbah M, Premachandran U, Whitman W (1989) Precise measurement of the G+C content of deoxyribonucleic acid by high performance liquid chromatography. Int J Syst Bact 39:159–167
Saitou N, Nei M (1987) The neighbour-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol Biol Evol 4:405–425
Samain E, Dubourguier HC, Albagnac G (1984) Isolation and characterization of Desulfobulbus elongatus sp. nov. from a mesophilic industrial digester. Syst Appl Microbiol 5:391–401
Sass A, Rutters H, Cypionka H, Sass H (2002) Desulfobulbus mediterraneus sp. nov., a sulfate-reducing bacterium growing on mono- and disaccharides. Arch Microbiol 177:468–474
Sorokin DY, Tourova TP, Panteleeva AN, Muyzer G (2012) Desulfonatronobacter acidivorans gen. nov., sp. nov. and Desulfobulbus alkaliphilus sp. nov., haloalkaliphilic heterotrophic sulfate-reducing bacteria from soda lakes. Int J Syst Evol Microbiol 62:2107–2113
Soussi N, Ennet P, Koponen J, Sarkkula J, Ben Mustapha S (1995) Impact of the phosphogypsum waste in the Gulf of Gabes (Tunisia). In: Proceedings of the second international conference on the mediterranean coastal environment, Tarragona, Spain, pp 24–27
Suzuki D, Ueki A, Amaishi A, Ueki K (2007) Diversity of substrate utilization and growth characteristics of sulfate-reducing bacteria isolated from estuarine sediment in Japan. J Gen Appl Microbiol 53:119–132
Weisburg W, Barns S, Pelletier D, Lane D (1991) 16 S ribosomal DNA amplification for phylogenetic study. J Bact 173:697–703
Widdel F, Pfennig N (1981) Studies on dissimilatory sulfate-reducing bacteria that decompose fatty acids. I. Isolation of new sulfate-reducing bacteria enriched with acetate from saline environments. Description of Desulfobacter postgatei gen. nov., sp. nov. Arch Microbiol 129:395–400
Widdel F, Pfennig N (1982) Studies on dissimilatory sulfate reducing bacteria that decompose fatty acids. II. Incomplete oxidation of propionate by Desulfobulbus propionicus gen. nov., sp. nov. Arch Microbiol 131:360–365
Zaghden H, Kallel M, Louati A, Elleuch B, Oudot J (2005) Hydrocarbons in surface sediments from the Sfax coastal zone (Tunisia), Mediterranean Sea. Mar Pollut Bull 50:1287–1294