Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Xây dựng bản đồ liên kết di truyền và xác định vị trí gen ảnh hưởng đến các đặc điểm xương ở cá bơn Nhật Bản
Tóm tắt
Một bản đồ liên kết di truyền của cá bơn Nhật Bản đã được xây dựng bằng cách sử dụng 165 dòng haploid kép (DHs) được thu nhận từ một con cái duy nhất. Tổng cộng có 574 vi phân genom (microsatellite) (SSRs loại II) và các dấu hiệu được lấy từ chuỗi biểu hiện (EST) (EST-SSRs) đã được lập bản đồ vào 24 nhóm liên kết. Độ dài của bản đồ liên kết được ước tính là 1270,9 centiMorgan (cM), với khoảng cách trung bình giữa các dấu hiệu là 2,2 cM. Các EST-SSRs đã được sử dụng cùng với các dấu hiệu SSR loại II để xây dựng bản đồ liên kết di truyền của cá bơn Nhật Bản, điều này sẽ tạo điều kiện thuận lợi cho việc xác định vị trí gen ảnh hưởng đến các đặc điểm kinh tế quan trọng ở cá bơn Nhật Bản. Tổng cộng, mười hai đặc điểm xương đã được đo cho tất cả các dòng DHs ở độ tuổi 2 năm. Bốn mươi một vị trí gen ảnh hưởng (QTLs) đã được phát hiện trên 14 nhóm liên kết và chiếm một tỷ lệ nhỏ trong sự biến thiên biểu hiện (4,5 đến 17,3%). Hầu hết các QTLs được phát hiện phân bố trên các nhóm liên kết 5 (9 QTLs), 8 (9 QTLs), 9 (5 QTLs) và 20 (4 QTLs), trong đó, một số QTLs thể hiện tính đa hình (pleiotropy).
Từ khóa
#bản đồ liên kết di truyền #cá bơn Nhật Bản #QTL #đặc điểm xương #haploid kép #vi phân genom #SSRs loại IITài liệu tham khảo
Benson G. 1999. Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequence. Nucleic Acids Res. 27(2): 573–580. DOI: 10.1093/nar/27.2.573
Blin N. & Stafford D. 1976. A general method for isolation of high molecular weight DNA from eukaryotes. Nucleic Acids Res. 3(9): 2303–2308. PMID: 987581
Burr B., Burr F.A., Thompson K.H., Albertson M.C. & Stuber, C.W. 1988. Gene mapping with recombinant inbreds in maize. Genetics 118: 519–526.
Castaño-Sánchez C., Fuji K., Konayashi K., Hasegawa O., Ohara E., Ozaki A., Coimbra M.R.M., Sakamoto T. & Okamoto N. 2008. Japanese flounder (Chapter 6), pp. 135–148. In: Kocher T.D. & Kole C. (eds), Genome Mapping and Genomics in Fishes and Aquatic Animals, CK: Springer-Verlag, Berlin Heidelberg, 180 pp. ISBN: 978-3-540-73836-7
Castaño-Sánchez C., Fuji K., Ozaki A., Hasegawa O., Sakamoto T., Morishima K., Nakayama I., Fujiwara A., Masaoka T., Okamoto H., Hayashida K., Tagami M., Kawai J., Hayashizaki Y. & Okamoto N. 2010. A second generation genetic linkage map of Japanese flounder (Paralichthys olivaceus). BMC Genomics 11: 554. DOI: 10.1186/1471-2164-11-554
Cheverud J.M., Vaughn T.T., Pletscher L.S., Peripato A.C., Adams E.S., Erikson C.F. & King-Ellison K.J. 2001. Genetic architecture of adiposity in the cross of LG/J and SM/J inbred mice. Mammalian Genome 12(1): 3–12. DOI: 10.1007/s003350010218
Coimbra M.R., Kobayashi K., Koretsugu S., Hasegawa O., Ohara E., Ozaki A., Sakamoto T., Naruse K. & Okamoto N. 2003. A genetic linkage map of the Japanese flounder, Paralichthys olivaceus. Aquaculture 220(1-4): 203–218. DOI: 10.1016/S0044-8486 (02)00353-8
David R.C., Kevin C. & Karl G.L. 2005. Genetics of canid skeletal variation: Size and shape of the pelvis. Genome Res. 15(12): 1825–1830. DOI: 10.1101/gr.3800005
Doganlar S., Frary A., Daunay M.C., Lester R.N. & Tanksley S.D. 2002. A comparative genetic linkage map of eggplant (Solanum melongena) and its implications for genome evolution in the Solanaceae. Genetics 161(4): 1697–1711. PMID: 12196412
Dreisigacker S., Zhang P., Warburton M.L., van Ginkel M., Hoisington D., Bohn M. & Melchinger A.E. 2004. SSR and pedigree analyses of genetic diversity among CIMMYT wheat lines targeted to different megaenvironments. Crop Sci. 44(2): 381–388.
Fuji K., Kobayashi K., Hasegawa O., Coimbra M.R.M., Sakamoto T. & Okamoto N. 2006. Identification of a single major genetic locus controlling the resistance to lymphocystis disease in Japanese flounder (Paralichthys olivaceus). Aquaculture 254(1-4): 203–210. DOI: 10.1016/j.aquaculture.2005.11.024
Jansen R.C. 1994. Controlling the type I and type II errors in mapping quantitative trait loci. Genetics 138(3): 871–881. PMID: 7851782
Jansen R.C. & Stam P. 1994. High resolution of quantitative traits into multiple loci via interval mapping. Genetics 136(4): 1447–1455. PMID: 8013917
Kang J.H., Kim W.J. & Lee W.J. 2008. Genetic linkage map of olive flounder, Paralichthys olivaceus. Int. J. Biol. Sci. 4(3): 143–149. PMID: 18497873
Kenney-Hunt J., Wang B., Norgard E., Fawcett G., Falk D., Pletscher L., Jarvis J., Roseman C., Wolf J. & Cheverud J. 2008. Pleiotropic patterns of quantitative trait loci for 70 murine skeletal traits. Genetics 178(4): 2275–2288. DOI: 10.1534/genetics.107.084434
Kocher T.D., Lee W.J., Soboleswka H., Penman D. & McAndrew B. 1998. A genetic linkage map of a cichlid fish, the tilapia (Oreochromis niloticus). Genetics 148(3): 1225–1232. PMID: 9539437
Liao X.L., Ma H.Y., Xu G.B., Shao C.W., Tian Y.S., Ji X.S., Yang J.F. & Chen S.L. 2009. Construction of a genetic linkage map and mapping of a female-specific DNA marker in half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis). Mar. Biotechnol. 11(6): 699–709. DOI: 10.1007/s10126-009-9184-3
Liao X.L., Shao C.W., Tian Y.S. & Chen S.L. 2007. Polymorphic dinucleotide microsatellites in half-smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis). Mol. Ecol. Notes 7(6): 1147–1149. DOI: 10.1111/j.1471-8286.2007.01812.x
Liu Z.J. & Dunham R.A. 1998. Genetic linkage and QTL mapping of ictalurid catfish. Circular 321. Alabama Agricultural Experiment Station, AuburnUniversity, Auburn, Alabama, 19 pp.
Mutshinda C.M. & Sillanpää M.J. 2010. Extended Bayesian LASSO for multiple quantitative trait loci mapping and unobserved phenotype prediction. Genetics 186(3): 1067–1075. DOI: 10.1534/genetics.110.119586
Nichols K.M., Young W.P., Danzmann R.G., Robison B.D., Rexroad C., Noakes M., Phillips R.B., Bentzen P., Spies I., Knudsen K., Allendorf F.W., Cunningham B.M., Brunelli J., Zhang H., Ristow S., Drew R., Brown K.H., Wheeler P.A. & Thorgaard G.H. 2003. A consolidated genetic linkage map for rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Anim. Genet. 34(2): 102–115. DOI: 10.1046/j.1365-2052.2003.00957.x
Quarrie S.A., Steed A., Calestani C., Semikhodskii A., Lebreton C., Chinoy C., Steele N., Pljevljakusic D., Waterman E., Weyen J., Schondelmaier J., Habash D.Z., Farmer P., Saker L., Clarkson D.T., Abugalieva A., Yessimbekova M., Turuspekov Y., Abugalieva S., Tuberosa R., Sanguineti M.C., Hollington P.A., Aragues R., Royo A. & Dodig D. 2005. A high-density genetic map of hexaploid wheat (Triticum aestivum L.) from the cross Chinese Spring × SQ1 and its use to compare QTLs for grain yield across a range of environments. Theor. Appl. Genet. 110(5): 865–880. DOI: 10.1007/s00122-004-1902-7
Rozen S. & Skaletsky H. 2000. Primer3 on the www for general users and for biologist programmers, pp. 365–386. In: Krawetz S., Misener S. & Totowa N.J., Bioinformatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology Vol. 132, Humana Press, Totowa, New Jersey, 500 pp. ISBN: 0-89603-732-0, 978-0-89603-732-8
Rudd S. 2003. Expressed sequence tags: alternative or complement to whole genome sequences?. Trends Plant Sci. 8(7): 321–329. DOI: 10.1016/S1360-1385(03)00131-6
Semagn K., Bjørnstad Å. & Ndjiondjop M.N. 2006. Principles, requirements and prospects of genetic mapping in plants. Afr. J. Biotechnol. 5(25): 2569–2587.
Song W., Pang R., Niu Y., Gao F., Zhao Y., Zhang J., Sun J., Shao C., Liao X., Wang L., Tian Y. & Chen S. 2012. Construction of high-density genetic linkage maps and mapping of growth-related quantitative trail loci in the Japanese flounder (Paralichthys olivaceus). PLoS One 7(11): e50404. DOI: 10.1371/journal.pone.0050404
Sun X. & Liang L. 2004. A genetic linkage map of common carp (Cyprinus carpio L.) and mapping of a locus associated with cold tolerance. Aquaculture 238(1–4): 165–172. DOI: 10.1016/S0044-8486(03)00445-9
Van Ooijen J. W. 2006. JoinMap® 4, Software for the calculation of genetic linkage maps in experimental populations. Kyazma B.V., Wageningen, Netherlands, 59 pp. http://dendrome.ucdavis.edu/resources/tooldocs/joinmap/JM4manual.pdf (accessed15.09.2012)
Van Ooijen J.W., Boer M.P., Jansen R.C. & Maliepaard C. 2002. MapQTL on genetic maps. Plant Research International, Wageningen, the Netherlands.
Varshney R.K., Graner A. & Sorrells M.E. 2005. Genic microsatellite markers in plants: features and applications. Trends Biotechnol. 23(1): 48–55. DOI: 10.1016/j.tibtech.2004.11.005
Voorrips R.E. 2002. MapChart: Software for the Graphical Presentation of Linkage Maps and QTLs. J. Hered. 93(1): 77–78. DOI: 10.1093/jhered/93.1.77
Yamamoto E. 1999. Studies on sex-manipulation and production of cloned populations in hirame, Paralichthys olivaceus (Temminck et Schlegel). Aquaculture 173(1-4): 235–246. DOI: 10.1016/S0044-8486 (98)00448-7
Young W.P., Wheeler P.A., Coryell V.H., Keim P. & Thorgaard G.H. 1998. A detailed linkage map of rainbow trout produced using doubled haploids. Genetics 148(2): 839–850. PMID: 9504929