Connecting Energy Landscapes with Experimental Rates for Aminoacyl-tRNA Accommodation in the Ribosome

Journal of the American Chemical Society - Tập 132 Số 38 - Trang 13170-13171 - 2010
Paul C. Whitford1, José N. Onuchic1, Karissa Y. Sanbonmatsu1
1Theoretical Biology and Biophysics, Theoretical Division, Los Alamos National Laboratory, MS K710, Los Alamos, New Mexico 87545, and Center for Theoretical Biological Physics and Department of Physics, University of California, San Diego, 9500 Gilman Drive, La Jolla, California 92093

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Từ khóa


Tài liệu tham khảo

Rodnina M. V., 2001, Annu. Rev. Biochem., 70, 415, 10.1146/annurev.biochem.70.1.415

Hopfield J. J., 1974, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 71, 4135, 10.1073/pnas.71.10.4135

Gromadski K. B., 2004, Mol. Cell, 13, 191, 10.1016/S1097-2765(04)00005-X

Johansson M., 2008, Mol. Cell, 30, 589, 10.1016/j.molcel.2008.04.010

Sanbonmatsu K. Y., 2005, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 102, 15854, 10.1073/pnas.0503456102

Whitford P. C., 2010, RNA, 16, 1196, 10.1261/rna.2035410

Schuler B., 2002, Nature, 419, 743, 10.1038/nature01060

Garcia A. E., 2008, J. Am. Chem. Soc., 130, 815, 10.1021/ja074191i

Vaiana A., 2009, J. Mol. Biol., 386, 648, 10.1016/j.jmb.2008.12.035

McDowell S. E., 2007, Biopolymers, 85, 169, 10.1002/bip.20620

Hansson T., 2002, Curr. Opin. Struct. Biol., 12, 190, 10.1016/S0959-440X(02)00308-1

Besseová I., 2010, Nucleic Acids Res.

Romanowska J., 2008, J. Phys. Chem. B, 112, 15227, 10.1021/jp806814s

Trabuco L. G., 2010, Structure, 18, 627, 10.1016/j.str.2010.02.011

Petrone P. M., 2008, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 105, 16549, 10.1073/pnas.0801795105

Tama F., 2003, Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 100, 9319, 10.1073/pnas.1632476100

Bryngelson J. D., 1989, J. Phys. Chem., 93, 6902, 10.1021/j100356a007

Zwanzig R., 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 85, 2029, 10.1073/pnas.85.7.2029

Marshall R. A., 2008, Annu. Rev. Biochem., 77, 177, 10.1146/annurev.biochem.77.070606.101431

Geggier P., 2010, J. Mol. Biol., 399, 576, 10.1016/j.jmb.2010.04.038

Chahine J., 2007, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 104, 14646, 10.1073/pnas.0606506104

Socci N. D., 1996, J. Chem. Phys., 104, 5860, 10.1063/1.471317

Yeh I.-C., 2004, Biophys. J., 86, 681, 10.1016/S0006-3495(04)74147-8

Zhang G., 2010, Nucleic Acids Res., 384778

Kubelka J., 2004, Curr. Opin. Struct. Biol., 14, 76, 10.1016/j.sbi.2004.01.013

Tang J., 2009, J. Mol. Biol., 389, 90, 10.1016/j.jmb.2009.03.074

Thirumalai D., 2005, Biochemistry, 13, 4957, 10.1021/bi047314+