Phát hiện toàn diện các quần thể vi khuẩn thông qua khuếch đại PCR vùng spacer 16S–23S rRNA

Khuếch đại PCR vùng spacer giữa các gen rRNA 16S và 23S thường được sử dụng để phân tích các cộng đồng vi khuẩn. Trong phân tích này, các vùng spacer liên gen được khuếch đại bằng PCR sử dụng các mồi bổ sung cho các khu vực bảo tồn trong 3′ rDNA 16S và 5′ rDNA 23S. Bằng phương pháp này, việc quan sát mỗi quần thể vi khuẩn có thể bị giới hạn bởi một số nguyên nhân. Để khám phá mức độ các quần thể vi khuẩn bị bỏ qua bởi phương pháp này, chúng tôi đã sử dụng cách tiếp cận thực nghiệm. Trong một mẫu chứa khoảng 50 thuộc địa, chúng tôi đã kiểm tra khả năng khuếch đại bằng PCR các vùng spacer từ mỗi thuộc địa. Chúng tôi cũng xem xét khả năng quan sát các vùng spacer từ mỗi thuộc địa trong sản phẩm thu được sau khi khuếch đại DNA được chiết xuất từ toàn bộ mẫu, như thường được thực hiện bởi phương pháp này. Ngược lại với mong đợi của chúng tôi rằng một phần đáng kể các thuộc địa sẽ không tạo ra sản phẩm khuếch đại, các vùng spacer đã được khuếch đại thành công từ mỗi thuộc địa của hai mẫu khác nhau được kiểm tra. Nhìn chung, kết quả của chúng tôi cho thấy rằng mặc dù có những giới hạn lý thuyết tốt, việc phân tích các cộng đồng vi khuẩn thông qua khuếch đại các vùng spacer có thể cung cấp một đại diện toàn diện về các phân nhóm vi khuẩn phong phú hơn trong mẫu.