So sánh nước bọt với mẫu thu thập bởi nhân viên y tế và bệnh nhân trong chẩn đoán COVID-19 trên một nhóm lớn

BMC Infectious Diseases - 2021
Sasikala Mitnala1, Yelamanchili Sadhana2, Vijayasarathy Ketavarapu1, Anand Gupta3, Sarala Kumari Daram3, Naveen Chander Reddy Podduturi3, Duvvur Nageshwar Reddy4
1Department of Molecular Biology, Institute of Translational Research, Asian Healthcare Foundation, AIG Hospitals, Survey No 136, Plot No 2/3/4/5, 1, Mindspace Road, Gachibowli, Hyderabad, Telangana, 500032, India
2Department of Microbiology, AIG Hospitals, Survey No 136, Plot No 2/3/4/5, 1, Mindspace Road, Gachibowli, Hyderabad, Telangana, 500032, India
3Department of Critical Care Medicine, AIG Hospitals, Survey No 136, Plot No 2/3/4/5, 1, Mindspace Road, Gachibowli, Hyderabad, Telangana, 500032, India
4Department of Medical Gastroenterology, AIG Hospitals, Survey No 136, Plot No 2/3/4/5, 1, Mindspace Road, Gachibowli, Hyderabad, Telangana, 500032, India

Tóm tắt

Tóm tắt Đặt vấn đề Một lượng lớn bằng chứng cho thấy tiềm năng của nước bọt trong chẩn đoán COVID-19. Mục tiêu của chúng tôi là xác định độ nhạy của nước bọt so với các mẫu được thu thập bởi nhân viên y tế (HCWs) và bệnh nhân tự thực hiện để đánh giá xem việc phát hiện nước bọt có thể được cung cấp như một phương pháp phát hiện SARS-CoV-2 tiết kiệm chi phí và không có rủi ro hay không. Phương pháp Nghiên cứu này được thực hiện tại một bệnh viện với sự tham gia của bệnh nhân ngoại trú và bệnh nhân nội trú. Tổng cộng có 3018 bệnh nhân ngoại trú đã được xét nghiệm. Trong số đó, 200 bệnh nhân dương tính với SARS-CoV-2 được xác nhận bằng qRT-PCR đã được tuyển chọn cho nghiên cứu tiếp theo. Ngoài ra, 101 bệnh nhân nội trú dương tính với SARS-CoV-2 có triệu chứng cũng đã được tham gia vào nghiên cứu. Từ bệnh nhân ngoại trú, HCWs đã thu thập mẫu dịch tỵ hầu (NPS), nước bọt được thu thập. Từ bệnh nhân nội trú, HCWs đã thu thập mẫu, mẫu thu thập bởi bệnh nhân, và nước bọt cũng được thu thập. qRT-PCR đã được thực hiện để phát hiện SARS-CoV-2 bằng phương pháp TAQPATH để xác định độ nhạy của việc phát hiện nước bọt. Độ nhạy, độ chính xác và giá trị tiên đoán dương tính/tiêu cực (PPV, NPV) của việc phát hiện SARS-CoV-2 được tính bằng phần mềm MedCalc. Kết quả Trong số 3018 bệnh nhân ngoại trú (không có triệu chứng: 2683, có triệu chứng: 335) được xét nghiệm bằng qRT-PCR, 200 người dương tính (nam: 140, nữ: 60; tuổi trung bình 37.9 ± 12.8 năm; (81 không có triệu chứng, 119 có triệu chứng). Trong số đó, nước bọt dương tính ở 128 (64%); 39 trong số 81 bệnh nhân không có triệu chứng (47%), 89 trong số 119 bệnh nhân có triệu chứng (74.8%). Độ nhạy của việc phát hiện là 60.9% (55.4–66.3%, CI 95%), với giá trị tiên đoán tiêu cực là 36% (32.9–39.2%, CI 95%). Trong số 101 bệnh nhân nội trú (nam: 65, nữ: 36; tuổi 53.48 ± 15.6 năm), với NPS được thu thập bởi HCW làm chuẩn, độ nhạy của nước bọt là 56.1% (47.5–64.5, CI 95%), độ chính xác 63.5% (50.4–75.3, CI95%) với PPV là 77.2% và NPV là 39.6%, trong khi đó của mẫu tự thu thập là 52.3% (44–60.5%, CI95%), độ chính xác 56.6% (42.3–70.2%, CI95%) với PPV 77.2% và NPV 29.7%. Việc so sánh sự dương tính với sự khởi phát triệu chứng cho thấy phát hiện cao nhất ở nước bọt vào ngày thứ 3 sau khi có triệu chứng. Thêm vào đó, chỉ nước bọt dương tính trong số 13 (12.8%) bệnh nhân nội trú. Kết luận Nước bọt, dễ thu thập hơn so với mẫu dịch tỵ hầu, là một phương thức thay thế khả thi để phát hiện SARS-COV-2 ở những bệnh nhân có triệu chứng trong giai đoạn đầu của sự khởi phát triệu chứng. Mặc dù nước bọt hiện tại không được khuyến nghị cho việc sàng lọc bệnh nhân không có triệu chứng, nhưng việc tối ưu hóa quy trình thu thập và thời gian lấy mẫu đồng nhất có thể cải thiện độ nhạy, cho phép việc sử dụng nó như một công cụ sàng lọc ở cấp độ cộng đồng.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

Wyllie AL, Fournier J, Casanovas-Massana A, Campbell M, Tokuyama M, Vijayakumar P, et al. Saliva or nasopharyngeal swab specimens for detection of SARS-CoV-2. N Engl J Med. 2020;383(13):1283–6. https://doi.org/10.1056/NEJMc2016359.

Pasomsub E, Watcharananan SP, Boonyawat K, Janchompoo P, Wongtabtim G, Suksuwan W, et al. Saliva sample as a non-invasive specimen for the diagnosis of coronavirus disease 2019: a cross-sectional study. Clin Microbiol Infect. 2020;27:285–e1.

Azzi L, Carcano G, Gianfagna F, Grossi P, Gasperina DD, Genoni A, et al. Saliva is a reliable tool to detect SARS-CoV-2. J Infect. 2020;81(1):e45–50. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2020.04.005.

To KK, Tsang OT, Leung WS, Tam AR, Wu TC, Lung DC, et al. Temporal profiles of viral load in posterior oropharyngeal saliva samples and serum antibody responses during infection by SARS-CoV-2: an observational cohort study. Lancet Infect Dis. 2020;20(5):565–74. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(20)30196-1.

Kojima N, Turner F, Slepnev V, Bacelar A, Deming L, Kodeboyina S, Klausner JD: Self-collectedoral fluid and nasal swab specimens demonstrate comparable sensitivity to clinician-collected nasopharyngeal swab specimens for the detection of SARS-CoV-2. clinical infectious diseases : an official publication of the Infectious Diseases Society of America 2020. https://doi.org/10.1093/cid/ciaa1589.

Takeuchi Y, Furuchi M, Kamimoto A, Honda K, Matsumura H, Kobayashi R. Saliva-based PCR tests for SARS-CoV-2 detection. J Oral Sci. 2020;62(3):350–1. https://doi.org/10.2334/josnusd.20-0267.

Byrne RL, Kay GA, Kontogianni K, Aljayyoussi G, Brown L, Collins AM, et al. Saliva alternative to upper respiratory swabs for SARS-CoV-2 diagnosis. Emerg Infect Dis. 2020;26(11):2770–1. https://doi.org/10.3201/eid2611.203283.

To KK, Tsang OT, Yip CC, Chan KH, Wu TC, Chan JM, et al. Consistent detection of 2019 novel coronavirus in saliva. Clin Infect Dis. 2020;71(15):841–3. https://doi.org/10.1093/cid/ciaa149.

Tu YP, Jennings R, Hart B, Cangelosi GA, Wood RC, Wehber K, et al. Swabs collected by patients or health care workers for SARS-CoV-2 testing. N Engl J Med. 2020;383(5):494–6. https://doi.org/10.1056/NEJMc2016321.

Nagura-Ikeda M, Imai K, Tabata S, Miyoshi K, Murahara N, Mizuno T, et al. Clinical evaluation of self-collected saliva by quantitative Reverse Transcription-PCR (RT-qPCR), direct RT-qPCR, Reverse Transcription-Loop-Mediated Isothermal amplification, and a rapid Antigen Test to Diagnose COVID-19. J Clin Microbiol. 2020;58(9):e01438–20.

Harikrishnan P. Saliva as a potential diagnostic specimen for COVID-19 testing. J Craniofac Surg. 2020;31(6):e653–5. https://doi.org/10.1097/SCS.0000000000006724.

Czumbel LM, Kiss S, Farkas N, Mandel I, Hegyi A, Nagy A, et al. Saliva as a candidate for COVID-19 diagnostic testing: a meta-analysis. Front Med. 2020;7:465. https://doi.org/10.3389/fmed.2020.00465.

Hung KF, Sun YC, Chen BH, Lo JF, Cheng CM, Chen CY, et al. New COVID-19 saliva-based test: how good is it compared with the current nasopharyngeal or throat swab test? J Chin Med Assoc. 2020;83(10):891–4. https://doi.org/10.1097/JCMA.0000000000000396.

Hamid H, Khurshid Z, Adanir N, Zafar MS, Zohaib S: COVID-19 Pandemic and Role of Human Saliva as a Testing Biofluid in Point-of-Care Technology. European journal of dentistry 2020;14(S 01):S123-S129.

Chen JH, Yip CC, Poon RW, Chan KH, Cheng VC, Hung IF, et al. Evaluating the use of posterior oropharyngeal saliva in a point-of-care assay for the detection of SARS-CoV-2. Emerg Microbes Infect. 2020;9(1):1356–9. https://doi.org/10.1080/22221751.2020.1775133.

Landry ML, Criscuolo J, Peaper DR. Challenges in use of saliva for detection of SARS CoV-2 RNA in symptomatic outpatients. J Clin Virol. 2020;130:104567. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104567.

Torretta S, Zuccotti G, Cristofaro V, Ettori J, Solimeno L, Battilocchi L, et al. Diagnosis of SARS-CoV-2 by RT-PCR using different sample sources: review of the literature. Ear Nose Throat J. 2020;145561320953231.

Valentine-Graves M, Hall E, Guest JL, Adam E, Valencia R, Shinn K, et al. At-home self-collection of saliva, oropharyngeal swabs and dried blood spots for SARS-CoV-2 diagnosis and serology: post-collection acceptability of specimen collection process and patient confidence in specimens. PLoS One. 2020;15(8):e0236775. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0236775.

ThermoFisher Scientific https://www.thermofisher.com/in/en/home/clinical/ clinical-genomics/pathogen-detection-solutions/covid-19-sars-cov-2/multiplex.html accessed on 09/11/2020.

Jamal AJ, Mozafarihashjin M, Coomes E, Powis J, Li AX, Paterson A, Anceva-Sami S, Barati S, Crowl G, Faheem A et al: Sensitivity of nasopharyngeal swabs and saliva for the detection of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2. Clinical infectious diseases : an official publication of the Infectious Diseases Society of America 2021; 72(6):1064-1066.

McCormick-Baw C, Morgan K, Gaffney D, Cazares Y, Jaworski K, Byrd A, et al. Saliva as an alternate specimen source for detection of SARS-CoV-2 in symptomatic patients using Cepheid Xpert Xpress SARS-CoV-2. J Clin Microbiol. 2020;58(8):e01109–20.

Becker D, Sandoval E, Amin A, De Hoff P, Diets A, Leonetti N, Lim YW, Elliott C, Laurent L, Grzymski J et al: Saliva is less sensitive than nasopharyngeal swabs for COVID-19 detection in the community setting. medRxiv 2020:2020.2005.2011.20092338.

Wyllie AL, Fournier J, Casanovas-Massana A, Campbell M, Tokuyama M, Vijayakumar P, et al. medRxiv. 2020; 2020041620067835 2020.

Wang W, Xu Y, Gao R, Lu R, Han K, Wu G, et al. Detection of SARS-CoV-2 in different types of clinical specimens. JAMA. 2020;323(18):1843–4. https://doi.org/10.1001/jama.2020.3786.

Thông tin
Thông tin xuất bản

BMC Infectious Diseases

Thông tin tác giả