Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Collinsella acetigenes sp. nov., một loài Actinobacterium kỵ khí được phân lập từ phân người, và mô tả sửa đổi về chi Collinsella và Collinsella aerofaciens
Tóm tắt
Một chủng actinobacteria mới, Gram dương, kỵ khí, không di động và có hình que, được chỉ định là KGMB02528T, đã được phân lập từ phân của người khỏe mạnh. Các tế bào của chủng KGMB02528T phát triển tối ưu ở pH 7.0 và 37 °C trong điều kiện có 0% (w/v) NaCl. Dựa trên độ tương đồng trình tự gen 16S rRNA, chủng KGMB04489T thuộc về chi Collinsella và có liên quan gần nhất với Collinsella aerofaciens DSM 17552T (95.8%). Hàm lượng DNA G+C là 58.0 mol%. Các axit béo tế bào chính (> 10%) bao gồm C16:0 DMA, C16:0 ALDE, C14:0 DMA và C12:0. Sản phẩm cuối chính của quá trình lên men là axit axetic. Thành tế bào peptidoglycan của chủng KGMB02528T chứa alanine, axit glutamic và lysine, trong khi axit diaminopimelic không được phát hiện. Lipid phân cực được cấu thành từ hai phospholipid chưa xác định và chín glycolipid chưa xác định. Dựa trên các đặc tính thuộc về hình thái, hóa taxon và phát sinh chủng loài, chủng KGMB02528T đại diện cho một loài mới của chi Collinsella, cho nên tên Collinsella acetigenes sp. nov. được đề xuất. Chủng loại là Collinsella acetigenes KGMB02528T (= KCTC 15847T = CCUG 73987T). Mô tả về chi Collinsella đã được sửa đổi để bao gồm loài mới. Số đăng ký GenBank/EMBL/DDBJ cho trình tự gen 16S rRNA của Collinsella acetigenes KGMB02528T là MT117838. Số dự án BioProject của toàn bộ hệ gen là PRJNA623694 với số đăng ký JABBCP000000000.
Từ khóa
#Actinobacteria #kỵ khí #Collinsella #phân người #axit axetic #peptidoglycan #hóa taxon #phát sinh chủng loàiTài liệu tham khảo
Stackebrandt E, Rainey FA, Ward-Rainey NL (1997) Proposal for a new hierarchic classification system, actinobacteria classis nov. Int J Syst Bacteriol 47:479–491
Kageyama A, Benno Y, Nakase T (1999) Phylogenetic and phenotypic evidence for the transfer of Eubacterium aerofaciens to the genus Collinsella as Collinsella aerofaciens gen. nov., comb. nov. Int J Syst Bacteriol 49:557–565
Euzéby JP (2018) LPSN—List of prokaryotic names with standing in nomenclature (bacterio.net), 20 years on. Int J Syst Bacteriol 68:1825–1829
Kageyama A, Benno Y (2000) Emendation of genus Collinsella and proposal of Collinsella stercoris sp. nov. and Collinsella intestinalis sp. nov. Int J Syst Evol Microbiol 50:1767–1774
Padmanabhan R, Dubourg G, Lagier JC, Nguyen TT, Couderc C, Rossi-Tamisier M, Caputo A, Raoult D, Fournier PE (2014) Non-contiguous finished genome sequence and description of Collinsella massiliensis sp. nov. Stand Genomic Sci 9:1144–1158
Diop A, Diop K, Tomei E, Armstrong N, Bretelle F, Raoult D, Fenollar F, Fournier PE (2019) Collinsella vaginalis sp. nov. strain Marseille-P2666T, a new member of the Collinsella genus isolated from the genital tract of a patient suffering from bacterial vaginosis. Int J Syst Evol Microbiol 69:949–956
Yoon SH, Ha SM, Kwon S, Lim J, Kim Y, Seo H, Chun J (2017) Introducing EzBioCloud: a taxonomically united database of 16S rRNA gene sequences and whole-genome assemblies. Int J Syst Evol Microbiol 67:1613–1617
Hall TA (1999) BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucl Acids Symp Ser 41:95–98
Kumar S, Stecher G, Tamura K (2016) MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol Biol Evol 33:1870–1874
Saitou N, Nei M (1987) The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol Biol Evol 4:406–425
Fitch WM (1971) Toward defining the course of evolution: minimum change for a specific tree topology. Syst Zool 20:406–416
Felsenstein J (1981) Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach. J Mol Evol 17:368–376
Kimura M (1980) A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. J Mol Evol 16:111–120
Felsenstein J (1985) Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap. Evolution 39:783–791
Bankevich A, Nurk S, Antipov D, Gurevich AA, Dvorkin M, Kulikov AS, Lesin VM, Nikolenko SI, Pham S, Prjibelski AD, Pyshkin AV, Sirotkin AV, Vyahhi N, Tesler G, Alekseyev MA, Pevzner PA (2012) SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J Comput Biol 19:455–477
Lee I, Chalita M, Ha SM, Na SI, Yoon SH, Chun J (2017) ContEst16S: an algorithm that identifies contaminated prokaryotic genomes using 16S RNA gene sequences. Int J Syst Evol Microbiol 67:2053–2057
Parks DH, Imelfort M, Skennerton CT, Hugenholtz P, Tyson GW (2015) CheckM: assessing the quality of microbial genomes recovered from isolates, single cells, and metagenomes. Genome Res 25:1043–1055
Yoon SH, Ha SM, Lim J, Kwon S, Chun J (2017) A large-scale evaluation of algorithms to calculate average nucleotide identity. Antonie Van Leeuwenhoek 110:1281–1286
Meier-Kolthoff JP, Auch AF, Klenk HP, Göker M (2013) Genome sequence-based species delimitation with confidence intervals and improved distance functions. BMC Bioinform 14:60
Sasser M (1990) Identification of bacteria by gas chromatography of cellular fatty acids, MIDI technical note 101. MIDI Inc, Newark
Komagata K, Suzuki K-I (1987) Lipid and cell-wall analysis on bacterial systematics. In: Colwell RR, Grigorova R (eds) Methods in microbiology, vol 19. Academic Press, London, pp 177–182
Staneck JL, Roberts GD (1974) Simplified approach to identification of aerobic actinomycetes by thin-layer chromatography. Appl Microbiol 28:226–231
Schleifer KH, Kandler O (1972) Peptidoglycan types of bacterial cell walls and their taxonomic implications. Bacteriol Rev 36:407–477
Zhang X, Rimpiläinen M, Simelyte E, Toivanen P (2000) What determines arthritogenicity of bacterial cell wall? A study on Eubacterium cell wall-induced arthritis. Rheumatology 39:274–282
Goris J, Konstantinidis KT, Klappenbach JA, Coenye T, Vandamme P, Tiedje JM (2007) DNA-DNA hybridization values and their relationship to whole-genome sequence similarities. Int J Syst Evol Microbiol 57:81–91
Richter M, Rosselló-Móra R (2009) Shifting the genomic gold standard for the prokaryotic species definition. Proc Natl Acad Sci USA 106:19126–19131
Nagai F, Watanabe Y, Morotomi M (2010) Slackia piriformis sp. nov. and Collinsella tanakaei sp. nov., new members of the family Coriobacteriaceae, isolated from human faeces. Int J Syst Evol Microbiol 60:2639–2646