Chiral selection in supercoiling and wrapping of DNA

C. Bustamante, J. F. Marko, E. D. Siggia, and S. Smith, Science (Washington, D. C.) 265, 1599 (1994).

C. G. Baumann, V. A. Bloomfield, S. B. Smith, C. Bustamante, M. D. Wang, and S. M. Block, Biophys. J. 78, 1965 (2000).

F. B. Fuller, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 68, 815 (1971).

M. Bohn and D. W. Heermann, J. Chem. Phys. 132, 044904 (2010).

M. Peyrard, Nonlinearity 17, R1 (2004).

L. V. Yakushevich, Nonlinear Physics of DNA (Wiley, Chichester, 1998).

K. Yoshikawa, M. Takahashi, V. V. Vasilevskaya, and A. R. Khokhlov, Phys. Rev. Lett. 76, 3029 (1996).

M. K. Krotova, V. V. Vasilevskaya, N. Makita, K. Yoshikawa, and A. R. Khokhlov, Phys. Rev. Lett. 105, 128302 (2010).

M. Tanaka, J. Phys.: Condens. Matter 16, S2127 (2004).

K. Besteman, K. Van Eijk and S. G. Lemay, Nature Phys. 3, 641 (2007).

H. Schiessel, J. Phys.: Condens. Matter 15, R699 (2003).

M. Depken and H. Schiessel, Biophys. J. 96, 777 (2009).

G. Arya and T. Schlick, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 103, 16236 (2006).

G. Arya, Q. Zhang, and T. Schlick, Biophys. J. 91, 133 (2006).

J. D. Watson, T. A. Baker, S. P. Bell, A. Gann, M. Levine, and R. Losick, Molecular Biology of the Cell, 5th ed. (Pearson Education, San Francisco, 2008).

B. Alberts, A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts, and P. Walter, Molecular Biology of the Gene, 6th ed. (Garland Science, Taylor & Francis, New York, 2008).

T. R. Strick, J.-F. Allemand, D. Bensimon, and V. Croquette, Biophys. J. 74, 2016 (1998).

J. F. Allemand, D. Bensimon, R. Lavery, and V. Croquette, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 95 14152 (1998).

S. Neukirch, Phys. Rev. Lett. 93, 198107 (2004).

K. Besteman, S. Hage, N. H. Dekker, and S. G. Lemay, Phys. Rev. Lett. 98, 058103 (2007).

J. Gore, Z. Bryant, M. Nöllmann, M. U. Le, N. R. Cozzarelli, and C. Bustamante, Nature (London) 442, 836 (2006).

T. Lionnet, S. Joubaud, R. Lavery, D. Bensimon, and V. Croquette, Phys. Rev. Lett. 96, 178102 (2006).

J. F. Marko and E. D. Siggia, Macromolecules 27, 981 (1994).

I. M. Kuli, D. Andrienko, and M. Deserno, Europhys. Lett. 67, 418 (2004).

Y. S. Velichko, K. Yoshikawa, A. R. Khokhlov, Biomacromolecules 1, 459 (2000).

A. A. Kornyshev and S. Leikin, Phys. Rev. Lett. 84, 2537 (2000).

A. G. Cherstvy, J. Phys. Chem. B 112, 12585 (2008).

K. Luger, A. W. Mäder, R. K. Richmond, D. F. Sargent, and T. J. Richmond, Nature (London) 389, 251 (1997).

T. Sakaue, K. Yoshikawa, S. H. Yoshimura, and K. Takeyasu, Phys. Rev. Lett. 87, 078105 (2001).

T. Sakaue and H. Löwen, Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 70, 021801 (2004).

F. Robert, M. Douziech, D. Forget, J.-M. Egly, J. Greenblatt, Z. F. Burton, and B. Coulombe, Mol. Cell 2, 341 (1998).

I. M. Kuli and H. Schiessel, Phys. Rev. Lett. 92, 228101 (2004).

S. Mihardja, A. J. Spakowitz, Y. Zhang, and C. Bustamante, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 103, 15871 (2006).

Y. Higuchi, T. Sakaue, and K. Yoshikawa, Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 82, 031909 (2010).

Y. S. Velichko, K. Yoshikawa, A. R. Khokhlov, Comput. Phys. Commun. 146, 122 (2002).

I. V. Dobrovolskaia, M. Kenward, and G. Arya, Biophys. J. 99, 3355 (2010).

H. Schiessel, Eur. Phys. J. E 19, 251 (2006).

L. Mollazadeh-Beidokhti, F. Mohammad-Rafiee, and H. Schiessel, Biophys. J. 96, 4387 (2009).

A. A. Zinchenko, K. Yoshikawa, and D. Baigl, Phys. Rev. Lett. 95, 228101 (2005).

A. A. Zinchenko, T. Sakaue, S. Araki, K. Yoshikawa, and D. Baigl, J. Phys. Chem. B 111, 3019 (2007).

M. Y. Tolstorukov, A. V. Colasanti, D. M. McCandlish, W. K. Olson, and V. B. Zhurkin, J. Mol. Biol. 371, 725 (2007).

W. K. Olson, and V. B. Zhurkin, Curr. Opin. Struct. Biol. 21, 348 (2011).

A. Hamiche, V. Carot, M. Alilat, F. De Lucia, M.-F. O’Donohue, B. Révet, and A. Prunell, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 93, 7588 (1996).

W. Li, S.-X. Dou, and P.-Y. Wang, J. Theor. Biol. 235, 365 (2005).

T. Yanao and K. Yoshikawa (submitted for publication).

A. Patriciu, G. S. Chirikjian, and R. V. Pappu, J. Chem. Phys. 121, 12708 (2004).

T. Yanao and K. Yoshikawa, Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 77, 021904 (2008).

T. Nakai, K. Hizume, S. H. Yoshimura, K. Takeyasu, and K. Yoshikawa, Europhys. Lett. 69, 1024 (2005).