Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Đặc điểm của trình tự genome lạp thể hoàn chỉnh của Gynostemma compressum (Cucurbitaceae), một loài thực vật đặc hữu tại Trung Quốc
Tóm tắt
Gynostemma compressum là một loài thảo mộc đặc hữu được phân bố ở phía tây bắc Trung Quốc. Trong nghiên cứu này, chúng tôi báo cáo trình tự genome lạp thể (cp) hoàn chỉnh của G. compressum sử dụng phương pháp giải trình tự chuỗi đôi Illumina. Genome lạp thể hình tròn hoàn chỉnh của G. compressum có độ dài 157,959 bp và chứa một vùng sao chép đơn lớn (86,809 bp), một vùng sao chép đơn nhỏ (18,560 bp) và hai vùng lặp đảo ngắn (IRa và IRb) (26,295 bp). Genome lạp thể mã hóa 133 gen, bao gồm 87 gen mã hóa protein, 37 gen RNA chuyển (tRNA), 8 gen RNA ribosome (rRNA) và 1 gen giả. Phân tích phát sinh loài theo khả năng tối đa cho thấy tất cả các loài của G. compressum tạo thành một nhánh đơn ngành và Gynostemma pentaphyllum có mối quan hệ gần gũi với chi Citrullus với giá trị bootstrap mạnh.
Từ khóa
#Gynostemma compressum #genome lạp thể #đặc hữu #phân tích phát sinh loài #CucurbitaceaeTài liệu tham khảo
Ceballos G, Ehrlich PR, Barnosky AD, García A, Pringle RM, Palmer TM (2015) Accelerated modern human-induced species losses: entering the sixth mass extinction. Sci Adv 1:e1400253
Chen SK (1995) A classificatory system and geographical distribution of the genus Gynostemma BL. (Cucurbitaceae). Acta Phytotaxonomica Sinica 33(4):403–410
Chen XX, Liang DR (1991) A new species on medicinal plants of genus Gynostemma from Guangxi. Guihaia 11(1):13–14.
Doyle JJ (1987) A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochem Bull 19:11–15
Hahn C, Bachmann L, Chevreux B (2013) Reconstructing mitochondrial genomes directly from genomic next-generation sequencing reads—a baiting and iterative mapping approach. Nucleic Acids Res 41(13):e129
Rodríguez-Moreno L, González VM, Benjak A, Martí MC, Puigdomènech P, Aranda MA, Garcia-Mas J (2011) Determination of the melon chloroplast and mitochondrial genome sequences reveals that the largest reported mitochondrial genome in plants contains a significant amount of DNA having a nuclear origin. BMC Genomics 12(1):424
Stamatakis A (2006) RAxML-VI-HPC: maximum likelihood-based phylogenetic analyses with thousands of taxa and mixed models. Bioinformatics 22(21):2688–2690
Xie Z, Liu W, Huang H, Slavin M, Zhao Y, Whent M, Blackford J, Lutterodt H, Zhou H, Chen P (2010) Chemical composition of five commercial Gynostemma pentaphyllum samples and their radical scavenging, antiproliferative, and anti-inflammatory properties. J Agric Food Chem 58:11243–11249