Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Đặc điểm của virus gây bệnh vàng lá ớt (Capsicum chlorosis virus) trên ớt (Capsicum annuum. L) ở miền nam Ấn Độ
Tóm tắt
Trong quá trình khảo sát thực địa tại Tamil Nadu (2014–16), cây ớt cho thấy các triệu chứng đốm vòng vàng và hoại tử trên lá và thân cây. Tỷ lệ mắc bệnh dao động từ 5 đến 50% giữa năm quận được khảo sát. Phương pháp RT-PCR với các mồi đặc hiệu cho loài đã phát hiện 25% mẫu bị nhiễm virus gây bệnh vàng lá ớt (Capsicum chlorosis virus - CaCV) và 50% mẫu bị nhiễm virus gây bệnh hoại tử chồi lạc (groundnut bud necrosis virus - GBNV). Để phát hiện đồng thời CaCV và GBNV, kỹ thuật RT-PCR kép (dRT-PCR) đã được xác thực. Các chuỗi nucleotide hoàn chỉnh của L-RNA, M-RNA, gen NSs và gen N của mẫu CaCV (CaCV-TN-CBE) đã được xác định. L-RNA có chiều dài 8913 nt, M-RNA dài 4848 nt, gen NSs dài 1320 nt và gen N dài 828 nt. Phân tích chuỗi cho thấy mẫu CaCV-TN-CBE gần gũi với mẫu từ Trung Quốc dựa trên L- và M-RNA, trong khi đó tương đồng với mẫu từ Đài Loan dựa trên S-RNA. Thêm vào đó, dựa trên đồng nhất nucleotide và phân tích phát sinh loài, mẫu CaCV-TN-CBE khác với mẫu đã được báo cáo trước đó ở Ấn Độ. Các chuỗi nucleotide của L- và S-RNA còn cho thấy các sự kiện tái tổ hợp. Nghiên cứu này gợi ý rằng mẫu virus gây bệnh ớt tại Tamil Nadu có thể đã tiến hóa thông qua các cơ chế tái tổ hợp và tái phân phối.
Từ khóa
#virus Capsicum chlorosis #ớt #Tamil Nadu #tái tổ hợp #RT-PCRTài liệu tham khảo
Chu, F. H., Chao, C. H., Chung, M. H., Chen, C. C., & Yeh, S. D. (2001). Completion of the genome sequence of Watermelon silver mottle virus and utilization of degenerate primers for detecting tospoviruses in five serogroups. Phytopathology, 91, 361–368.
Hall, T. A. (1999). BioEdit: A user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for window 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series, 41, 95–98.
Haokip, B.D., Alice, D., Malathi, V. G., Nagendran, K., Renukadevi, P., & Karthikeyan, G. (2016). Detection of Capsicum chlorosis virus (CaCV), An emerging virus infecting chilli in Tamil Nadu, India. Vegetos, 29(4), DOI: https://doi.org/10.5958/2229-4473.2016.00112.9
Jain, R. K., Pappu, H. R., Pappu, S. S., Reddy, M. K., & Vani, A. (1998). Watermelon bud necrosis tospovirusis a distinct virus species belonging to serogroup IV. Archives of Virology, 143, 1637–1644.
Kunkalikar, S., Poojari, S., Rajagopalan, P., Zehr, U. B., & Naidu, R.A.,& Kankanallu, R.S. (2007). First report of Capsicum chlorosis virus in tomato in India. Plant Health Progress, 8, 37. https://doi.org/10.1094/PHP-2007-1204-01-BR.
Kunkalikar, S. R., Sudarsana, P., Rajagopalan, P., Zehr, U. B., & Ravi, K. S. (2010). Biological and molecular characterization of Capsicum chlorosis virus infecting chili and tomato in India. Archives of Virology, 155, 1047–1057.
Kunkalikar, S. R., Poojari, S., Arun, B. M., Rajagopalan, P. A., Chen, T. C., Yeh, S. D., Naidu, R. A., & Zehr, U. B.,& Ravi, K. S. (2011). Importance and genetic diversity of vegetable infecting tospoviruses in India. Phytopathology, 101, 367–376.
Maes, P., Adkins, S., Alkhovsky, S. V., Avšič-Županc, T., Ballinger, M. J., Bente, D. A., Beer, M., Bergeron, É., Blair, C. D., Briese, T., Buchmeier, M. J., Burt, F. J., Calisher, C. H., Charrel, R. N., Choi, I. R., Clegg, J. C. S., de la Torre, J. C., de Lamballerie, X., DeRisi, J. L., Digiaro, M., Drebot, M., Ebihara, H., Elbeaino, T., Ergünay, K., Fulhorst, C. F., Garrison, A. R., Gāo, G. F., Gonzalez, J. P. J., Groschup, M. H., Günther, S., Haenni, A. L., Hall, R. A., Hewson, R., Hughes, H. R., Jain, R. K., Jonson, M. G., Junglen, S., Klempa, B., Klingström, J., Kormelink, R., Lambert, A. J., Langevin, S. A., Lukashevich, I. S., Marklewitz, M., Martelli, G. P., Mielke-Ehret, N., Mirazimi, A., Mühlbach, H. P., Naidu, R., Nunes, M. R. T., Palacios, G., Papa, A., Pawęska, J. T., Peters, C. J., Plyusnin, A., Radoshitzky, S. R., Resende, R. O., Romanowski, V., Sall, A. A., Salvato, M. S., Sasaya, T., Schmaljohn, C., Shí, X., Shirako, Y., Simmonds, P., Sironi, M., Song, J. W., Spengler, J. R., Stenglein, M. D., Tesh, R. B., Turina, M., Wèi, T., Whitfield, A. E., Yeh, S. D., Zerbini, F. M., Zhang, Y. Z., Zhou, X., & Kuhn, J. H. (2019). Taxonomy of the order Bunyavirales: Second update 2018. Archives of Virology, 164, 927–941.
Martin, D. P., Murrell, B., Golden, M., Khoosal, A., & Muhire, B. (2015). RDP4: Detection and analysis of recombination patterns in virus genomes. Virus Evolution, 1, vev003.
Nagendran, K., Kumari, S., Rai, A. B., Manimurugan, C., Singh, B., Karthikeyan, G., & Naidu, R. A. (2018). First report of Peanut bud necrosis virus infecting bitter gourd (Momordica charantia L.) in India. Plant Disease, 102(3), 690.
NHB. (2018). National Horticulture Board. Area and production of Horticulture crops: All India. Available online: http://nhb.gov.in/statistics/State_Level/2018-19%20(3rd%20Adv.Est.)%20%20Website.pdf. [Accessed on 20th August 2020, 8:00PM].
Plyusnin, A., Beaty, B.J., Elliott, R.M., Goldbach, R., Kormelink, R., Lundkvist, A., Schmaljohn, C.S. &Tesh, R.B. (2019). Virus taxonomy: 2019 release. Available online: https://talk.ictvonline.org/ictv-reports/ictv_9th_report/negative-sense-rna-viruses-2011/w/negrna_viruses/205/bunyaviridae. [accessed on 01.07.2020 8:00PM].
Priyanka, R., Nagendran, K., Aravintharaj, R., Balaji, C. G., Mohankumar, S., Renukadevi, P., & Karthikeyan, G. (2019). Characterization and management of watermelon bud necrosis virus infecting watermelon in India. European Journal of Plant Pathology, 153(3), 759–770.
Ravi, K. S., Kitkaru, A. S., & Winter, S. (2006). Iris yellow spot virus in onions: A new tospovirus record from India. Plant Pathology, 55, 288.
Reddy, D. V. R., Ratna, A. S., Sudarshana, M. R., Poul, F., & KiranKumar, I. (1992). Serological relationship and purification of bud necrosis virus, a Tospovirus occurring in peanut (Arachis hypogea L.) in India. Annalsof Applied Biology, 120, 279–286.
Reddy, M. K., Usha Rani, R., Anil Kumar, K. S., Reddy, M., & K.,& Pappu, H. R. (2008). Capsicum chlorosis virus (genus Tospovirus) infecting chili pepper (Capsicum annuum) in India. Plant Disease, 92, 1469.
Renukadevi, P., Nagendran, K., Nakkeeran, S., Karthikeyan, G., Jawaharlal, M., Alice, D., Malathi, V. G., & Pappu, H. R. (2015). First report of Tomato spotted wilt virus infection of Chrysanthemum in India. Plant Disease, 99, 1190.
Satyanarayana, T., Mitchell, S. E., Reddy, D. V. R., Brown, S., Kresovich, S., Jarret, R., Naidu, R. A., & Demski, J. W. (1996). Peanut bud necrosis Tospovirus S RNA: Complete nucleotide sequence, genome organization and homology to other Tospoviruses. Archives of Virology, 141, 85–98.
Sharma, A., & Kulshrestha, S. (2014). First report of Amaranthus sp. as a natural host of Capsicum chlorosis virus in India. VirusDisease, 25(3), 412–413.
Subramanian, K. S., & Narayanasamy, P. (1973). Mechanical transmission of whitefly borne Yellow mosaic virus of Lablab niger. Midikus. Current Science, 47, 92–93.
Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., & Kumar, S. (2013). MEGA6: Molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution, 30, 2725–2729.
Vijayalakshmi, G., Haokip, B. D., Karthikeyan, G., Alice, D., Ganapathy, N., Asokan, G., Rajendran, L., & Kennedy, J. S. (2016). First report of field infection of Capsicum chlorosis virus on groundnut (Arachis hypogaea) in India (Tamil Nadu). Plant Disease, 11, 2339.
Yao, B., Wang, G., Mab, X., Liub, W., Tangb, H., Zhub, H., & Hong, N. (2014). Simultaneous detection and differentiation of three viruses in pearplants by a multiplex RT-PCR. Journal of Virological Methods, 196, 113–119.
Zarzyńska-Nowak, A., Hasiów-Jaroszewska, B., Korbecka-Glinka, G., Przybyś, M., & Borodynko-Filas, N. (2018). A multiplex RT-PCR assay for simultaneous detection of tomato spotted wilt virus and tomato yellow ring virus in tomato plants. Canadian Journal of Plant Pathology, 40(4), 580–586.
Zhang, Z., Wang, D., Yu, C., Wang, Z., Dong, J., Shi, K., & Yuan, X. (2016). Identification of three new isolates of tomato spotted wilt virus from different hosts in China: Molecular diversity, phylogenetic and recombination analyses. Virology Journal, 13(1), 8. https://doi.org/10.1186/s12985-015-0457-3.