Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Đặc điểm của viroid nhảy hop (HSVd) từ cây táo tàu (Ziziphus jujuba)
Tóm tắt
Viroid nhảy hop (HSVd) đã được phát hiện trong nhiều loài cây gỗ bao gồm nho, cam, đào, mận, mơ và hạnh nhân. Ở đây, chúng tôi báo cáo phát hiện đầu tiên của HSVd trong cây táo tàu (Ziziphus jujuba). Chín mươi lăm mẫu đã được thu thập từ cây táo tàu tại Cangzhou, Baoding và Handan thuộc tỉnh Hà Bắc, Trung Quốc vào tháng 6 năm 2006. Thêm 70 mẫu nữa đã được thu thập từ Taigu, tỉnh Sơn Tây, Trung Quốc vào tháng 8 năm 2008. Từ những mẫu này, các RNA có trọng lượng phân tử thấp đã được chiết xuất để thực hiện điện di gel polyacrylamide hai chiều (2D-PAGE), lai ghép và phản ứng chuỗi polymerase phiên mã ngược (RT-PCR). HSVd đã được phát hiện trong ba trong số 165 mẫu, cho thấy tỷ lệ nhiễm trùng là 1.8%. Các trình tự của các phiên bản HSVd từ cây táo tàu có độ đồng nhất 92.6–92.8% với trình tự HSVd được báo cáo lần đầu (GenBank: X00009). Thông qua phân tích sắp xếp và phân tích phát sinh chủng loại, các biến thể trình tự HSVd từ cây táo tàu được phân loại vào nhóm mận và được phát hiện là bảo tồn hơn các nhóm HSVd khác.
Từ khóa
#HSVd #táo tàu #viroid #DNA #phân tích phát sinh chủng loạiTài liệu tham khảo
Amari, K., Gomez, G., Myrta, A., Di Terlizzi, B., & Pallás, V. (2001). The molecular characterization of 16 new sequence variants of Hop stunt viroid reveals the existence of invariable regions and a conserved hammerhead-like structure on the viroid molecule. The Journal of General Virology, 82, 953–962.
Astruc, N., Marcos, J. F., Macquaire, G., Candresse, T., & Pallás, V. (1996). Studies on the diagnosis of hop stunt viroid in fruit trees: identification of new hosts and application of a nucleic acid extraction procedure based on non-organic solvents. European Journal of Plant Pathology, 102, 837–846. doi:10.1007/BF01877053.
Canizares, M. C., Marcos, J. F., & Pallás, V. (1999). Molecular characterization of an almond isolate of hop stunt viroid (HSVd) and conditions for eliminating spurious hybridization in its diagnosis in almond samples. European Journal of Plant Pathology, 10, 553–558. doi:10.1023/A:1008794531725.
Diener, T. O. (1989). Subviral pathogens of plants: the viroids. La Ricerca in Clinica e in Laboratorio, 19, 105–128.
Diener, T. O. (2003). Discovering viroids - A personal perspective. Nature Reviews Microbiology, 1, 75–80. doi:10.1038/nrmicro736.
Flores, R., Di Serio, F., & Hernandez, C. (1997). Viroids: the noncoding genomes. Seminars in Virology, 8, 65–73. doi:10.1006/smvy.1997.0107.
Flores, R., Pallás, V., Khan, J., & Dijkstra, J. (2006). Handbook of Plant Virology. New York: The Haworth Press.
Flores, R., Randles, J. W., Bar-Joseph, M., & Diener, T. O. (1998). A proposed scheme for viroid classification and nomenclature. Archives of Virology, 143, 623–629. doi:10.1007/s007050050318.
Han, S. (2005). Specific primer for detection of Jujube Witches’ Broom Phytoplasma group (16SrV) in Korea. The Plant Pathology Journal, 21, 55–58.
Hataya, T. (1999). Recent research in viroid diseases and diagnosis. Recent Research Virology, 1, 789–815.
Kofalvi, S. A., Marcos, J. F., Canizares, M. C., Pallás, V., & Candresse, T. (1997). Hop stunt viroid (HSVd) sequence variants from Prunus species: evidence for recombination between HSVd isolates. The Journal of General Virology, 78, 3177–3186.
Li, S. F., Onodera, S., Sano, T., Yoshida, K., Wang, G. P., & Shikata, E. (1995). Gene diagnosis of viroids: comparisons of return-PAGE and hybridization using DIG-labeled DNA and RNA probes for practical diagnosis of hop stunt, citrus exocortis and apple scar skin viroids in their natural host plants. Annals of the Phytopathological Society of Japan, 61, 381–390.
Pelchat, M., Rocheleau, L., Perreault, J., & Perreault, J. P. (2003). Subviral RNA: a database of the smallest known auto-replicable RNA species. Nucleic Acids Research, 31, 444–445. doi:10.1093/nar/gkg026.
Polivka, H., Staub, U., & Gross, H. J. (1996). Variation of viroid profiles in individual grapevine plants: novel grapevine yellow speckle viroid 1 mutants show alterations of hairpin I. The Journal of General Virology, 77, 155–161. doi:10.1099/0022-1317-77-1-155.
Sano, T., Hataya, T., Terai, Y., & Shikata, E. (1989). Hop stunt viroid strains from dapple fruit disease of plum and peach in Japan. The Journal of General Virology, 70, 1311–1319. doi:10.1099/0022-1317-70-6-1311.
Schumacher, J., Randles, J. W., & Riesner, D. (1983). A two-dimensional electrophoresis technique for the detection of circular viroids and virusoids. Analytical Biochemistry, 135, 288–295. doi:10.1016/0003-2697(83)90685-1.
Shikata, E. (1990). New viroids from Japan. Seminars in Virology, 1, 107–115.
Yang, Y. A., Wang, H. Q., Guo, R., Cheng, Z. M., Li, S. F., & Sano, T. (2006a). First report of Hop stunt viroid in apricot in China. Plant Disease, 90, 828. doi:10.1094/PD-90-0828C.
Yang, Y. A., Wang, H. Q., Guo, R., Cheng, Z. M., Sano, T., & Li, S. F. (2006b). First report of Hop stunt viroid in plum in China. Plant Pathology, 56, 339. doi:10.1111/j.1365-3059.2007.01524.x.