Nội dung được dịch bởi AI, chỉ mang tính chất tham khảo
Nghiên cứu dựa trên chuỗi COI (cytochrome oxidase-I) của các loài cá Carangid từ bờ biển Kakinada, Ấn Độ
Tóm tắt
DNA ty thể, chuỗi gen cytochrome oxidase-1 đã được phân tích để xác định loài và mối quan hệ phát sinh chủng loài giữa các loài cá Carangid có giá trị dinh dưỡng cao và quan trọng về thương mại ở Ấn Độ. Phân tích chuỗi gen COI cho thấy rất rõ rằng tất cả 28 loài cá được phân loại vào năm nhóm riêng biệt, trong đó có sự khác biệt di truyền nhau và thể hiện sự bảo tồn phát sinh chủng loài giống nhau. Tất cả các chuỗi gen COI từ 28 loài cá cung cấp thông tin phát sinh chủng loài đầy đủ và mối quan hệ tiến hóa để phân biệt các loài Carangid một cách rõ ràng. Nghiên cứu này chứng minh tính hữu dụng của phương pháp dựa trên chuỗi gen COI mtDNA trong việc xác định các loài cá với tốc độ nhanh hơn.
Từ khóa
#DNA ty thể #cytochrome oxidase-1 #loài cá Carangid #phân tích chuỗi gen #mối quan hệ phát sinh chủng loàiTài liệu tham khảo
Sivakami S, Vivekanandan E, Raje SG, Sobha JK, Rajkumar U (2003) Lizardfishes, Pomfrets and Bullseye. In: Joseph MM, Jayaprakash AA (eds) Ststus of exploited marine fishery resources of India. Central Marine Fisheries Research Institute, Kochi, pp 141–157
FishBase (2004) FishBase. World Wide Web electronic publication www.fishbase.org
Kasim HM (2003) Carangids. In: Joseph MM, Jayaprakash AA (eds) Ststus of exploited marine fishery resources of India. Central Marine Fisheries Research Institute, Kochi, pp 66–75
Hebert PDN, Cywinska A, Ball SL, de Ward JR (2003) Biological identifications through DNA barcodes. Proc R Soc Lond B Biol Sci 270:313–321. doi:10.1098/rspb.2002.2218
Hebert PDN, Ratnasingham S, de Ward JR (2003) Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit1 divergences among closely related species. Proc Royal Soc B 270(Suppl.1):S96–S99
Khan MZ (2000) The fishery and resource characteristics of pomfrets. In: Pillai VN, Menon NG (eds) Marine fisheries research and management. Central Marine Fisheries Research Institute, Kochi, pp 364–373
FAO (1974) Species identification sheet for fishery purposes. Eastern Indian Ocean (fishing area 57) and Western Central Pacific (fishing area 71) vol 1 (eds Fischer W and PJP Whitehead) pp C1–22
Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T (1989) Molecular cloning: a laboratory manual, 2nd edn. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY
Ward RD, Tyler S Zemlak, Bronwyn H Innes, Peter R Last, PDN Hebert (2005) DNA barcoding Australia’s fish species. Philos Trans. R Soc B 360:1847–1857
Sanger F, Nicklen S, Coulson AR (1977) DNA sequencing with chain terminating inhibitors. Proc Natl Acad Sci USA 74(12):5463–5467. doi:10.1073/pnas.74.12.5463
Chen EY, Seeburg PH (1985) Supercoil sequencing: a fast and simple method for sequencing plasmid DNA. DNA (2):165–170
Bermington E, Lessios HA (1993) Rate variation of protein and mtDNA evolution as revealed by sea urchins separated by the Istmus of Panama. Proc Natl Acad Sci USA 90:2734–2738. doi:10.1073/pnas.90.7.2734
Kimura MA (1980) Simple method for estimating rate of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. J Mol Evol 16:111–120. doi:10.1007/BF01731581
Kumar S, Tamura K, Jackobson IB, Nei M (2004) MEGA3.1: Integrated software for molecular evolutionary genetics analysis and sequence alignment. Brief Bioinform 5:150–163. doi:10.1093/bib/5.2.150
Rozas J, sanchez-DelBarrio JC, Messeguer X, Rozas R (2006) DNA sequence polymorphism version 4.10.9
Felsinstin J (1993) PHYLIP (Phylogeny Inference Package) version 3.50 Distributed by the author. Department of Genetics, University of Washington, Seattle, USA
Bernardi G, Robertson DR, Clifton KE, Azurro E (2000) Molecular systematic, zoogeography and evolutionary ecology of the Atlantic parrotfish genus Sparisoma. Mol Phylogene evol 15(2):292–300
Bensasson D, Zhang DX, Hertl DL, Hewitt GM (2001) Mitochondrial pseudogenes: evolution’s misplaced witnesses. Trends Ecol Evol 16:314–321. doi:10.1016/S0169-5347(01)02151-6
Honebrink Randy R (2000) A review of the biology of the family Carangidae, with emphasis on species found in Hawaiian waters. DAR technical report 2000–2001, Department of Land and Natural Resources 1151 Punchbowl Street, Honolulu, Hawai, pp 1–43
Lakra WZ, Goswami G, Gopalkrishnan A (2008) Molecular identification and phylogenetic relationships of seven Indian Sciaenids (Pisces: Perciforms, Sciaenidae) based on 16S rRNA and cytochrome C oxidase subunit I mitochondrial genes. Mol Biol Rep 216. doi:10.1007/s11033-008-9251-1
Santos S, Schneider H, Sampaio I (2003) Genetic differentiation of Macrodon ancylodon (Sciaenidae, Perciformis) populations in Atlantic coastal waters of South America as reveled by mtDNA analysis. Genet Mol Biol 26(2):151–161. doi:10.1590/S1415-47572003000200008
Vision C, Grazielle G, Scheneider H, Sampaio I (2004) Sciaenidae fish of the Caete river estuary, Northarn Brazil: mitochondrial DNA suggests explosive radiation for the Western Atlantic assemblage. Genet Mol Biol 27(2):174–180
Hebert PDN, Penton ErinH, Burns JohnM, Janzen DanielH, Hallwachs Winnie (2004) Ten species in one: DNA barcoding reveals cryptic species in the neotropical skipper butterfly Astraptes fulgerator. Proc Natl Acad Sci USA 101:14812–14817. doi:10.1073/pnas.0406166101
Hajibabaei M, Gregory A, Singer C, Hickey DonalA (2006) Benchmarking DNA Barcodes: an assessment using available primate sequences. Genome 49:851–854. doi:10.1139/G06-025
Hebert PDN, Barrett RDH (2005) Reply to the comment by L. Prendini on ‘Identifying spiders through DNA barcodes’. Can J Zool 83:505–506. doi:10.1139/z05-026