Biomolecular dynamics: order–disorder transitions and energy landscapes

Reports on Progress in Physics - Tập 75 Số 7 - Trang 076601 - 2012
Paul C. Whitford1, Karissa Y. Sanbonmatsu2, José N. Onuchic1
1Center for Theoretical Biological Physics, Department of Physics, Rice University, 6100 Main, Houston, TX 77005-1827, USA
2Theoretical Biology and Biophysics, Theoretical Division, Los Alamos National Laboratory, MS K710, Los Alamos, NM 87545, USA

Tóm tắt

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1146/annurev.bi.59.070190.002551

10.1126/science.2443980

10.1098/rsif.2009.0167.focus

10.1073/pnas.0708517104

10.1126/science.1060089

10.1016/j.cell.2009.02.009

10.1038/nrg2504

10.1016/j.cell.2009.01.002

10.1146/annurev-biochem-060308-103103

10.1016/j.tibs.2011.04.006

10.1146/annurev.immunol.021908.132641

10.1038/nrm757

10.1146/annurev.immunol.14.1.649

10.1128/MCB.20.6.1899-1910.2000

10.1146/annurev.biochem.71.110601.135507

Levinthal C DeBrunner J T P Munck E, 1969, Proceedings of a Meeting held at Allerton House, Monticello, Illinois, 22

10.1021/bi00327a032

10.1021/bi047314+

10.1073/pnas.89.18.8721

10.1021/j100356a007

10.1002/bip.360300117

10.1002/prot.340210302

10.1038/365721a0

10.1146/annurev.biochem.72.121801.161542

Tan Y, 2009, Escherichia coli J. Biol. Chem., 284, 3306, 10.1074/jbc.M803658200

10.1126/science.288.5463.88

10.1038/nature06407

10.1126/science.1749933

10.1063/1.470610

10.1146/annurev.physchem.48.1.545

10.1073/pnas.96.22.12512

10.1063/1.1313792

Cho S S, 2005, Phys. Biol., 2, S44, 10.1088/1478-3975/2/2/S05

10.1073/pnas.0709915104

10.1103/PhysRevLett.35.1792

Edwards S F, 1975, J. Phys. F: Met. Phys., 5, 9655

10.1103/RevModPhys.58.801

10.1103/PhysRev.65.117

10.1007/BF02980577

10.1016/S0022-3093(00)00225-8

10.1038/35051524

10.1126/science.267.5206.1924

10.1038/nphys261

10.1103/PhysRevLett.86.5526

10.1103/PhysRevA.40.1045

Garrahan J P, 2002, Phys. Rev. Lett., 89, 10.1103/PhysRevLett.89.035704

10.1021/jp953538d

10.1016/S1359-6454(99)00300-6

10.1016/j.physe.2009.08.005

10.1103/PhysRevLett.62.1916

10.1073/pnas.84.21.7524

10.1073/pnas.89.19.9029

10.1146/annurev.bb.12.060183.001151

10.1006/jmbi.2000.3693

10.1016/j.polymer.2003.10.082

10.1002/prot.22253

10.1002/pro.5560040401

Sali A, 1994, J. Mol. Biol., 235, 1614, 10.1006/jmbi.1994.1110

10.1073/pnas.75.2.559

10.1063/1.467775

10.1073/pnas.92.20.9206

10.1002/(SICI)1097-0134(19980801)32:2<136::AID-PROT2>3.0.CO;2-J

10.1016/S0065-3233(00)53003-4

10.1073/pnas.90.13.6369

10.1002/(SICI)1097-0134(199612)26:4<411::AID-PROT4>3.0.CO;2-E

10.1016/S1359-0278(98)00068-6

10.1103/PhysRevLett.67.1665

10.1063/1.467769

10.1021/jp971707j

10.1063/1.2229206

10.1016/j.jmb.2007.07.010

10.1021/ja049510+

10.1073/pnas.0606506104

Hummer G, 2005, New J. Phys., 7, 34, 10.1088/1367-2630/7/1/034

10.1103/PhysRevLett.96.228104

10.1073/pnas.0603553103

10.1016/j.ymeth.2010.04.016

10.1016/j.bpj.2010.04.041

10.1073/pnas.0509768103

10.1002/(SICI)1097-0282(199712)42:7<745::AID-BIP1>3.0.CO;2-T

10.1073/pnas.022387699

10.1146/annurev.biophys.35.040405.102134

10.1063/1.2335638

10.1073/pnas.96.26.14848

10.1063/1.1810471

10.1002/prot.10459

Pincus D L, 2008, Molecular Biology Of Protein Folding, Pt B

10.1021/jp053770b

10.1063/1.1854123

Chan H S, 2011, 62, 301

10.3390/ijms10030889

10.1038/ncomms1481

Plotkin S S, 2002, Quart. Rev. Biophys., 35, 111, 10.1017/S0033583502003761

10.1002/prot.1154

10.1016/j.jmb.2008.11.016

10.1073/pnas.0409471102

10.1063/1.3656691

Sułkowska J I, 2007, J. Phys.: Condens. Matter, 19, 10.1088/0953-8984/19/28/283201

10.1529/biophysj.107.127233

10.1073/pnas.0905764106

Cieplak M, 2011, Multiscale Approaches to Protein Modeling, 179, 10.1007/978-1-4419-6889-0_8

O'Brien E P, 2011, J. Am. Chem. Soc., 133, 516

10.1063/1.3216103

10.1063/1.1315994

10.1063/1.473355

10.1006/jmbi.2001.4871

10.1016/j.jmb.2005.11.074

10.1073/pnas.0510110103

10.1073/pnas.0804039105

10.1073/pnas.0801343105

10.1016/j.jmb.2006.07.054

10.1021/bi00573a001

10.1073/pnas.2335541100

10.1016/j.cbpa.2007.10.002

10.1073/pnas.1007602107

10.1016/j.jmb.2005.02.059

10.1016/j.jmb.2005.08.072

10.1073/pnas.0805468105

10.1073/pnas.1009522107

10.1073/pnas.0807812105

10.1073/pnas.1017604108

10.1016/S0022-2836(02)01379-7

10.1002/prot.10065

10.1063/1.2936832

10.1016/j.bpj.2008.10.033

10.1006/jmbi.2001.4586

10.1016/j.jmb.2004.02.024

Chen K, 2012, J. Phys. Chem.

10.1126/science.1187409

10.1074/jbc.270.38.22460

10.1038/386190a0

10.2174/1381612043382585

10.1073/pnas.2135471100

10.2976/1.2894846

10.1063/1.3565025

10.1063/1.1334662

10.1529/biophysj.107.127233

10.1002/prot.22511

10.1146/annurev.biophys.30.1.245

10.1016/S0092-8674(02)00741-9

10.1016/j.tibs.2009.04.004

10.1074/jbc.C200086200

10.1016/j.jmb.2005.05.042

10.1038/nsmb821

10.1529/biophysj.106.100677

10.1016/j.cbpa.2008.08.037

10.1146/annurev.biochem.77.070606.101431

10.1016/j.sbi.2009.01.002

10.1007/BF02738169

Goldstein H, 2001, Classical Mechanics

10.1016/j.sbi.2007.09.011

Chennubhotla C, 2005, Phys. Biol., 2, S173, 10.1088/1478-3975/2/4/S12

10.1016/j.jsb.2004.01.005

10.1093/protein/14.1.1

10.1103/PhysRevLett.77.1905

10.1074/jbc.M707632200

Kurkcuoglu O, 2008, Phys. Biol., 5, 46005, 10.1088/1478-3975/5/4/046005

10.1002/prot.22292

10.1021/ct600060d

10.1073/pnas.1112216108

10.1073/pnas.1632476100

10.1529/biophysj.104.058495

Whitford P C, 2011, Ribosomes: Structure Function and Dynamics

10.1016/j.jmb.2010.07.056

10.1016/j.jmb.2005.07.031

10.1002/prot.22200

Kubitzki M B, 2008, Structure, 16, 1175, 10.1016/j.str.2008.04.013

10.1021/jp808923a

10.1016/j.jmb.2010.05.015

10.1073/pnas.0907684106

10.1063/1.3516588

10.1529/biophysj.107.128447

10.1002/(SICI)1097-0134(199710)29:2<153::AID-PROT3>3.0.CO;2-E

10.1016/j.jmb.2007.08.054

10.1073/pnas.0701204104

Best R B Chen Y-G Hummer G, 2005, Structure, 1755, 10.1016/j.str.2005.08.009

10.1016/j.jmb.2006.11.085

10.1073/pnas.0802524105

10.1002/jcc.20290

10.1002/jcc.21287

10.1039/b714141f

10.1038/nsb0902-646

10.1016/j.sbi.2009.12.004

10.1016/j.sbi.2009.03.004

10.1021/jp0370730

10.1016/j.bpj.2010.09.040

10.1073/pnas.0706443104

10.1073/pnas.0708600104

10.1038/nature06410

10.1016/j.cub.2010.11.062

10.1126/science.1208351

10.1021/ct900292r

10.1016/0022-2836(92)90582-5

Müller C W, 1996, Structure, 4, 147, 10.1016/S0969-2126(96)00018-4

10.1006/jmbi.1996.0080

10.1073/pnas.0604375103

10.1371/journal.pcbi.1000047

10.1073/pnas.85.7.2029

10.1016/S0031-8914(40)90098-2

10.1016/j.sbi.2004.01.013

10.1016/j.jmb.2009.03.074

10.1021/ja1061399

10.1016/j.jmgm.2003.12.009

10.1016/S0076-6879(04)83006-4

10.1016/j.sbi.2005.03.001

10.1016/S0959-440X(03)00040-X

10.1016/0010-4655(95)00053-I

10.1063/1.1931587

10.1063/1.2212942

10.1063/1.2841941

10.1063/1.2767621

10.1063/1.1691018

10.1063/1.1329672

10.1016/S0009-2614(99)01123-9

10.1002/1097-0134(20010215)42:3<345::AID-PROT50>3.0.CO;2-H

10.1073/pnas.201543998

10.1002/prot.10483

10.1063/1.1591721

10.1016/j.jmb.2006.11.015

10.1146/annurev.physchem.58.032806.104614

10.1016/j.jmb.2006.01.054

Wales D J, 2004, Energy Landscapes: Applications to Clusters, Biomolecules and Glasses, 10.1017/CBO9780511721724

10.1073/pnas.0705830104

Haldane J S B, 1930, Enzymes

10.1038/161707a0

10.1002/prot.340100204

10.1073/pnas.0507527103

10.1021/jp046736q

10.1021/bi8018042

Schrank T, 2011, escherichia coli Methods in Enzymology, 492, 253, 10.1016/B978-0-12-381268-1.00020-3

10.1002/prot.23187

10.1073/pnas.0610939104

10.1073/pnas.0708828104

10.1073/pnas.0806872106

10.1073/pnas.0813266106

10.1038/ncomms1106

10.1016/j.bpj.2010.01.044

10.1073/pnas.0509547102

10.1073/pnas.0707965104

10.1073/pnas.160259697

10.1016/j.jmb.2004.12.021

10.1021/ja065531n

10.1016/j.bpj.2010.09.062

10.1073/pnas.1011775107

10.1002/pro.5560031114

10.1073/pnas.0409572102

10.1073/pnas.0706077104

10.1073/pnas.0904461106

10.1016/j.molcel.2011.08.024

10.1002/cbic.200800593

10.1038/nature01145

10.1093/nar/gkq1096

Heppell B, 2011, Nature Chem. Biol.

10.1021/ja8063638

10.1021/ja110411m

10.1126/science.1151298

10.1146/annurev.biochem.66.1.679

10.1073/pnas.71.10.4135

10.1146/annurev.biochem.70.1.415

10.1038/nsmb831

10.1126/science.1179700

Geggier P, 2010, J. Mol. Biol.

10.1016/j.febslet.2004.10.105

10.1016/j.mib.2008.02.015

10.1098/rstb.2011.0138

Frank J, 2006, Rep. Prog. Phys., 69, 1383, 10.1088/0034-4885/69/5/R03

10.1073/pnas.0503456102

10.1261/rna.2035410

Byrne R T, 2010, Escherichia coli Nucl. Acids Res., 38, 4154, 10.1093/nar/gkq133

10.1017/S1355838200000364

10.1038/nature09206

10.1002/anie.198503711

10.1016/j.febslet.2009.11.061

10.1016/j.jmb.2008.01.073

10.1016/S1097-2765(03)00009-1

10.1016/j.biochi.2006.07.002

10.1016/0263-7855(96)00018-5