Application of a post-docking procedure based on MM-PBSA and MM-GBSA on single and multiple protein conformations

Caporuscio, 2011, J. Med. Chem., 54, 4006, 10.1021/jm2000689 Ravindranathan, 2010, J. Med. Chem., 53, 1662, 10.1021/jm901386e Teodoro, 2003, Curr. Pharm. Des., 9, 1635, 10.2174/1381612033454595 Huang, 2007, Proteins, 66, 399, 10.1002/prot.21214 Totrov, 2008, Curr. Opin. Struct. Biol., 18, 178, 10.1016/j.sbi.2008.01.004 Lin, 2011, Curr. Top. Med. Chem., 11, 171, 10.2174/156802611794863580 Kollman, 1993, Chem. Rev., 93, 2395, 10.1021/cr00023a004 Lybrand, 1986, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 83, 833, 10.1073/pnas.83.4.833 Aqvist, 1994, Protein Eng., 7, 385, 10.1093/protein/7.3.385 Kollman, 2000, Acc. Chem. Res., 33, 889, 10.1021/ar000033j Wang, 2001, J. Am. Chem. Soc., 123, 5221, 10.1021/ja003834q Lindström, 2011, J. Chem. Inf. Model., 51, 267, 10.1021/ci100354x Hou, 2011, J. Comput. Chem., 32, 866, 10.1002/jcc.21666 Graves, 2008, J. Mol. Biol., 377, 914, 10.1016/j.jmb.2008.01.049 Thompson, 2008, J. Chem. Inf. Model., 48, 1081, 10.1021/ci700470c Huang, 2006, J. Chem. Inf. Model., 46, 243, 10.1021/ci0502855 Kuhn, 2005, J. Med. Chem., 48, 4040, 10.1021/jm049081q Degliesposti, 2009, ChemMedChem, 4, 1164, 10.1002/cmdc.200900111 Huang, 2006, Phys. Chem. Chem. Phys., 8, 5166, 10.1039/B608269F Ferrari, 2007, Bioorg. Med. Chem., 15, 7865, 10.1016/j.bmc.2007.08.019 Rastelli, 2009, Chem. Biol. Drug Des., 73, 283, 10.1111/j.1747-0285.2009.00780.x Rastelli, 2010, J. Comput. Chem., 31, 797 Degliesposti, 2011, J. Biomol. Screen., 16, 129, 10.1177/1087057110388276 Morris, 1998, J. Comput. Chem., 19, 1639, 10.1002/(SICI)1096-987X(19981115)19:14<1639::AID-JCC10>3.0.CO;2-B Morris, 2009, J. Comput. Chem., 30, 2785, 10.1002/jcc.21256 Diller, 2001, Proteins, 43, 113, 10.1002/1097-0134(20010501)43:2<113::AID-PROT1023>3.0.CO;2-T Huang, 2006, J. Med. Chem., 49, 6789, 10.1021/jm0608356 Kinoshita, 2005, Biochemistry, 44, 10562, 10.1021/bi050529e Limongelli, 2012, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 109, 1467, 10.1073/pnas.1112181108 Onufriev, 2004, Proteins, 55, 383, 10.1002/prot.20033 Hawkins, 1995, Chem. Phys. Lett., 246, 122, 10.1016/0009-2614(95)01082-K Hawkins, 1996, J. Phys. Chem., 100, 19824, 10.1021/jp961710n Bottegoni, 2011, Plos One, 6, e18845, 10.1371/journal.pone.0018845 Halgren, 2004, J. Med. Chem., 47, 1750, 10.1021/jm030644s Bissantz, 2000, J. Med. Chem., 43, 4759, 10.1021/jm001044l Charifson, 1999, J. Med. Chem., 42, 5100, 10.1021/jm990352k Case, 2008 http://mgltools.scripps.edu/. Hu, 2003, J. Mol. Graph. Model., 22, 115, 10.1016/S1093-3263(03)00153-0 Armstrong, 2010, J. Comput.-Aided Mol. Des., 24, 789, 10.1007/s10822-010-9374-0 Lipinski, 1992, J. Med. Chem., 35, 2169, 10.1021/jm00090a004 Accelrys Software Inc., San Diego, CA, USA. Coi, 2006, Bioorg. Med. Chem., 14, 2636, 10.1016/j.bmc.2005.11.047