An efficient algorithm for segregation analysis in large populations

Journal of Animal Breeding and Genetics - Tập 113 Số 1-6 - Trang 457-469 - 1996
Richard J. Kerr1, Brian Kinghorn1
1Department of Animal Science, University of New England, Armidale, Australia

Tóm tắt

SummaryA computationally tractable approach to complex segregation analysis for large data sets is described. This is then used to extend the value of DNA tests for major locus genotype, by calculating probabilities of belonging to each genotype class for all animals not DNA tested. Under the conditions simulated, this approach led to an approximate doubling of the number of animals genotyped with 100% confidence, the ability to exclude many more animals from one genotype class, plus a high probability (> 90%) of belonging to a given genotype class for many other animals.ZusammenfassungVerwendung von Spaltungsanalyse für rationelle Anwendung von DNA Tests für HauptgeneEin rechnermäßig traktabler Ansatz zu komplexer Spaltungsanalyse großer Datenmengen wird beschrieben. Dieser wird verwendet, um den Wert der DNA Tests für Hauptgene zu erweitern und zwar dadurch, daß die Wahrscheinlichkeiten der Zugehörigkeit zu jeder Genotypenklasse für Tiere ohne DNA Diagnose berechnet wird. Die Simulation ergab eine Verdopplung der Zahl der Tiere, die mit 100% Sicherheit genotypisiert werden konnten sowie Ausschluß von mehr Tieren aus einer gegebenen Genotypenklasse und schließlich eine hohe Wahrscheinlichkeit (> 90%) der Zuweisung vieler Tiere zu gegebenen Genotypenklassen.

Từ khóa


Tài liệu tham khảo

10.1007/BF00262571

Arendonk J. A. M., 1994, Use of multiple genetic markers in prediction of breeding values, Genetics, 137, 319, 10.1093/genetics/137.1.319

Dempster A. P., 1977, Maximum likelihood from incomplete data via the EM algorithm, J. R. Stat. Soc., 39, 1

Elston R. C., 1981, Advances in Human Genetics, 63

10.1007/BF01240920

10.1126/science.1862346

10.1007/BF00226711

10.1186/1297-9686-27-6-567

Kinghorn B. P., 1993, A method of screening for genes of major effect, Genetics, 134, 351, 10.1093/genetics/134.1.351

Kinghorn B. P.;Kerr R. J. 1995:Use of segregation analysis to help estimate genotype effects at known major loci. In: Proc. 11th Conf. Aust. Assoc. Anim. Breed. Genet. pp.271–274.

10.1007/BF00223919

Weber J. L., 1989, Abundant class of human DNA polymorphisms which can be typed using the polymerase chain reaction, Am. J. Hum. Genet., 44, 388